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万見
- PDB-8ipr: Cryo-EM structure of heme transporter CydDC from Mycobacterium sm... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ipr
タイトルCryo-EM structure of heme transporter CydDC from Mycobacterium smegmatis in the outward facing ATP bound state
要素
  • Component linked with the assembly of cytochrome' ABC transporter ATP-binding protein CydC
  • Transmembrane ATP-binding protein ABC transporter cydD
キーワードTRANSPORT PROTEIN / ABC transporter / Heme
機能・相同性
機能・相同性情報


sulfate-transporting ATPase / cysteine transport / ABC-type transporter activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
ABC transporter, CydDC cysteine exporter (CydDC-E) family, permease/ATP-binding protein CydD / Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain ...ABC transporter, CydDC cysteine exporter (CydDC-E) family, permease/ATP-binding protein CydD / Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Transmembrane ATP-binding protein ABC transporter cydD / Component linked with the assembly of cytochrome' ABC transporter ATP-binding protein CydC
類似検索 - 構成要素
生物種Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å
データ登録者Zhu, C. / Li, J.
資金援助 中国, 5件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2021YFA1300900 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2022YFC2302900 中国
Other government22ZR1441600
Other governmentZD2021CY1001
Other governmentLG202101-01-08
引用ジャーナル: Protein Cell / 年: 2023
タイトル: Cryo-EM structures of a prokaryotic heme transporter CydDC.
著者: Chen Zhu / Yanfeng Shi / Jing Yu / Wenhao Zhao / Lingqiao Li / Jingxi Liang / Xiaolin Yang / Bing Zhang / Yao Zhao / Yan Gao / Xiaobo Chen / Xiuna Yang / Lu Zhang / Luke W Guddat / Lei Liu / ...著者: Chen Zhu / Yanfeng Shi / Jing Yu / Wenhao Zhao / Lingqiao Li / Jingxi Liang / Xiaolin Yang / Bing Zhang / Yao Zhao / Yan Gao / Xiaobo Chen / Xiuna Yang / Lu Zhang / Luke W Guddat / Lei Liu / Haitao Yang / Zihe Rao / Jun Li /
履歴
登録2023年3月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Component linked with the assembly of cytochrome' ABC transporter ATP-binding protein CydC
C: Transmembrane ATP-binding protein ABC transporter cydD
D: Component linked with the assembly of cytochrome' ABC transporter ATP-binding protein CydC
E: Transmembrane ATP-binding protein ABC transporter cydD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)212,40412
ポリマ－210,2784
非ポリマー2,1268
水00
1
A: Component linked with the assembly of cytochrome' ABC transporter ATP-binding protein CydC
C: Transmembrane ATP-binding protein ABC transporter cydD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,2026
ポリマ－105,1392
非ポリマー1,0634
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
2
D: Component linked with the assembly of cytochrome' ABC transporter ATP-binding protein CydC
E: Transmembrane ATP-binding protein ABC transporter cydD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,2026
ポリマ－105,1392
非ポリマー1,0634
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Component linked with the assembly of cytochrome' ABC transporter ATP-binding protein CydC


分子量: 51880.230 Da / 分子数: 2 / 変異: E458Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
遺伝子: cydC / 発現宿主: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A8B4R833
#2: タンパク質 Transmembrane ATP-binding protein ABC transporter cydD


分子量: 53259.000 Da / 分子数: 2 / 変異: E456Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
遺伝子: cydD, NCTC7017_05649 / 発現宿主: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A8B4R4Z5, sulfate-transporting ATPase
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: CydDC / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 158908 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00315152
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.65420770
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.8862214
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0392592
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0062656

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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