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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8k20 | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of KEOPS complex from Arabidopsis thaliana | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / KEOPS complex / tRNA t6A synthase / RNA-binding protein (RNA結合タンパク質) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 N(6)-L-threonylcarbamoyladenine synthase activity / EKC/KEOPS complex / tRNA threonylcarbamoyladenosine modification / tRNA processing / non-specific serine/threonine protein kinase / リン酸化 / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | ||||||
データ登録者 | Zheng, X.X. / Zhu, L. / Duan, L. / Zhang, W.H. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2024 タイトル: Molecular basis of A. thaliana KEOPS complex in biosynthesizing tRNA t6A. 著者: Xinxing Zheng / Chenchen Su / Lei Duan / Mengqi Jin / Yongtao Sun / Li Zhu / Wenhua Zhang / 要旨: In archaea and eukaryotes, the evolutionarily conserved KEOPS is composed of four core subunits-Kae1, Bud32, Cgi121 and Pcc1, and a fifth Gon7/Pcc2 that is found in fungi and metazoa. KEOPS ...In archaea and eukaryotes, the evolutionarily conserved KEOPS is composed of four core subunits-Kae1, Bud32, Cgi121 and Pcc1, and a fifth Gon7/Pcc2 that is found in fungi and metazoa. KEOPS cooperates with Sua5/YRDC to catalyze the biosynthesis of tRNA N6-threonylcarbamoyladenosine (t6A), an essential modification needed for fitness of cellular organisms. Biochemical and structural characterizations of KEOPSs from archaea, yeast and humans have determined a t6A-catalytic role for Kae1 and auxiliary roles for other subunits. However, the precise molecular workings of KEOPSs still remain poorly understood. Here, we investigated the biochemical functions of A. thaliana KEOPS and determined a cryo-EM structure of A. thaliana KEOPS dimer. We show that A. thaliana KEOPS is composed of KAE1, BUD32, CGI121 and PCC1, which adopts a conserved overall arrangement. PCC1 dimerization leads to a KEOPS dimer that is needed for an active t6A-catalytic KEOPS-tRNA assembly. BUD32 participates in direct binding of tRNA to KEOPS and modulates the t6A-catalytic activity of KEOPS via its C-terminal tail and ATP to ADP hydrolysis. CGI121 promotes the binding of tRNA to KEOPS and potentiates the t6A-catalytic activity of KEOPS. These data and findings provide insights into mechanistic understanding of KEOPS machineries. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8k20.cif.gz | 217.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8k20.ent.gz | 172.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8k20.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k2/8k20 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k2/8k20 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 36808MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38813.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: GCP2, At4g22720, T12H17.110, T12H17_110 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O49653, N6-L-threonylcarbamoyladenine synthase #2: タンパク質 | | 分子量: 25170.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: At5g26110, T1N24.12, T1N24_12 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q94K14, non-specific serine/threonine protein kinase #3: タンパク質 | | 分子量: 19678.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: At4g34412 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6NMZ4 #4: タンパク質 | 分子量: 11592.994 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: At5g53045 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8GWD7 #5: 化合物 | ChemComp-FE / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: KEOPS complex from Arabidopsis thaliana / タイプ: COMPLEX 詳細: The sample contains KAE1, BUD32, CGI121 and PCC1, which form a KEOPS complex. Entity ID: #1-#4 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 詳細: 300 mM NaCl, 20 mM Tris-HCl pH 7.5,5 mM 2-mercaptoethanol |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: The sample was freshly purified by size exclusion chromatography. |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 105000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2700 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 900 nm / Cs: 0.27 mm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN / 最高温度: 89.8 K / 最低温度: 77.1 K |
撮影 | 平均露光時間: 3.6 sec. / 電子線照射量: 64 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
画像スキャン | 横: 5760 / 縦: 4092 |
-解析
EMソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / カテゴリ: モデル精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 232232 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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