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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8iuo | |||||||||||||||
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タイトル | respiratory syncytial virus nucleocapsid-like assembly | |||||||||||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN / respiratory syncytial virus / nucleocapsid-like assembly / Cryo-EM | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / helical viral capsid / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / ribonucleoprotein complex / RNA binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Human respiratory syncytial virus A (ウイルス) Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.96 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Wang, Y. / Luo, Y. / Ling, X. / Luo, B. / Jia, G. / Dong, H. / Su, Z. | |||||||||||||||
資金援助 | 中国, 4件
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引用 | ジャーナル: Signal Transduct Target Ther / 年: 2023 タイトル: Cryo-EM structure of the nucleocapsid-like assembly of respiratory syncytial virus. 著者: Yan Wang / Chong Zhang / Yongbo Luo / Xiaobin Ling / Bingnan Luo / Guowen Jia / Dan Su / Haohao Dong / Zhaoming Su / 要旨: Respiratory syncytial virus (RSV) is a nonsegmented, negative strand RNA virus that has caused severe lower respiratory tract infections of high mortality rates in infants and the elderly, yet no ...Respiratory syncytial virus (RSV) is a nonsegmented, negative strand RNA virus that has caused severe lower respiratory tract infections of high mortality rates in infants and the elderly, yet no effective vaccine or antiviral therapy is available. The RSV genome encodes the nucleoprotein (N) that forms helical assembly to encapsulate and protect the RNA genome from degradation, and to serve as a template for transcription and replication. Previous crystal structure revealed a decameric ring architecture of N in complex with the cellular RNA (N-RNA) of 70 nucleotides (70-nt), whereas cryo-ET reconstruction revealed a low-resolution left-handed filament, in which the crystal monomer structure was docked with the helical symmetry applied to simulate a nucleocapsid-like assembly of RSV. However, the molecular details of RSV nucleocapsid assembly remain unknown, which continue to limit our complete understanding of the critical interactions involved in the nucleocapsid and antiviral development that may target this essential process during the viral life cycle. Here we resolve the near-atomic cryo-EM structure of RSV N-RNA that represents roughly one turn of the helical assembly that unveils critical interaction interfaces of RSV nucleocapsid and may facilitate development of RSV antiviral therapy. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8iuo.cif.gz | 320.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8iuo.ent.gz | 263.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8iuo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8iuo_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8iuo_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8iuo_validation.xml.gz | 59.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8iuo_validation.cif.gz | 89.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iu/8iuo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iu/8iuo | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 35728MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40198.215 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human respiratory syncytial virus A (ウイルス) 遺伝子: N, MZ07_64480gpN, MZ07_64481gpN, MZ07_64483gpN, MZ07_64489gpN 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A2H4WKL8 #2: RNA鎖 | | 分子量: 10670.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: respiratory syncytial virus nucleocapsid-like assembly タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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由来(天然) | 生物種: Human respiratory syncytial virus A (ウイルス) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN |
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電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2800 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 600 nm |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 5 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.15.2_3472: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.96 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 42956 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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