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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ja7 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Mycobacterium tuberculosis LpqY-SugABC in complex with trehalose | |||||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN / ABC transporter | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ABC-type carbohydrate transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, transmembrane substrate-binding subunit-containing / trehalose transmembrane transporter activity / trehalose transport / トランスロカーゼ; 炭水化物とその誘導体の輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解を伴う / biological process involved in interaction with host / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / transmembrane transport / periplasmic space ...ABC-type carbohydrate transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, transmembrane substrate-binding subunit-containing / trehalose transmembrane transporter activity / trehalose transport / トランスロカーゼ; 炭水化物とその誘導体の輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解を伴う / biological process involved in interaction with host / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / transmembrane transport / periplasmic space / protein homodimerization activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.02 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhang, B. / Liang, J. / Rao, Z. | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2023 タイトル: Molecular recognition of trehalose and trehalose analogues by LpqY-SugABC. 著者: Jingxi Liang / Fengjiang Liu / Peng Xu / Wei Shangguan / Tianyu Hu / Shule Wang / Xiaolin Yang / Zhiqi Xiong / Xiuna Yang / Luke W Guddat / Biao Yu / Zihe Rao / Bing Zhang / 要旨: Trehalose plays a crucial role in the survival and virulence of the deadly human pathogen (). The type I ATP-binding cassette (ABC) transporter LpqY-SugABC is the sole pathway for trehalose to enter ...Trehalose plays a crucial role in the survival and virulence of the deadly human pathogen (). The type I ATP-binding cassette (ABC) transporter LpqY-SugABC is the sole pathway for trehalose to enter . The substrate-binding protein, LpqY, which forms a stable complex with the translocator SugABC, recognizes and captures trehalose and its analogues in the periplasmic space, but the precise molecular mechanism for this process is still not well understood. This study reports a 3.02-Å cryoelectron microscopy structure of trehalose-bound LpqY-SugABC in the pretranslocation state, a crystal structure of LpqY in a closed form with trehalose bound and five crystal structures of LpqY in complex with different trehalose analogues. These structures, accompanied by substrate-stimulated ATPase activity data, reveal how LpqY recognizes and binds trehalose and its analogues, and highlight the flexibility in the substrate binding pocket of LpqY. These data provide critical insights into the design of trehalose analogues that could serve as potential molecular probe tools or as anti-TB drugs. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8ja7.cif.gz | 306.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8ja7.ent.gz | 247 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8ja7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8ja7_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8ja7_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8ja7_validation.xml.gz | 61 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8ja7_validation.cif.gz | 91.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ja/8ja7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ja/8ja7 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 36125MC 8ja8C 8ja9C 8jaaC 8jabC 8jacC 8jadC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33041.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) 遺伝子: sugA 発現宿主: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) 参照: UniProt: P9WG03 | ||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 29145.537 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) 遺伝子: sugB 発現宿主: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) 参照: UniProt: P9WG01 | ||||
#3: タンパク質 | 分子量: 49803.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) 遺伝子: lpqY 発現宿主: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) 参照: UniProt: P9WGU9 | ||||
#4: タンパク質 | 分子量: 42964.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) 遺伝子: sugC 発現宿主: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) 参照: UniProt: P9WQI3, トランスロカーゼ; 炭水化物とその誘導体の輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解を伴う #5: 多糖 | alpha-D-glucopyranose-(1-1)-alpha-D-glucopyranose | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: LpqY-SugABC / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) |
由来(組換発現) | 生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN |
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電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.16_3549: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.02 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 50775 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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