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万見
- PDB-8imy: Cryo-EM structure of GPI-T (inactive mutant) with GPI and proULBP... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8imy
タイトルCryo-EM structure of GPI-T (inactive mutant) with GPI and proULBP2, a proprotein substrate
要素
  • (GPI transamidase component PIG- ...) x 2
  • GPI-anchor transamidase,GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484
  • Glycosylphosphatidylinositol anchor attachment 1 protein,GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484
  • Phosphatidylinositol glycan anchor biosynthesis class U protein,GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484
  • UL16-binding protein 2
キーワードMEMBRANE PROTEIN / cryo-EM / glycosylphosphatidylinositol / GPI / GPI anchored protein / GPI-AP / membrane protein complex / proprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


GPI-anchor transamidase activity / attachment of GPI anchor to protein / GPI-anchor transamidase complex / GPI anchor biosynthetic process / protein retention in ER lumen / Attachment of GPI anchor to uPAR / natural killer cell lectin-like receptor binding / Post-translational modification: synthesis of GPI-anchored proteins / 加水分解酵素 / natural killer cell mediated cytotoxicity ...GPI-anchor transamidase activity / attachment of GPI anchor to protein / GPI-anchor transamidase complex / GPI anchor biosynthetic process / protein retention in ER lumen / Attachment of GPI anchor to uPAR / natural killer cell lectin-like receptor binding / Post-translational modification: synthesis of GPI-anchored proteins / 加水分解酵素 / natural killer cell mediated cytotoxicity / natural killer cell activation / regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / protein disulfide isomerase activity / tubulin binding / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / neuron differentiation / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / cytoplasmic vesicle / protein-containing complex assembly / neuron apoptotic process / immune response / external side of plasma membrane / intracellular membrane-bounded organelle / centrosome / endoplasmic reticulum membrane / cell surface / endoplasmic reticulum / mitochondrion / proteolysis / extracellular space / extracellular region / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
GPI transamidase component PIG-T / GPI transamidase component Gaa1 / GPI transamidase subunit PIG-U / Phosphatidylinositol-glycan biosynthesis class S protein / GPI-anchor transamidase / Gpi16 subunit, GPI transamidase component / Gaa1-like, GPI transamidase component / GPI transamidase subunit PIG-U / Phosphatidylinositol-glycan biosynthesis class S protein / Peptidase C13, legumain ...GPI transamidase component PIG-T / GPI transamidase component Gaa1 / GPI transamidase subunit PIG-U / Phosphatidylinositol-glycan biosynthesis class S protein / GPI-anchor transamidase / Gpi16 subunit, GPI transamidase component / Gaa1-like, GPI transamidase component / GPI transamidase subunit PIG-U / Phosphatidylinositol-glycan biosynthesis class S protein / Peptidase C13, legumain / Peptidase C13 family / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-05E / Chem-6OU / Chem-80T / Chem-80Y / Chem-81Q / 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine / 2-amino-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose / CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / Glycosylphosphatidylinositol anchor attachment 1 protein / GPI-anchor transamidase ...Chem-05E / Chem-6OU / Chem-80T / Chem-80Y / Chem-81Q / 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine / 2-amino-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose / CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / Glycosylphosphatidylinositol anchor attachment 1 protein / GPI-anchor transamidase / GPI transamidase component PIG-T / GPI transamidase component PIG-S / UL16-binding protein 2 / Phosphatidylinositol glycan anchor biosynthesis class U protein / GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Clavularia sp. (無脊椎動物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.22 Å
データ登録者Li, T. / Xu, Y. / Qu, Q. / Li, D.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82151215 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structures of liganded glycosylphosphatidylinositol transamidase illuminate GPI-AP biogenesis.
著者: Yidan Xu / Tingting Li / Zixuan Zhou / Jingjing Hong / Yulin Chao / Zhini Zhu / Ying Zhang / Qianhui Qu / Dianfan Li /
要旨: Many eukaryotic receptors and enzymes rely on glycosylphosphatidylinositol (GPI) anchors for membrane localization and function. The transmembrane complex GPI-T recognizes diverse proproteins at a ...Many eukaryotic receptors and enzymes rely on glycosylphosphatidylinositol (GPI) anchors for membrane localization and function. The transmembrane complex GPI-T recognizes diverse proproteins at a signal peptide region that lacks consensus sequence and replaces it with GPI via a transamidation reaction. How GPI-T maintains broad specificity while preventing unintentional cleavage is unclear. Here, substrates- and products-bound human GPI-T structures identify subsite features that enable broad proprotein specificity, inform catalytic mechanism, and reveal a multilevel safeguard mechanism against its promiscuity. In the absence of proproteins, the catalytic site is invaded by a locally stabilized loop. Activation requires energetically unfavorable rearrangements that transform the autoinhibitory loop into crucial catalytic cleft elements. Enzyme-proprotein binding in the transmembrane and luminal domains respectively powers the conformational rearrangement and induces a competent cleft. GPI-T thus integrates various weak specificity regions to form strong selectivity and prevent accidental activation. These findings provide important mechanistic insights into GPI-anchored protein biogenesis.
履歴
登録2023年3月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02023年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: Glycosylphosphatidylinositol anchor attachment 1 protein,GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484
K: GPI-anchor transamidase,GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484
U: Phosphatidylinositol glycan anchor biosynthesis class U protein,GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484
T: GPI transamidase component PIG-T,GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484
S: GPI transamidase component PIG-S,GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484
D: UL16-binding protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)483,22944
ポリマ－463,1466
非ポリマー20,08338
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 4種, 4分子 GKUD

