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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8j6f | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the Tocilizumab Fab/IL-6R complex | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM / antibody / IL-6R / structural protein | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ciliary neurotrophic factor binding / interleukin-6 receptor activity / interleukin-6 binding / hepatic immune response / : / interleukin-11 receptor activity / interleukin-11 binding / ciliary neurotrophic factor-mediated signaling pathway / ciliary neurotrophic factor receptor complex / interleukin-6 receptor complex ...ciliary neurotrophic factor binding / interleukin-6 receptor activity / interleukin-6 binding / hepatic immune response / : / interleukin-11 receptor activity / interleukin-11 binding / ciliary neurotrophic factor-mediated signaling pathway / ciliary neurotrophic factor receptor complex / interleukin-6 receptor complex / negative regulation of collagen biosynthetic process / endocrine pancreas development / T-helper 17 cell lineage commitment / negative regulation of interleukin-8 production / positive regulation of glomerular mesangial cell proliferation / vascular endothelial growth factor production / positive regulation of leukocyte chemotaxis / neutrophil mediated immunity / cytokine receptor activity / Interleukin-6 signaling / interleukin-6-mediated signaling pathway / MAPK3 (ERK1) activation / monocyte chemotaxis / MAPK1 (ERK2) activation / positive regulation of osteoblast differentiation / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / positive regulation of chemokine production / extrinsic apoptotic signaling pathway / response to cytokine / acute-phase response / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of interleukin-6 production / Transcriptional regulation of granulopoiesis / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / defense response to Gram-negative bacterium / Potential therapeutics for SARS / positive regulation of MAPK cascade / receptor complex / defense response to Gram-positive bacterium / apical plasma membrane / external side of plasma membrane / positive regulation of cell population proliferation / enzyme binding / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular region / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | ||||||
データ登録者 | She, J. / Chen, L. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Cryo-EM structures of tocilizumab and sarilumab Fabs in complex with IL-6R 著者: She, J. / Wang, M.X. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8j6f.cif.gz | 117.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8j6f.ent.gz | 83.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8j6f.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8j6f_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8j6f_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8j6f_validation.xml.gz | 29.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8j6f_validation.cif.gz | 40.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j6/8j6f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j6/8j6f | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 36003MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 24125.080 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
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#2: 抗体 | 分子量: 23527.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
#3: タンパク質 | 分子量: 40283.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL6R / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P08887 |
#4: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1148.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL6R / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P08887 |
#5: 糖 | ChemComp-NAG / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: the tocilizumab Fab/IL-6R complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN |
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電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2700 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1400 nm |
撮影 | 電子線照射量: 55 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 351599 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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