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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8jke | ||||||
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タイトル | AfsR(T337A) transcription activation complex | ||||||
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![]() | GENE REGULATION/DNA / RNA polymerase / SARP regulator / gene regulation / TRANSCRIPTION / GENE REGULATION-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() pigment binding / bacterial-type RNA polymerase holo enzyme binding / sigma factor activity / phosphorelay signal transduction system / rRNA transcription / antibiotic biosynthetic process / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / ADP binding ...pigment binding / bacterial-type RNA polymerase holo enzyme binding / sigma factor activity / phosphorelay signal transduction system / rRNA transcription / antibiotic biosynthetic process / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / ADP binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Streptomyces coelicolor A3 | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.67 Å | ||||||
![]() | Wang, Y. / Zheng, J. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural and functional characterization of AfsR, an SARP family transcriptional activator of antibiotic biosynthesis in Streptomyces. 著者: Yiqun Wang / Xu Yang / Feng Yu / Zixin Deng / Shuangjun Lin / Jianting Zheng / ![]() 要旨: Streptomyces antibiotic regulatory proteins (SARPs) are widely distributed activators of antibiotic biosynthesis. Streptomyces coelicolor AfsR is an SARP regulator with an additional nucleotide- ...Streptomyces antibiotic regulatory proteins (SARPs) are widely distributed activators of antibiotic biosynthesis. Streptomyces coelicolor AfsR is an SARP regulator with an additional nucleotide-binding oligomerization domain (NOD) and a tetratricopeptide repeat (TPR) domain. Here, we present cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures and in vitro assays to demonstrate how the SARP domain activates transcription and how it is modulated by NOD and TPR domains. The structures of transcription initiation complexes (TICs) show that the SARP domain forms a side-by-side dimer to simultaneously engage the afs box overlapping the -35 element and the σHrdB region 4 (R4), resembling a sigma adaptation mechanism. The SARP extensively interacts with the subunits of the RNA polymerase (RNAP) core enzyme including the β-flap tip helix (FTH), the β' zinc-binding domain (ZBD), and the highly flexible C-terminal domain of the α subunit (αCTD). Transcription assays of full-length AfsR and truncated proteins reveal the inhibitory effect of NOD and TPR on SARP transcription activation, which can be eliminated by ATP binding. In vitro phosphorylation hardly affects transcription activation of AfsR, but counteracts the disinhibition of ATP binding. Overall, our results present a detailed molecular view of how AfsR serves to activate transcription. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 799.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 619.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 36370MC ![]() 8hvrC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 6分子 ABKCDE
#1: タンパク質 | 分子量: 36734.641 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: rpoA, GTW64_13255 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: タンパク質 | | 分子量: 128644.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: rpoB, SCO4654, SCD82.26 / 発現宿主: ![]() ![]() #3: タンパク質 | | 分子量: 145912.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: rpoC, SCO4655, SCD40A.01, SCD82.27 / 発現宿主: ![]() ![]() #4: タンパク質 | | 分子量: 9716.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: rpoZ, SCO1478, SC9C5.02c / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-タンパク質 , 4種, 5分子 FGHIJ
#5: タンパク質 | 分子量: 58188.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: hrdB, sigA, SCO5820, SC5B8.10 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#6: タンパク質 | 分子量: 14146.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: rbpA, SCO1421 / 発現宿主: ![]() ![]() |
#7: タンパク質 | 分子量: 17855.338 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: SCD8A.05 / 発現宿主: ![]() ![]() |
#8: タンパク質 | 分子量: 107983.930 Da / 分子数: 2 / Mutation: T337A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: afsR, afsB, SCO4426, SCD6.04c / 発現宿主: ![]() ![]() |
-DNA鎖 , 2種, 2分子 OP
#9: DNA鎖 | 分子量: 19863.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) ![]() |
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#10: DNA鎖 | 分子量: 20086.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) ![]() |
-非ポリマー , 2種, 3分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
#11: 化合物 | ChemComp-MG / |
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#12: 化合物 |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: AfsR(T337A)-dependent transcription activation complex with afsS promoter タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#10 / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.7 MDa / 実験値: YES | |||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() | |||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.8 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | |||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 289 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 130000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: BASIC |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER 最高温度: 77 K / 最低温度: 77 K |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 32 |
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解析
EMソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / カテゴリ: モデル精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 193644 | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.67 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 45208 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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