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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8jzn | ||||||
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タイトル | Structure of a fungal 1,3-beta-glucan synthase | ||||||
要素 | 1,3-beta-glucan synthase component FKS1 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / fungi / drug target | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 fungal-type cell wall polysaccharide biosynthetic process / 1,3-beta-glucan synthase / 1,3-beta-D-glucan synthase activity / (1->3)-beta-D-glucan biosynthetic process / 1,3-beta-D-glucan synthase complex / fungal-type cell wall biogenesis / cellular bud / ascospore wall assembly / actin cortical patch / cellular bud tip ...fungal-type cell wall polysaccharide biosynthetic process / 1,3-beta-glucan synthase / 1,3-beta-D-glucan synthase activity / (1->3)-beta-D-glucan biosynthetic process / 1,3-beta-D-glucan synthase complex / fungal-type cell wall biogenesis / cellular bud / ascospore wall assembly / actin cortical patch / cellular bud tip / fungal-type cell wall / cellular bud neck / regulation of cell size / positive regulation of endocytosis / cell periphery / mitochondrion / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.47 Å | ||||||
データ登録者 | Zhao, C. / You, Z. / Chen, D. / Hang, J. / Wang, Z. / Meng, J. / Wang, L. / Zhao, P. / Qiao, J. / Yun, C. / Bai, L. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2023 タイトル: Structure of a fungal 1,3-β-glucan synthase. 著者: Chao-Ran Zhao / Zi-Long You / Dan-Dan Chen / Jing Hang / Zhao-Bin Wang / Meng Ji / Le-Xuan Wang / Peng Zhao / Jie Qiao / Cai-Hong Yun / Lin Bai / 要旨: 1,3-β-Glucan serves as the primary component of the fungal cell wall and is produced by 1,3-β-glucan synthase located in the plasma membrane. This synthase is a molecular target for antifungal ...1,3-β-Glucan serves as the primary component of the fungal cell wall and is produced by 1,3-β-glucan synthase located in the plasma membrane. This synthase is a molecular target for antifungal drugs such as echinocandins and the triterpenoid ibrexafungerp. In this study, we present the cryo-electron microscopy structure of 1,3-β-glucan synthase (Fks1) at 2.47-Å resolution. The structure reveals a central catalytic region adopting a cellulose synthase fold with a cytosolic conserved GT-A-type glycosyltransferase domain and a closed transmembrane channel responsible for glucan transportation. Two extracellular disulfide bonds are found to be crucial for Fks1 enzymatic activity. Through structural comparative analysis with cellulose synthases and structure-guided mutagenesis studies, we gain previously unknown insights into the molecular mechanisms of fungal 1,3-β-glucan synthase. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8jzn.cif.gz | 301.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8jzn.ent.gz | 237.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8jzn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8jzn_validation.pdf.gz | 2.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8jzn_full_validation.pdf.gz | 2.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8jzn_validation.xml.gz | 60.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8jzn_validation.cif.gz | 86.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jz/8jzn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jz/8jzn | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 36748MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 215076.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: FKS1, CND1, CWH53, ETG1, GLS1, GSC1, PBR1, YLR342W, L8300.6 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38631, 1,3-beta-glucan synthase | ||||||
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#2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | ||||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-ERG / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Fks1 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 215 kDa/nm / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
由来(組換発現) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm |
撮影 | 電子線照射量: 1.6 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 2.47 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1077552 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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