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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8i7j | ||||||
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タイトル | Yeast 40S-eIF4B - partially open conformation of the 40S head | ||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / translation regulator activity / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / 90S preribosome / rescue of stalled ribosome / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / positive regulation of apoptotic signaling pathway / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / protein kinase C binding ...endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / translation regulator activity / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / 90S preribosome / rescue of stalled ribosome / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / positive regulation of apoptotic signaling pathway / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / protein kinase C binding / modification-dependent protein catabolic process / rRNA processing / protein tag activity / ribosome binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / ribosome / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / positive regulation of protein phosphorylation / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / nucleolus / RNA binding / zinc ion binding / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.6 Å | ||||||
データ登録者 | Datey, A. / Khaja, F.T. / Hussain, T. | ||||||
資金援助 | インド, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Yeast eukaryotic initiation factor 4B remodels the mRNA entry site on the small ribosomal subunit 著者: Datey, A. / Hussain, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8i7j.cif.gz | 1.7 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8i7j.ent.gz | 1.3 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8i7j.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i7/8i7j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i7/8i7j | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 35216MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-40S ribosomal protein ... , 17種, 17分子 ABEGHIMOQVYZabcde
#2: タンパク質 | 分子量: 28264.525 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 株: NRRL Y-1140 / 参照: UniProt: Q6CN12 |
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#3: タンパク質 | 分子量: 28971.643 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 株: NRRL Y-1140 / 参照: UniProt: Q6CWD0 |
#6: タンパク質 | 分子量: 29617.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 株: NRRL Y-1140 / 参照: UniProt: Q6CWJ2 |
#8: タンパク質 | 分子量: 26970.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 株: NRRL Y-1140 / 参照: UniProt: Q6CM04 |
#9: タンパク質 | 分子量: 21735.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 株: NRRL Y-1140 / 参照: UniProt: Q6CTD6 |
#10: タンパク質 | 分子量: 22642.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 株: NRRL Y-1140 / 参照: UniProt: Q6CMG3 |
#14: タンパク質 | 分子量: 14466.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 株: NRRL Y-1140 / 参照: UniProt: Q6CLU4 |
#16: タンパク質 | 分子量: 14530.655 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 株: NRRL Y-1140 / 参照: UniProt: P27069 |
#18: タンパク質 | 分子量: 15874.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 株: NRRL Y-1140 / 参照: UniProt: Q875N2 |
#23: タンパク質 | 分子量: 9797.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 株: NRRL Y-1140 / 参照: UniProt: Q6CXT6 |
#26: タンパク質 | 分子量: 15194.549 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 株: NRRL Y-1140 / 参照: UniProt: Q6CU44 |
#27: タンパク質 | 分子量: 12002.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 株: NRRL Y-1140 / 参照: UniProt: Q6CW78 |
#28: タンパク質 | 分子量: 13539.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 株: NRRL Y-1140 / 参照: UniProt: Q6CS01 |
#29: タンパク質 | 分子量: 8884.362 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 株: NRRL Y-1140 / 参照: UniProt: Q6CNL2 |
#30: タンパク質 | 分子量: 7549.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 株: NRRL Y-1140 / 参照: UniProt: P33285 |
#31: タンパク質 | 分子量: 6662.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 株: NRRL Y-1140 / 参照: UniProt: Q6CPG3 |
#32: タンパク質 | 分子量: 7141.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 株: NRRL Y-1140 / 参照: UniProt: Q6CUH5 |
-タンパク質 , 16種, 16分子 CDFJKLNPRSTUWXfg
#4: タンパク質 | 分子量: 27649.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 株: NRRL Y-1140 / 参照: UniProt: Q6CKL3 |
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#5: タンパク質 | 分子量: 26300.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 株: NRRL Y-1140 / 参照: UniProt: Q6CRK7 |
#7: タンパク質 | 分子量: 25385.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 株: NRRL Y-1140 / 参照: UniProt: Q6CRA3 |
#11: タンパク質 | 分子量: 21587.049 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 株: NRRL Y-1140 / 参照: UniProt: Q6CM18 |
#12: タンパク質 | 分子量: 12584.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 株: NRRL Y-1140 / 参照: UniProt: Q6CVZ5 |
#13: タンパク質 | 分子量: 17843.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 株: NRRL Y-1140 / 参照: UniProt: Q6CX80 |
#15: タンパク質 | 分子量: 16989.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 株: NRRL Y-1140 / 参照: UniProt: Q6CJK0 |
#17: タンパク質 | 分子量: 15986.796 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 株: NRRL Y-1140 / 参照: UniProt: Q6CKV4 |
#19: タンパク質 | 分子量: 15722.216 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 株: NRRL Y-1140 / 参照: UniProt: Q6CWU3 |
#20: タンパク質 | 分子量: 17084.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 株: NRRL Y-1140 / 参照: UniProt: Q6CWT9 |
#21: タンパク質 | 分子量: 15879.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 株: NRRL Y-1140 / 参照: UniProt: Q6CXM0 |
#22: タンパク質 | 分子量: 13337.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 株: NRRL Y-1140 / 参照: UniProt: Q6CIM1 |
#24: タンパク質 | 分子量: 14645.041 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 株: NRRL Y-1140 / 参照: UniProt: Q6CW06 |
#25: タンパク質 | 分子量: 16047.897 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 株: NRRL Y-1140 / 参照: UniProt: F2Z602 |
#33: タンパク質 | 分子量: 17110.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 株: NRRL Y-1140 / 参照: UniProt: P69061 |
#34: タンパク質 | 分子量: 35830.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 株: NRRL Y-1140 / 参照: UniProt: Q6CNI7 |
-RNA鎖 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 2h
#1: RNA鎖 | 分子量: 579545.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 株: NRRL Y-1140 |
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#35: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3354.243 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 株: S288c / 遺伝子: RPL41A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0CX86 |
-非ポリマー , 2種, 5分子
#36: 化合物 | #37: 化合物 | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 |
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由来(天然) | 細胞内の位置: cytoplasm
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由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: Rosetta(DE3)pLysS / プラスミド: pTYB2 | ||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 詳細: 20 mM HEPES pH7.4, 100 mM potassium acetate pH7.6, 2.5 mM Magnesium acetate, 2 mM DTT | ||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: This class of empty or only 40S was a part of the reaction mixture containing 40S and the Saccharomyces cerevisiae eukaryotic initiation factor 4B present in a 1:10 molar ratio | ||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295 K 詳細: Vitrification was carried out in nitrogen atmosphere. |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA 詳細: Preliminary grid screening was done manually using the Latitude-S |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: DIFFRACTION / 倍率(公称値): 42000 X / 倍率(補正後): 42000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm / Calibrated defocus min: 1500 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 3000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: OTHER |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN / 最高温度: 98 K / 最低温度: 77 K |
撮影 | 平均露光時間: 8 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 6 / 実像数: 7975 詳細: Images were collected in movie-mode at 20 frames in 8 seconds |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 20 / 利用したフレーム数/画像: 4-16 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1492547 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 108616 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / Target criteria: Cross-correlation coefficient | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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