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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ida | |||||||||
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タイトル | Overall structure of the LAT1-4F2hc bound with tyrosine | |||||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN / complex / amino acid | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 L-tryptophan transmembrane transporter activity / alanine transport / L-tryptophan transmembrane transport / positive regulation of L-leucine import across plasma membrane / cellular response to L-arginine / thyroid hormone transmembrane transporter activity / neutral L-amino acid secondary active transmembrane transporter activity / amino acid import across plasma membrane / Defective SLC7A7 causes lysinuric protein intolerance (LPI) / methionine transport ...L-tryptophan transmembrane transporter activity / alanine transport / L-tryptophan transmembrane transport / positive regulation of L-leucine import across plasma membrane / cellular response to L-arginine / thyroid hormone transmembrane transporter activity / neutral L-amino acid secondary active transmembrane transporter activity / amino acid import across plasma membrane / Defective SLC7A7 causes lysinuric protein intolerance (LPI) / methionine transport / tyrosine transport / L-histidine transport / apical pole of neuron / aromatic amino acid transmembrane transporter activity / amino acid transport complex / L-leucine import across plasma membrane / L-alanine transmembrane transporter activity / isoleucine transport / L-alanine import across plasma membrane / L-amino acid transmembrane transporter activity / phenylalanine transport / valine transport / amino acid transmembrane transport / L-leucine transmembrane transporter activity / calcium:sodium antiporter activity / L-leucine transport / thyroid hormone transport / proline transport / positive regulation of cytokine production involved in immune response / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell apoptotic process / neutral amino acid transport / amino acid transmembrane transporter activity / external side of apical plasma membrane / Amino acid transport across the plasma membrane / neutral L-amino acid transmembrane transporter activity / Tryptophan catabolism / exogenous protein binding / xenobiotic transport / anchoring junction / response to muscle activity / antiporter activity / Basigin interactions / microvillus membrane / amino acid transport / positive regulation of interleukin-4 production / response to exogenous dsRNA / positive regulation of interleukin-17 production / positive regulation of glial cell proliferation / tryptophan transport / transport across blood-brain barrier / response to hyperoxia / cellular response to glucose starvation / basal plasma membrane / liver regeneration / negative regulation of autophagy / positive regulation of type II interferon production / peptide antigen binding / calcium ion transport / double-stranded RNA binding / virus receptor activity / melanosome / basolateral plasma membrane / cellular response to lipopolysaccharide / carbohydrate metabolic process / cadherin binding / apical plasma membrane / symbiont entry into host cell / protein heterodimerization activity / lysosomal membrane / negative regulation of gene expression / intracellular membrane-bounded organelle / synapse / cell surface / protein homodimerization activity / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / membrane / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Yan, R.H. / Li, Y.N. / Shi, T.H. | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Overall structure of the LAT1-4F2hc bound with tyrosine 著者: Yan, R.H. / Li, Y.N. / Shi, T.H. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8ida.cif.gz | 180.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8ida.ent.gz | 137.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8ida.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8ida_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8ida_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8ida_validation.xml.gz | 36.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8ida_validation.cif.gz | 52.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/id/8ida ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/id/8ida | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 35361MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 70160.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC3A2, MDU1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P08195 | ||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 57186.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC7A5, CD98LC, LAT1, MPE16 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q01650 | ||||
#3: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #4: 化合物 | ChemComp-TYR / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Overall structure of the LAT1-4F2hc bound with tyrosine タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 5000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: OTHER / 粒子像の数: 170888 / 対称性のタイプ: POINT |