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- PDB-8jqi: Cryo EM map of full length PLC gamma 2 and FGFR1 Kinase Domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8jqi
タイトルCryo EM map of full length PLC gamma 2 and FGFR1 Kinase Domain
要素
  • 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase gamma-2
  • Fibroblast growth factor receptor 1
キーワードHYDROLASE / PLCg2 / PLC gamma 2
機能・相同性
機能・相同性情報


inositol trisphosphate biosynthetic process / regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / positive regulation of dendritic cell cytokine production / follicular B cell differentiation / Signaling by FGFR1 amplification mutants / negative regulation of fibroblast growth factor production / positive regulation of mitotic cell cycle DNA replication / regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / Signaling by plasma membrane FGFR1 fusions / diphosphate metabolic process ...inositol trisphosphate biosynthetic process / regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / positive regulation of dendritic cell cytokine production / follicular B cell differentiation / Signaling by FGFR1 amplification mutants / negative regulation of fibroblast growth factor production / positive regulation of mitotic cell cycle DNA replication / regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / Signaling by plasma membrane FGFR1 fusions / diphosphate metabolic process / phosphoinositide phospholipase C / regulation of phosphate transport / regulation of lateral mesodermal cell fate specification / FGFR1c and Klotho ligand binding and activation / antifungal innate immune response / vitamin D3 metabolic process / cementum mineralization / positive regulation of MAPKKK cascade by fibroblast growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of interleukin-23 production / cellular response to lectin / regulation of branching involved in salivary gland morphogenesis by mesenchymal-epithelial signaling / receptor-receptor interaction / response to sodium phosphate / fibroblast growth factor receptor signaling pathway involved in orbitofrontal cortex development / response to yeast / ventricular zone neuroblast division / phosphorylation-dependent protein binding / Epithelial-Mesenchymal Transition (EMT) during gastrulation / auditory receptor cell development / chordate embryonic development / positive regulation of phospholipase activity / phosphatidylinositol metabolic process / Toll Like Receptor 4 (TLR4) Cascade / positive regulation of cell cycle G1/S phase transition / positive regulation of parathyroid hormone secretion / mesenchymal cell proliferation / paraxial mesoderm development / positive regulation of phagocytosis, engulfment / regulation of postsynaptic density assembly / positive regulation of neuroinflammatory response / cell activation / FGFR1b ligand binding and activation / Signaling by activated point mutants of FGFR1 / Erythropoietin activates Phospholipase C gamma (PLCG) / FGFR1c ligand binding and activation / phospholipase C activity / organ induction / Downstream signaling of activated FGFR1 / branching involved in salivary gland morphogenesis / Phospholipase C-mediated cascade: FGFR1 / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate phospholipase C activity / lung-associated mesenchyme development / phosphatidylinositol biosynthetic process / programmed cell death / cell projection assembly / macrophage activation involved in immune response / phospholipid catabolic process / cellular response to lipid / outer ear morphogenesis / embryonic limb morphogenesis / regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / negative regulation of programmed cell death / positive regulation of endothelial cell chemotaxis / positive regulation of vascular endothelial cell proliferation / positive regulation of mesenchymal cell proliferation / positive regulation of macrophage cytokine production / ureteric bud development / skeletal system morphogenesis / cardiac muscle cell proliferation / middle ear morphogenesis / inner ear morphogenesis / toll-like receptor signaling pathway / phosphatidylinositol-mediated signaling / PI-3K cascade:FGFR1 / Formation of paraxial mesoderm / Dectin-2 family / positive regulation of stem cell proliferation / intracellular vesicle / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / Synthesis of IP3 and IP4 in the cytosol / midbrain development / positive regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / Fc-epsilon receptor signaling pathway / fibroblast growth factor binding / B cell activation / regulation of cell differentiation / positive regulation of interleukin-10 production / regulation of lipid metabolic process / positive regulation of receptor internalization / Generation of second messenger molecules / PI3K Cascade / positive regulation of epithelial cell migration / epithelial to mesenchymal transition / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of type I interferon production / Role of phospholipids in phagocytosis / chondrocyte differentiation / positive regulation of MAP kinase activity
類似検索 - 分子機能
