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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8iux | ||||||
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タイトル | The cryoEM structure of H7N9-HA protein | ||||||
要素 | Hemagglutinin | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / H7N9 / HA / Trimer / complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | H7N9 subtype (ウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | ||||||
データ登録者 | Zhao, B.B. / Sun, Z.Z. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: The cryoEM structure of H7N9-HA protein 著者: Zhao, B.B. / Sun, Z.Z. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8iux.cif.gz | 95.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8iux.ent.gz | 72.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8iux.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8iux_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8iux_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8iux_validation.xml.gz | 35.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8iux_validation.cif.gz | 50.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iu/8iux ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iu/8iux | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 35729MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: C3 (3回回転対称)) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 54963.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) H7N9 subtype (ウイルス) / 遺伝子: HA / プラスミド: pFastBac 1-H7-HA / 詳細 (発現宿主): gp / 細胞株 (発現宿主): High five cell 発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス) 参照: UniProt: A0A2D0Z8H0 | ||
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#2: 糖 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: CELL / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: High Five Cell / タイプ: CELL / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: H7N9 subtype (ウイルス) |
由来(組換発現) | 生物種: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: NITROGEN |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: NONE |
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3次元再構成 | 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 61557 / 対称性のタイプ: POINT |