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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8jyk | |||||||||||||||||||||
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タイトル | Structure of the SARS-CoV-2 XBB.1.5 spike glycoprotein (closed state 1) | |||||||||||||||||||||
要素 | Spike glycoprotein | |||||||||||||||||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / spike protein / glycoprotein / VIRUS | |||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) | |||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.59 Å | |||||||||||||||||||||
データ登録者 | Yajima, H. / Anraku, Y. / Kita, S. / Kimura, K. / Sasaki, J. / Sasaki-Tabata, K. / Maenaka, K. / Hashiguchi, T. | |||||||||||||||||||||
資金援助 | 日本, 6件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Virological characteristics of the SARS-CoV-2 XBB.1.5 variant 著者: Tamura, T. / Ito, J. / Uriu, K. / Zahradnik, J. / Kida, I. / Anraku, Y. / Nasser, H. / Shofa, M. / Oda, Y. / Lytras, S. / Nao, N. / Itakura, Y. / Deguchi, S. / Suzuki, R. / Wang, L. / Begum, ...著者: Tamura, T. / Ito, J. / Uriu, K. / Zahradnik, J. / Kida, I. / Anraku, Y. / Nasser, H. / Shofa, M. / Oda, Y. / Lytras, S. / Nao, N. / Itakura, Y. / Deguchi, S. / Suzuki, R. / Wang, L. / Begum, M.M. / Kita, S. / Yajima, H. / Sasaki, J. / Sasaki-Tabata, K. / Shimizu, R. / Tsuda, M. / Kosugi, Y. / Fujita, S. / Pan, L. / Sauter, D. / Yoshimatsu, K. / Suzuki, S. / Asakura, H. / Nagashima, M. / Sadamasu, K. / Yoshimura, K. / Yamamoto, Y. / Nagamoto, T. / Schreiber, G. / Maenaka, K. / Hashiguchi, T. / Ikeda, T. / Fukuhara, T. / Saito, A. / Tanaka, S. / Matsuno, K. / Takayama, K. / Sato, K. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8jyk.cif.gz | 232.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8jyk.ent.gz | 179.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8jyk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8jyk_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8jyk_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8jyk_validation.xml.gz | 46.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8jyk_validation.cif.gz | 69.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jy/8jyk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jy/8jyk | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 36724MC 8jymC 8jynC 8jyoC 8jypC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: C3 (3回回転対称)) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 138086.094 Da / 分子数: 1 変異: F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P, R682G, R683S, R685G 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) 遺伝子: S, 2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DTC2 | ||||
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#2: 多糖 | #3: 糖 | ChemComp-NAG / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: SARS-CoV-2 XBB1.5 spike glycoprotein / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.42 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||||||||||
ウイルスについての詳細 | 中空か: YES / エンベロープを持つか: YES | ||||||||||||||||||||
天然宿主 | 生物種: Homo sapiens | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 1.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 291 K / 詳細: blotting time 5 s and blotting force 5. |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 130000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 1800 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 1.5 sec. / 電子線照射量: 50.4 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 3522 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
画像スキャン | 横: 5760 / 縦: 4092 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1201208 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C3 (3回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.59 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 84161 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 8IOS Accession code: 8IOS / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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