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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8j5p | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of native RC-LH complex from Roseiflexus castenholzii at 2,000lux | ||||||
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![]() | PHOTOSYNTHESIS / RC-LH core complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() organelle inner membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / chlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / photosynthetic electron transport in photosystem II / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding ...organelle inner membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / chlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / photosynthetic electron transport in photosystem II / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | ||||||
![]() | Xu, X. / Xin, J. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Carotenoid assembly regulates quinone diffusion and the reaction center-light harvesting complex architecture. 著者: Jiyu Xin / Yang Shi / Xin Zhang / Xinyi Yuan / Yueyong Xin / Huimin He / Jiejie Shen / Robert E Blankenship / Xiaoling Xu / ![]() ![]() 要旨: Carotenoid (Car) pigments perform central roles in photosynthesis-related light harvesting (LH), photoprotection, and assembly of functional pigment-protein complexes. However, the relationships ...Carotenoid (Car) pigments perform central roles in photosynthesis-related light harvesting (LH), photoprotection, and assembly of functional pigment-protein complexes. However, the relationships between Car depletion in the LH, assembly of the prokaryotic reaction center (RC)-LH complex, and quinone exchange are not fully understood. Here, we analyzed native RC-LH (nRC-LH) and Car-depleted RC-LH (dRC-LH) complexes in , a chlorosome-less filamentous anoxygenic phototroph that forms the deepest branch of photosynthetic bacteria. Newly identified exterior Cars functioned with the bacteriochlorophyll B800 to block the proposed quinone channel between LHαβ subunits in the nRC-LH, forming a sealed LH ring that was disrupted by transmembrane helices from cytochrome and subunit X to allow quinone shuttling. dRC-LH lacked subunit X, leading to an exposed LH ring with a larger opening, which together accelerated the quinone exchange rate. We also assigned amino acid sequences of subunit X and two hypothetical proteins Y and Z that functioned in forming the quinone channel and stabilizing the RC-LH interactions. This study reveals the structural basis by which Cars assembly regulates the architecture and quinone exchange of bacterial RC-LH complexes. These findings mark an important step forward in understanding the evolution and diversity of prokaryotic photosynthetic apparatus. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 577.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 501.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 4.8 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 110.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 139.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-タンパク質 , 3種, 17分子 02468BEGIKOQSUWCZ
#1: タンパク質 | 分子量: 6431.528 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: Q83XD2 #3: タンパク質 | | 分子量: 34923.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: A7NQE7 #8: タンパク質 | | 分子量: 6927.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() |
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-タンパク質・ペプチド , 3種, 17分子 13579ADFHJNPRTVXY
#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4724.656 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: Q83XD1 #6: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 3628.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() #7: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 4493.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() |
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-Reaction center protein ... , 2種, 2分子 LM
#4: タンパク質 | 分子量: 34844.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: The L- and M-subunits of the RC are encoded by a fused gene pufLM but post-translational processed into two discrete subunits each containing six and five transmembrane helices 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: A7NQE8 |
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#5: タンパク質 | 分子量: 35046.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: The L- and M-subunits of the RC are encoded by a fused gene pufLM but post-translational processed into two discrete subunits each containing six and five transmembrane helices 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: A7NQE8 |
-非ポリマー , 7種, 92分子 ![](data/chem/img/BCL.gif)
![](data/chem/img/KGD.gif)
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![](data/chem/img/BPB.gif)
![](data/chem/img/MQE.gif)
![](data/chem/img/PGV.gif)
![](data/chem/img/FE.gif)
#9: 化合物 | ChemComp-BCL / #10: 化合物 | ChemComp-KGD / #11: 化合物 | ChemComp-HEM / #12: 化合物 | #13: 化合物 | #14: 化合物 | #15: 化合物 | ChemComp-FE / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: the native RC-LH complex at 2,000lux / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#8 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: dev_4746: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 272617 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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