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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8jew | ||||||
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タイトル | Human sodium-dependent vitamin C transporter 1 bound to L-ascorbic acid in an inward-open state | ||||||
要素 | Solute carrier family 23 member 1 | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / Transporter / Membrane protein / Ascorbic acid / Vitamin C / Sodium | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nucleobase transport / L-ascorbate:sodium symporter activity / L-ascorbic acid transmembrane transporter activity / L-ascorbic acid transmembrane transport / nucleobase transmembrane transporter activity / dehydroascorbic acid transmembrane transporter activity / dehydroascorbic acid transport / sodium ion transmembrane transporter activity / Vitamin C (ascorbate) metabolism / L-ascorbic acid metabolic process ...nucleobase transport / L-ascorbate:sodium symporter activity / L-ascorbic acid transmembrane transporter activity / L-ascorbic acid transmembrane transport / nucleobase transmembrane transporter activity / dehydroascorbic acid transmembrane transporter activity / dehydroascorbic acid transport / sodium ion transmembrane transporter activity / Vitamin C (ascorbate) metabolism / L-ascorbic acid metabolic process / urate transmembrane transporter activity / intracellular organelle / sodium ion transport / basal plasma membrane / lung development / brain development / response to toxic substance / apical plasma membrane / extracellular exosome / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.49 Å | ||||||
データ登録者 | Kobayashi, T.A. / Kusakizako, T. / Nureki, O. | ||||||
資金援助 | 日本, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Cryo-EM structures of human vitamin C transporter SVCT1 著者: Kobayashi, T.A. / Kusakizako, T. / Nureki, O. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8jew.cif.gz | 123.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8jew.ent.gz | 89.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8jew.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8jew_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8jew_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8jew_validation.xml.gz | 28.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8jew_validation.cif.gz | 41.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/je/8jew ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/je/8jew | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: C2 (2回回転対称)) | ||||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 64860.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC23A1, SVCT1, YSPL3 / プラスミド: pEG BacMam / 細胞株 (発現宿主): HEK293S GnTI- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UHI7 |
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-糖 , 2種, 2分子
#2: 糖 | ChemComp-ASC / |
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#7: 糖 | ChemComp-NAG / |
-非ポリマー , 6種, 11分子
#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-LBN / | #6: 化合物 | #8: 化合物 | ChemComp-PLM / | #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Human SVCT1 dimer in a substrate-bound inward-open state タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 105000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 1600 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 電子線照射量: 49.7 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3753 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 25 eV |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 2852953 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.49 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 147401 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | Accession code: Q9UHI7 / Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 解像度: 2.49→2.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.852 / SU B: 4.878 / SU ML: 0.105 / ESU R: 0.126 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: PARAMETERS FOR MASK CACLULATION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 70.175 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 合計: 4142 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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