1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase gamma-2, SH3 domain / Phosphatidylinositol-4, 5-bisphosphate phosphodiesterase gamma / PLC-gamma, C-terminal SH2 domain / PLC-gamma, N-terminal SH2 domain / PLCG EF-hand motif 2 / Pleckstrin homology domain / Fibroblast growth factor receptor 1, catalytic domain / Phosphoinositide phospholipase C family / Phospholipase C, phosphatidylinositol-specific, Y domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, Y domain ...1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase gamma-2, SH3 domain / Phosphatidylinositol-4, 5-bisphosphate phosphodiesterase gamma / PLC-gamma, C-terminal SH2 domain / PLC-gamma, N-terminal SH2 domain / PLCG EF-hand motif 2 / Pleckstrin homology domain / Fibroblast growth factor receptor 1, catalytic domain / Phosphoinositide phospholipase C family / Phospholipase C, phosphatidylinositol-specific, Y domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, Y domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase Y-box domain profile. / Phospholipase C, catalytic domain (part); domain Y / Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, X domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, X domain / Phospholipase C, catalytic domain (part); domain X / Phosphatidylinositol-specific phospholipase X-box domain profile. / PLC-like phosphodiesterase, TIM beta/alpha-barrel domain superfamily / Fibroblast growth factor receptor family / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain / C2 domain profile. / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / C2 domain superfamily / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / : / SH3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / EF-hand domain pair / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / PH-like domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Fibroblast growth factor receptor 1 / 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase gamma-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Shin, Y.-C. / Liao, M.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用
ジャーナル: Sci Adv / 年: 2024
タイトル: The crystal and cryo-EM structures of PLCγ2 reveal dynamic interdomain recognitions in autoinhibition.
著者: Young-Cheul Shin / Ashlee Marie Plummer-Medeiros / Alison Mungenast / Hyeong-Wook Choi / Karen TenDyke / Xiaojie Zhu / Jennifer Shepard / Kristen Sanders / Ningning Zhuang / Liang Hu / ...著者: Young-Cheul Shin / Ashlee Marie Plummer-Medeiros / Alison Mungenast / Hyeong-Wook Choi / Karen TenDyke / Xiaojie Zhu / Jennifer Shepard / Kristen Sanders / Ningning Zhuang / Liang Hu / Dongming Qian / Kangkang Song / Chen Xu / John Wang / Suresh B Poda / Maofu Liao / Yu Chen /
要旨: Phospholipase C gamma 2 (PLCγ2) plays important roles in cell signaling downstream of various membrane receptors. PLCγ2 contains a multidomain inhibitory region critical for its regulation, while ...Phospholipase C gamma 2 (PLCγ2) plays important roles in cell signaling downstream of various membrane receptors. PLCγ2 contains a multidomain inhibitory region critical for its regulation, while it has remained unclear how these domains contribute to PLCγ2 activity modulation. Here we determined three structures of human PLCγ2 in autoinhibited states, which reveal dynamic interactions at the autoinhibition interface, involving the conformational flexibility of the Src homology 3 (SH3) domain in the inhibitory region, and its previously unknown interaction with a carboxyl-terminal helical domain in the core region. We also determined a structure of PLCγ2 bound to the kinase domain of fibroblast growth factor receptor 1 (FGFR1), which demonstrates the recognition of FGFR1 by the nSH2 domain in the inhibitory region of PLCγ2. Our results provide structural insights into PLCγ2 regulation that will facilitate future mechanistic studies to understand the entire activation process.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2023
タイトル: The crystal and cryo-EM structures of PLC gamma 2 reveal dynamic inter-domain recognitions in autoinhibition
著者: Shin, Y.C. / Plummer-Medeiros, A.M. / Mungenast, A. / Choi, H.W. / TenDyke, K. / Zhu, X. / Shepard, J. / Zhuang, N. / Hu, L. / Qian, D. / Song, K. / Xu, C. / Wang, J. / Poda, S.B. / Liao, M. / Chen, Y.
履歴
登録2023年6月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase gamma-2
B: Fibroblast growth factor receptor 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)240,0532
ポリマ－240,0532
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase gamma-2 / Phosphoinositide phospholipase C-gamma-2 / Phospholipase C-IV / PLC-IV / Phospholipase C-gamma-2 / PLC-gamma-2


分子量: 148074.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLCG2 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P16885, phosphoinositide phospholipase C
#2: タンパク質 Fibroblast growth factor receptor 1 / FGFR-1 / Basic fibroblast growth factor receptor 1 / BFGFR / bFGF-R-1 / Fms-like tyrosine kinase 2 ...FGFR-1 / Basic fibroblast growth factor receptor 1 / BFGFR / bFGF-R-1 / Fms-like tyrosine kinase 2 / FLT-2 / N-sam / Proto-oncogene c-Fgr


分子量: 91978.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FGFR1, BFGFR, CEK, FGFBR, FLG, FLT2, HBGFR / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P11362, receptor protein-tyrosine kinase
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: PLCg2 and FGFR1 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量値: 0.1478 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 株: HEK293F
緩衝液pH: 7.9 / 詳細: 25 mM Tris pH 7.9, 150 mM NaCl, 1mM TCEP
試料濃度: 2.7 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 53.0932 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 45439 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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