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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8jr8 | ||||||||||||||||||
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タイトル | MapSPARTA dimer bound with guide-target | ||||||||||||||||||
要素 |
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キーワード | DNA BINDING PROTEIN/DNA/RNA / SPARTA / Ago / Tir / DNA BINDING PROTEIN-DNA-RNA complex | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||||||||||||||
生物種 | Maribacter polysiphoniae (バクテリア) | ||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.48 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Huang, P.P. / Li, Z.X. / Guo, L.J. / Xiao, Y.B. / Chen, M.R. | ||||||||||||||||||
資金援助 | 中国, 5件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Cryo-EM Structure of MapSPARTA 著者: Huang, P.P. / Guo, L.J. / Li, Z.X. / Yan, P.R. / Chen, M.R. / Xiao, Y.B. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8jr8.cif.gz | 341 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8jr8.ent.gz | 266.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8jr8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8jr8_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8jr8_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8jr8_validation.xml.gz | 58 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8jr8_validation.cif.gz | 86.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jr/8jr8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jr/8jr8 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 36592MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 6651.949 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: guide RNA / 由来: (合成) Maribacter polysiphoniae (バクテリア) #2: DNA鎖 | 分子量: 7675.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: target DNA / 由来: (合成) Maribacter polysiphoniae (バクテリア) #3: タンパク質 | 分子量: 58091.410 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Maribacter polysiphoniae (バクテリア) 遺伝子: LX92_01809 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A316E3U6 #4: タンパク質 | 分子量: 53270.594 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Maribacter polysiphoniae (バクテリア) 遺伝子: LX92_01810 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A316E683 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Maribacter polysiphoniae short Ago complexed with TIR-APAZ タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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由来(天然) | 生物種: Maribacter polysiphoniae (バクテリア) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2400 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 3.48 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 79726 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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