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万見
- PDB-8jan: In situ structures of the ultra-long extended tail of Myoviridae ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8jan
タイトルIn situ structures of the ultra-long extended tail of Myoviridae phage P1
要素
  • BplB
  • Gp22
  • Gp24
キーワードVIRAL PROTEIN / Complex / phage / VIRUS
機能・相同性Gp24 / Gp22 / BplB
機能・相同性情報
生物種Escherichia phage P1 (ファージ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Zhou, J.Q. / Liu, H.R.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)12034006 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32071209 中国
引用ジャーナル: Viruses / 年: 2023
タイトル: In Situ Structures of the Ultra-Long Extended and Contracted Tail of Myoviridae Phage P1.
著者: Fan Yang / Liwen Wang / Junquan Zhou / Hao Xiao / Hongrong Liu /
要旨: The phage tail is a common component of contractile injection systems (CISs), essential for exerting contractile function and facilitating membrane penetration of the inner tail tube. The near- ...The phage tail is a common component of contractile injection systems (CISs), essential for exerting contractile function and facilitating membrane penetration of the inner tail tube. The near-atomic resolution structures of the tail have been extensively studied, but the dynamic conformational changes before and after contraction and the associated molecular mechanism are still unclear. Here, we present the extended and contracted intact tail-structures of phage P1 by cryo-EM. The ultra-long tail of P1, 2450 Å in length, consists of a neck, a tail terminator, 53 repeated tail sheath rings, 53 repeated tube rings, and a baseplate. The sheath of the contracted tail shrinks by approximately 55%, resulting in the separation of the inner rigid tail tube from the sheath. The extended and contracted tails were further resolved by local reconstruction at 3.3 Å and 3.9 Å resolutions, respectively, allowing us to build the atomic models of the tail terminator protein gp24, the tube protein BplB, and the sheath protein gp22 for the extended tail, and of the sheath protein gp22 for the contracted tail. Our atomic models reveal the complex interaction network in the ultra-long tail and the novel conformational changes of the tail sheath between extended and contracted states. Our structures provide insights into the contraction and stabilization mechanisms of the tail.
履歴
登録2023年5月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年6月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
a: BplB
b: BplB
c: BplB
d: BplB
e: BplB
f: BplB
g: BplB
h: BplB
i: BplB
j: BplB
k: BplB
l: BplB
m: Gp22
n: Gp22
o: Gp22
p: Gp22
q: Gp22
r: Gp22
s: Gp22
t: Gp22
u: Gp22
v: Gp22
w: Gp22
x: Gp22
y: Gp24
z: Gp24
A: Gp24
B: Gp24
C: Gp24
D: Gp24


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,083,42330
ポリマ－1,083,42330
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
BplB / Tail tube protein


分子量: 18827.127 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia phage P1 (ファージ) / 参照: UniProt: Q71TM5
#2: タンパク質
Gp22 / Tail sheath protein


分子量: 56989.246 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia phage P1 (ファージ) / 参照: UniProt: Q71TB2
#3: タンパク質
Gp24 / Tail terminator protein


分子量: 28937.674 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia phage P1 (ファージ) / 参照: UniProt: Q71T90

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Escherichia phage P1 / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Escherichia phage P1 (ファージ)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: SPECIES / タイプ: VIRION
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1600 nm
撮影電子線照射量: 30 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: RELION / カテゴリ: ３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C6 (6回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 32031 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00376584
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.504104136
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.2710590
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04412012
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00413488

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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