#1: タンパク質 Glycosylphosphatidylinositol anchor attachment 1 protein,GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484 / GPI anchor attachment protein 1 / GAA1 protein homolog / hGAA1


分子量: 96990.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Clavularia sp. (無脊椎動物)
遺伝子: GPAA1, GAA1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O43292, UniProt: Q9U6Y3
#2: タンパク質 GPI-anchor transamidase,GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484 / GPI transamidase / GPI8 homolog / hGPI8 / Phosphatidylinositol-glycan biosynthesis class K protein / PIG-K


分子量: 73426.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Clavularia sp. (無脊椎動物)
遺伝子: PIGK, GPI8 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q92643, UniProt: Q9U6Y3, 加水分解酵素
#3: タンパク質 Phosphatidylinositol glycan anchor biosynthesis class U protein,GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484 / Cell division cycle protein 91-like 1 / Protein CDC91-like 1 / GPI transamidase component PIG-U


分子量: 80691.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Clavularia sp. (無脊椎動物)
遺伝子: PIGU, CDC91L1, PSEC0205, UNQ3055/PRO9875 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9H490, UniProt: Q9U6Y3
#6: タンパク質 UL16-binding protein 2 / ALCAN-alpha / NKG2D ligand 2 / N2DL-2 / NKG2DL2 / Retinoic acid early transcript 1H


分子量: 28790.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ULBP2, N2DL2, RAET1H, UNQ463/PRO791 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BZM5

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GPI transamidase component PIG- ... , 2種, 2分子 TS

#4: タンパク質 GPI transamidase component PIG-T,GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484 / Phosphatidylinositol-glycan biosynthesis class T protein


分子量: 92825.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Clavularia sp. (無脊椎動物)
遺伝子: PIGT, CGI-06, PSEC0163, UNQ716/PRO1379 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q969N2, UniProt: Q9U6Y3
#5: タンパク質 GPI transamidase component PIG-S,GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484 / Phosphatidylinositol-glycan biosynthesis class S protein


分子量: 90421.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Clavularia sp. (無脊椎動物)
遺伝子: PIGS, UNQ1873/PRO4316 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96S52, UniProt: Q9U6Y3

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糖 , 3種, 4分子

#7: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#16: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#18: 糖 ChemComp-PA1 / 2-amino-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose / alpah-D-glucosamine / 2-amino-2-deoxy-alpha-D-glucose / 2-amino-2-deoxy-D-glucose / 2-amino-2-deoxy-glucose / α-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 179.171 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GlcpNIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 10種, 34分子

#8: 化合物 ChemComp-AJP / Digitonin / ジギトニン


分子量: 1229.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C56H92O29 / コメント: 可溶化剤*YM
#9: 化合物
ChemComp-6OU / [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate / POPE


分子量: 717.996 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H76NO8P / コメント: リン脂質*YM
#10: 化合物
ChemComp-Y01 / CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト


分子量: 486.726 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H50O4
#11: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#12: 化合物 ChemComp-05E / 2-azanylethyl [(2~{S},3~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-2,4,5-tris(oxidanyl)oxan-3-yl] hydrogen phosphate


分子量: 303.204 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18NO9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#13: 化合物 ChemComp-80Y / 2-azanylethyl [(2R,3S,4S,5S,6S)-3,4,5,6-tetrakis(oxidanyl)oxan-2-yl]methyl hydrogen phosphate


分子量: 303.204 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18NO9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#14: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#15: 化合物 ChemComp-LBN / 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine / (2R)-2-[(9Z)-9-Octadecenoyloxy]-3-(palmitoyloxy)propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate


分子量: 760.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H82NO8P / コメント: リン脂質*YM
#17: 化合物 ChemComp-81Q / [(2R)-1-[[(1S,2R,3R,4S,5S,6R)-2-hexadecanoyloxy-3,4,5,6-tetrakis(oxidanyl)cyclohexyl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-3-octadecoxy-propan-2-yl] (5Z,8Z,11Z,14Z)-icosa-5,8,11,14-tetraenoate


分子量: 1111.553 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C63H115O13P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#19: 化合物 ChemComp-80T / [(2R)-1-hexadecanoyloxy-3-[[3-[[(2R)-3-hexadecanoyloxy-2-[(Z)-octadec-9-enoyl]oxy-propoxy]-oxidanyl-phosphoryl]oxy-2-oxidanyl-propoxy]-oxidanyl-phosphoryl]oxy-propan-2-yl] (Z)-octadec-9-enoate


分子量: 1405.920 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C77H146O17P2

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Complex of GPI-T (inactive mutant) with GPI and proULBP2
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#6 / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量値: 463 kDa/nm / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 8 / 詳細: 0.1 % Digitonin, 150 mM NaCl, 20 mM Tris-HCl pH 8.0
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
10.15 Msodium chlorideNaCl1
20.1 %DigitoninDigitonin1
30.02 MTris (hydroxymethyl) aminomethaneTris1
試料濃度: 25 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 倍率（補正後）: 53648 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 2 sec. / 電子線照射量: 52 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4555

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC3.3.2粒子像選択
3SerialEM3.8.0画像取得
5CTFFIND4CTF補正
10cryoSPARC3.3.2初期オイラー角割当
11cryoSPARC3.3.2分類
12cryoSPARC3.3.2３次元再構成
画像処理詳細: The images were high-pass filtered and normalized
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 2981565
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.22 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 176889 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00620553
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.66428089
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d16.5363581
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0453318
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0063370

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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