PDB-8i35: Acyl-ACP synthetase structure bound to oleic acid

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8i35

タイトル

Acyl-ACP synthetase structure bound to oleic acid

要素

Acyl-acyl carrier protein synthetase

キーワード

CYTOSOLIC PROTEIN / Acyl-ACP synthetase / Tool enzyme

機能・相同性

: / ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / OLEIC ACID / Acyl-acyl carrier protein synthetase

機能・相同性情報

生物種

Vibrio harveyi (バクテリア)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.75 Å

データ登録者

Huang, H. / Wang, C. / Chang, S. / Cui, T. / Xu, Y. / Zhang, H. / Zhou, C. / Zhang, X. / Feng, Y.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Acyl-ACP synthetase structure bound to oleic acid
著者: Huang, H. / Wang, C. / Chang, S. / Cui, T. / Xu, Y. / Zhang, H. / Zhou, C. / Zhang, X. / Feng, Y.

履歴

登録	2023年1月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年1月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年4月3日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / struct / Item: _citation.title / _struct.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8i35.cif.gz	623.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8i35.ent.gz	521.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8i35.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8i35_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8i35_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	8i35_validation.xml.gz	93 KB	表示
CIF形式データ	8i35_validation.cif.gz	137.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i3/8i35 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i3/8i35	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	35144MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (4) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (1) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (1) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (1) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Acyl-acyl carrier protein synthetase

F: Acyl-acyl carrier protein synthetase

E: Acyl-acyl carrier protein synthetase

B: Acyl-acyl carrier protein synthetase

C: Acyl-acyl carrier protein synthetase

D: Acyl-acyl carrier protein synthetase

ヘテロ分子

365 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法

#1: タンパク質	Acyl-acyl carrier protein synthetase / Long-chain fatty acid--CoA ligase 分子量: 60496.258 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio harveyi (バクテリア) / 遺伝子: aasS, AL538_21690 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q00IB3
#2: 化合物	ChemComp-OLA / OLEIC ACID / オレイン酸分子量: 282.461 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₃₄O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素	名称: Acyl-ACP Synthetase bound to oleic acid / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)	生物種: Vibrio harveyi (バクテリア)
由来(組換発現)	生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液	pH: 8
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1500 nm
撮影	電子線照射量: 50 e/Å² フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

CTF補正	タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成	解像度: 2.75 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 217323 / 対称性のタイプ: POINT

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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