PDB-8jhq: Cryo-EM structure of human S1P transporter SPNS2 bound with S1P

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8jhq

タイトル

Cryo-EM structure of human S1P transporter SPNS2 bound with S1P

要素

Sphingosine-1-phosphate transporter SPNS2,GlgA glycogen synthase

キーワード

LIPID TRANSPORT / Transpoter

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of eye pigmentation / regulation of humoral immune response / regulation of T cell migration / sphingolipid transporter activity / glycogen (starch) synthase activity / lymphocyte migration / sphingolipid biosynthetic process / Sphingolipid de novo biosynthesis / sphingosine-1-phosphate receptor signaling pathway / glycogen biosynthetic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Pyrococcus abyssi (古細菌)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å

データ登録者

Pang, B. / Yu, L.Y. / Ren, R.B.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Cell Res / 年: 2024
タイトル: Molecular basis of Spns2-facilitated sphingosine-1-phosphate transport.
著者: Bin Pang / Leiye Yu / Tong Li / Haizhan Jiao / Xiaomei Wu / Jinxin Wang / Ruiping He / Yurou Zhang / Juan Wang / Hongli Hu / Wei Dai / Li Chen / Ruobing Ren /

履歴

登録	2023年5月25日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2024年1月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8jhq.cif.gz	94.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8jhq.ent.gz	65.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8jhq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8jhq_validation.pdf.gz	413.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8jhq_full_validation.pdf.gz	417.2 KB	表示
XML形式データ	8jhq_validation.xml.gz	10.2 KB	表示
CIF形式データ	8jhq_validation.cif.gz	15.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jh/8jhq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jh/8jhq	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	36284MC 36285C 8jhrC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (5) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (5) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Sphingosine-1-phosphate transporter SPNS2,GlgA glycogen synthase

ヘテロ分子

82.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	Sphingosine-1-phosphate transporter SPNS2,GlgA glycogen synthase / Protein spinster homolog 2 / Glycogen synthase 分子量: 82089.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay) (古細菌) 遺伝子: SPNS2, PAB2292 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8IVW8, UniProt: Q9V2J8
#2: 化合物	ChemComp-S1P / (2S,3R,4E)-2-amino-3-hydroxyoctadec-4-en-1-yl dihydrogen phosphate / sphingosine 1-phosphate / りん酸(2S,3R)-2-アミノ-3-ヒドロキシ-4-オクタデセニル分子量: 379.472 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₃₈NO₅P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素

名称: SPNS2 fused with PGS / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT

由来(天然)

ID	Entity assembly-ID	生物種	Ncbi tax-ID
2	1	Homo sapiens (ヒト)	9606
3	1	Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay) (古細菌)	272844

由来(組換発現)

生物種:

Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293F

緩衝液

pH: 8.5

試料

包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES

急速凍結

凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影	電子線照射量: 54.9 e/Å² / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / カテゴリ: モデル精密化

CTF補正

タイプ: NONE

3次元再構成

解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 390253 / 対称性のタイプ: POINT

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.003	3513
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.612	4769
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	5.5	496
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.04	558
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.004	587

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関連情報:EMDBヘッダ

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