PDB-8j7z: Structure of FCP trimer in Cyclotella meneghiniana

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8j7z

タイトル

Structure of FCP trimer in Cyclotella meneghiniana

要素

FCP

キーワード

PHOTOSYNTHESIS / Cm-FCP-trimer

機能・相同性

Chem-A86 / CHLOROPHYLL A / Chlorophyll c1 / Chlorophyll c2 / Chem-SQD

機能・相同性情報

生物種

Stephanocyclus meneghinianus (珪藻)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.72 Å

データ登録者

Shen, L.L. / Li, Z.H. / Shen, J.R. / Wang, W.D.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structural insights into photosystem II supercomplex and trimeric FCP antennae of a centric diatom Cyclotella meneghiniana.
著者: Songhao Zhao / Lili Shen / Xiaoyi Li / Qiushuang Tao / Zhenhua Li / Caizhe Xu / Cuicui Zhou / Yanyan Yang / Min Sang / Guangye Han / Long-Jiang Yu / Tingyun Kuang / Jian-Ren Shen / Wenda Wang /

要旨: Diatoms are dominant marine algae and contribute around a quarter of global primary productivity, the success of which is largely attributed to their photosynthetic capacity aided by specific ...

履歴

登録	2023年4月28日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年12月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8j7z.cif.gz	165.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8j7z.ent.gz	144.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8j7z.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8j7z_validation.pdf.gz	3.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8j7z_full_validation.pdf.gz	3.8 MB	表示
XML形式データ	8j7z_validation.xml.gz	53.7 KB	表示
CIF形式データ	8j7z_validation.cif.gz	66 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j7/8j7z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j7/8j7z	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	36054MC 35987C 37267C 37268C 8j5kC 8w4oC 8w4pC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
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登録構造単位

A: FCP

B: FCP

C: FCP

ヘテロ分子

103 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質	FCP 分子量: 19815.451 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然詳細: fcp05 (fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein 05) 由来: (天然) Stephanocyclus meneghinianus (珪藻)

-
非ポリマー , 5種, 57分子

#2: 化合物	... ChemComp-A86 / (3S,3'S,5R,5'R,6S,6'R,8'R)-3,5'-dihydroxy-8-oxo-6',7'-didehydro-5,5',6,6',7,8-hexahydro-5,6-epoxy-beta,beta-caroten-3'- yl acetate / Fucoxanthin 分子量: 658.906 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₂H₅₈O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	... ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A 分子量: 893.489 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅₅H₇₂MgN₄O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-KC2 / Chlorophyll c2 分子量: 608.926 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₅H₂₈MgN₄O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-KC1 / Chlorophyll c1 分子量: 610.941 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₅H₃₀MgN₄O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-SQD / 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / SULFOQUINOVOSYLDIACYLGLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル分子量: 795.116 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₁H₇₈O₁₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素	名称: Cm-FCP-trimer / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL
由来(天然)	生物種: Stephanocyclus meneghinianus (珪藻)
緩衝液	pH: 6.5
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影	電子線照射量: 60 e/Å² フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

3次元再構成

解像度: 2.72 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 970425 / 対称性のタイプ: POINT

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.006	7499
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	1.097	10584
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	15.754	2188
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.051	838
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.003	1386

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