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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8jlw | ||||||
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タイトル | CCHFV envelope protein Gc in complex with Gc8 | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN / CCHFV / envelope protein / antibody / Bunyavirus | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 host cell Golgi membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell endoplasmic reticulum membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / virion membrane / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Crimean-Congo hemorrhagic fever orthonairovirus (ウイルス) Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Chong, T. / Cao, S. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2024 タイトル: Neutralizing monoclonal antibodies against the Gc fusion loop region of Crimean-Congo hemorrhagic fever virus. 著者: Liushuai Li / Tingting Chong / Lu Peng / Yajie Liu / Guibo Rao / Yan Fu / Yanni Shu / Jiamei Shen / Qinghong Xiao / Jia Liu / Jiang Li / Fei Deng / Bing Yan / Zhihong Hu / Sheng Cao / Manli Wang / 要旨: Crimean-Congo hemorrhagic fever virus (CCHFV) is a highly pathogenic tick-borne virus, prevalent in more than 30 countries worldwide. Human infection by this virus leads to severe illness, with an ...Crimean-Congo hemorrhagic fever virus (CCHFV) is a highly pathogenic tick-borne virus, prevalent in more than 30 countries worldwide. Human infection by this virus leads to severe illness, with an average case fatality of 40%. There is currently no approved vaccine or drug to treat the disease. Neutralizing antibodies are a promising approach to treat virus infectious diseases. This study generated 37 mouse-derived specific monoclonal antibodies against CCHFV Gc subunit. Neutralization assays using pseudotyped virus and authentic CCHFV identified Gc8, Gc13, and Gc35 as neutralizing antibodies. Among them, Gc13 had the highest neutralizing activity and binding affinity with CCHFV Gc. Consistently, Gc13, but not Gc8 or Gc35, showed in vivo protective efficacy (62.5% survival rate) against CCHFV infection in a lethal mouse infection model. Further characterization studies suggested that Gc8 and Gc13 may recognize a similar, linear epitope in domain II of CCHFV Gc, while Gc35 may recognize a different epitope in Gc. Cryo-electron microscopy of Gc-Fab complexes indicated that both Gc8 and Gc13 bind to the conserved fusion loop region and Gc13 had stronger interactions with sGc-trimers. This was supported by the ability of Gc13 to block CCHFV GP-mediated membrane fusion. Overall, this study provides new therapeutic strategies to treat CCHF and new insights into the interaction between antibodies with CCHFV Gc proteins. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8jlw.cif.gz | 74.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8jlw.ent.gz | 46 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8jlw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8jlw_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8jlw_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8jlw_validation.xml.gz | 24.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8jlw_validation.cif.gz | 32.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jl/8jlw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jl/8jlw | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 36406MC 8jkdC 8jlxC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 65809.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Crimean-Congo hemorrhagic fever orthonairovirus (ウイルス) 遺伝子: GP / 細胞株 (発現宿主): Schneider S2 cells 発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 参照: UniProt: Q8JSZ3 |
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#2: 抗体 | 分子量: 12943.243 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) |
#3: 抗体 | 分子量: 11675.046 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: CCHFV envelope protein Gc-Gc8 complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Crimean-Congo hemorrhagic fever virus strain IbAr10200 (ウイルス) |
由来(組換発現) | 生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 細胞: Schneider S2 cells |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: JEOL CRYO ARM 300 |
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電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア | 名称: cryoSPARC / カテゴリ: 3次元再構成 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 591697 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 43.83 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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