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- PDB-8j0j: AtSLAC1 8D mutant in closed state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8j0j
タイトルAtSLAC1 8D mutant in closed state
要素Guard cell S-type anion channel SLAC1,Green fluorescent protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Stomatal closure / anion channel / phosphorylation-dependent activation
機能・相同性
機能・相同性情報


response to humidity / stomatal closure / regulation of stomatal opening / inorganic anion transport / voltage-gated monoatomic anion channel activity / regulation of stomatal closure / stomatal movement / response to ozone / intracellular monoatomic ion homeostasis / organic anion transport ...response to humidity / stomatal closure / regulation of stomatal opening / inorganic anion transport / voltage-gated monoatomic anion channel activity / regulation of stomatal closure / stomatal movement / response to ozone / intracellular monoatomic ion homeostasis / organic anion transport / response to carbon dioxide / monoatomic anion transmembrane transporter activity / response to abscisic acid / multicellular organismal-level water homeostasis / monoatomic anion transport / abscisic acid-activated signaling pathway / response to light stimulus / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / protein phosphatase binding / protein kinase binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
S-type anion channel / Transporter protein SLAC1/Mae1/ Ssu1/TehA / Voltage-dependent anion channel superfamily / Voltage-dependent anion channel / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein
類似検索 - ドメイン・相同性
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / Green fluorescent protein / Guard cell S-type anion channel SLAC1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
Aequorea victoria (オワンクラゲ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Lee, Y. / Lee, S.
資金援助 韓国, 4件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)2022R1A2C100988211 韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)2021M3A9I4022936 韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)2020M3A9E4039217 韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)2017R1A5A1014560 韓国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Cryo-EM structures of the plant anion channel SLAC1 from Arabidopsis thaliana suggest a combined activation model.
著者: Yeongmok Lee / Hyeon Seong Jeong / Seoyeon Jung / Junmo Hwang / Chi Truc Han Le / Sung-Hoon Jun / Eun Jo Du / KyeongJin Kang / Beom-Gi Kim / Hyun-Ho Lim / Sangho Lee /
要旨: The anion channel SLAC1 functions as a crucial effector in the ABA signaling, leading to stomata closure. SLAC1 is activated by phosphorylation in its intracellular domains. Both a binding-activation ...The anion channel SLAC1 functions as a crucial effector in the ABA signaling, leading to stomata closure. SLAC1 is activated by phosphorylation in its intracellular domains. Both a binding-activation model and an inhibition-release model for activation have been proposed based on only the closed structures of SLAC1, rendering the structure-based activation mechanism controversial. Here we report cryo-EM structures of Arabidopsis SLAC1 WT and its phosphomimetic mutants in open and closed states. Comparison of the open structure with the closed ones reveals the structural basis for opening of the conductance pore. Multiple phosphorylation of an intracellular domain (ICD) causes dissociation of ICD from the transmembrane domain. A conserved, positively-charged sequence motif in the intracellular loop 2 (ICL2) seems to be capable of sensing of the negatively charged phosphorylated ICD. Interactions between ICL2 and ICD drive drastic conformational changes, thereby widening the pore. From our results we propose that SLAC1 operates by a mechanism combining the binding-activation and inhibition-release models.
履歴
登録2023年4月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年11月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Guard cell S-type anion channel SLAC1,Green fluorescent protein
B: Guard cell S-type anion channel SLAC1,Green fluorescent protein
C: Guard cell S-type anion channel SLAC1,Green fluorescent protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)283,7869
ポリマ－282,2193
非ポリマー1,5676
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 104 through 319 or resid 321 through 840))
d_2ens_1(chain "B" and (resid 104 through 319 or resid 321 through 840))
d_3ens_1(chain "C" and (resid 104 through 319 or resid 321 through 840))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11ASPASPGLYGLYAA105 - 319105 - 319
d_12ARGARGLYSLYSAA321 - 516321 - 516
d_13CLCLCLCLAD901
d_14Y01Y01Y01Y01BF901
d_21ASPASPGLYGLYBB105 - 319105 - 319
d_22ARGARGLYSLYSBB321 - 516321 - 516
d_23CLCLCLCLBG902
d_24Y01Y01Y01Y01CH901
d_31ASPASPGLYGLYCC105 - 319105 - 319
d_32ARGARGLYSLYSCC321 - 516321 - 516
d_33CLCLCLCLCI902
d_34Y01Y01Y01Y01AE902

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.500524414785, 0.865721743247, -0.0010832693939), (-0.865722302676, -0.500524608725, 0.000103492430991), (-0.000452607341754, 0.00098961096256, 0.999999407908)81.8462335442, 304.535109144, -0.0870036732724
2given(-0.503775925113, -0.863834145579, 0.000621456477979), (0.863833774121, -0.503774603367, 0.00153612857453), (-0.00101388632398, 0.00131069968855, 0.999998627049)304.481913036, 82.1067693013, -0.0928155309054

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要素

#1: タンパク質 Guard cell S-type anion channel SLAC1,Green fluorescent protein / Protein CARBON DIOXIDE INSENSITIVE 3 / Protein OZONE-SENSITIVE 1 / Protein RADICAL-INDUCED CELL ...Protein CARBON DIOXIDE INSENSITIVE 3 / Protein OZONE-SENSITIVE 1 / Protein RADICAL-INDUCED CELL DEATH 3 / Protein SLOW ANION CHANNEL-ASSOCIATED 1


分子量: 94073.008 Da / 分子数: 3
変異: S59D,T62D,S65D,S86D,S107D,S124D,S146D,S152D,S595R,Y604N,F629L,S630T,Q645R,F664S,N670T,Y710F,M718T,V728A,I736V,A771V
由来タイプ: 組換発現 / 詳細: sfGFP tag
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ), (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ)
遺伝子: SLAC1, CDI3, OZS1, RCD3, At1g12480, F5O11.23, T12C24.3, GFP
プラスミド: pACEBac2 / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9LD83, UniProt: P42212
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-Y01 / CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト


分子量: 486.726 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H50O4
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Trimer of closed state AtSLAC1 8D mutant with sfGFP tag in GDN and CHS micelle
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.28 MDa / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)3702
31Aequorea victoria (オワンクラゲ)6100
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株: Sf9
緩衝液pH: 7
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMHEPESHEPES1
2150 mMSodium chlorideNaCl1
31 mMTCEPTCEP1
40.01 % (w/v)GDNGDN1
50.002 % (w/v)CHSCHS1
試料濃度: 2.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: Au-Flat 1.2/1.3 / グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1900 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 700 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 18 eV

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
4cryoSPARC4.1CTF補正
10cryoSPARC4.1初期オイラー角割当
11cryoSPARC4.1最終オイラー角割当
CTF補正タイプ: NONE
対称性点対称性: C3 (3回回転対称)
3次元再構成解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 181365 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0039456
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.550612930
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.03571455
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0051566
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d16.68493201
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AAELECTRON MICROSCOPYNCS constraints1.63144788937E-12
ens_1d_3AAELECTRON MICROSCOPYNCS constraints1.22083893791E-12

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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