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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8irn | ||||||||||||
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タイトル | 6-BAP bound state of Arabidopsis AZG1 | ||||||||||||
![]() | Adenine/guanine permease AZG1 | ||||||||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / cytokinin / transporter | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() adenine transport / guanine transport / purine nucleobase transmembrane transporter activity / purine nucleobase transport / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å | ||||||||||||
![]() | Xu, L. / Guo, J. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structures and mechanisms of the Arabidopsis cytokinin transporter AZG1. 著者: Lingyi Xu / Wei Jia / Xin Tao / Fan Ye / Yan Zhang / Zhong Jie Ding / Shao Jian Zheng / Shuai Qiao / Nannan Su / Yu Zhang / Shan Wu / Jiangtao Guo / ![]() 要旨: Cytokinins are essential for plant growth and development, and their tissue distributions are regulated by transmembrane transport. Recent studies have revealed that members of the 'Aza-Guanine ...Cytokinins are essential for plant growth and development, and their tissue distributions are regulated by transmembrane transport. Recent studies have revealed that members of the 'Aza-Guanine Resistant' (AZG) protein family from Arabidopsis thaliana can mediate cytokinin uptake in roots. Here we present 2.7 to 3.3 Å cryo-electron microscopy structures of Arabidopsis AZG1 in the apo state and in complex with its substrates trans-zeatin (tZ), 6-benzyleaminopurine (6-BAP) or kinetin. AZG1 forms a homodimer and each subunit shares a similar topology and domain arrangement with the proteins of the nucleobase/ascorbate transporter (NAT) family. These structures, along with functional analyses, reveal the molecular basis for cytokinin recognition. Comparison of the AZG1 structures determined in inward-facing conformations and predicted by AlphaFold2 in the occluded conformation allowed us to propose that AZG1 may carry cytokinins across the membrane through an elevator mechanism. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 347.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 284.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 39.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 57.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 35680MC ![]() 8irlC ![]() 8irmC ![]() 8iroC ![]() 8irpC ![]() 8wmqC ![]() 8wo7C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 65686.703 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: AZG1, At3g10960, F9F8.22 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: ![]() #2: 多糖 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Complex of AZG1 and 6-BAP / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.1312 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1600 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm |
撮影 | 電子線照射量: 52 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) |
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解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 211122 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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