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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8i23 | ||||||
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タイトル | Clostridium thermocellum RNA polymerase transcription open complex with SigI1 and its promoter | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION/DNA / TRANSCRIPTION OPEN COMPLEX / SIGI / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | DNA / DNA (> 10) 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Acetivibrio thermocellus DSM1313 (バクテリア) Acetivibrio thermocellus DSM 1313 (バクテリア) Acetivibrio thermocellus (バクテリア) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.03 Å | ||||||
データ登録者 | Li, J. / Zhang, H. / Li, D. / Feng, Y. / Zhu, P. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Structure of the transcription open complex of distinct σ factors. 著者: Jie Li / Haonan Zhang / Dongyu Li / Ya-Jun Liu / Edward A Bayer / Qiu Cui / Yingang Feng / Ping Zhu / 要旨: Bacterial σ factors of the σ-family are widespread in Bacilli and Clostridia and are involved in the heat shock response, iron metabolism, virulence, and carbohydrate sensing. A multiplicity of σ ...Bacterial σ factors of the σ-family are widespread in Bacilli and Clostridia and are involved in the heat shock response, iron metabolism, virulence, and carbohydrate sensing. A multiplicity of σ paralogues in some cellulolytic bacteria have been shown to be responsible for the regulation of the cellulosome, a multienzyme complex that mediates efficient cellulose degradation. Here, we report two structures at 3.0 Å and 3.3 Å of two transcription open complexes formed by two σ factors, SigI1 and SigI6, respectively, from the thermophilic, cellulolytic bacterium, Clostridium thermocellum. These structures reveal a unique, hitherto-unknown recognition mode of bacterial transcriptional promoters, both with respect to domain organization and binding to promoter DNA. The key characteristics that determine the specificities of the σ paralogues were further revealed by comparison of the two structures. Consequently, the σ factors represent a distinct set of the σ-family σ factors, thus highlighting the diversity of bacterial transcription. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8i23.cif.gz | 593.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8i23.ent.gz | 471.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8i23.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8i23_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8i23_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8i23_validation.xml.gz | 91 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8i23_validation.cif.gz | 139.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i2/8i23 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i2/8i23 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 35130MC 8i24C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 5分子 ABCDE
#1: タンパク質 | 分子量: 35071.125 Da / 分子数: 2 / Mutation: 0 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Acetivibrio thermocellus DSM 1313 (バクテリア) 株: DSM1313 / 参照: DNA-directed RNA polymerase #2: タンパク質 | | 分子量: 140110.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Acetivibrio thermocellus DSM1313 (バクテリア) 株: DSM1313 / 参照: DNA-directed RNA polymerase #3: タンパク質 | | 分子量: 132698.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Acetivibrio thermocellus DSM 1313 (バクテリア) 株: DSM1313 / 参照: DNA-directed RNA polymerase #4: タンパク質 | | 分子量: 8783.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Acetivibrio thermocellus DSM1313 (バクテリア) 株: DSM1313 / 参照: DNA-directed RNA polymerase |
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-タンパク質 , 1種, 1分子 F
#5: タンパク質 | 分子量: 30714.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Acetivibrio thermocellus DSM1313 (バクテリア) 株: DSM1313 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
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-DNA鎖 , 2種, 2分子 OP
#6: DNA鎖 | 分子量: 24897.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Acetivibrio thermocellus (バクテリア) |
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#7: DNA鎖 | 分子量: 24401.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Acetivibrio thermocellus (バクテリア) |
-非ポリマー , 2種, 3分子
#8: 化合物 | #9: 化合物 | ChemComp-MG / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Clostridium thermocellum RNA polymerase transcription open complex with SigI1 its promoter タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#7 / 由来: MULTIPLE SOURCES | |||||||||||||||||||||||||
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分子量 |
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由来(天然) | 生物種: Acetivibrio thermocellus DSM 1313 (バクテリア) | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 詳細: 20 mM Tris-HCl pH 8.0, 150 mM NaCl, 2 mM DTT, 0.2 mM EDTA, 5% (v/v) glycerol, 10 mM MgCl2 | |||||||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 23.54 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: YES / 凍結: YES / 詳細: This sample was monodisperse. | |||||||||||||||||||||||||
染色 | タイプ: NEGATIVE / 染色剤: Uranyl Acetate | |||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 22500 X / 倍率(補正後): 22500 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm / Calibrated defocus min: 1500 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 2500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: BASIC |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER 最高温度: 77 K / 最低温度: 77 K |
撮影 | 平均露光時間: 0.25 sec. / 電子線照射量: 1.875 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
画像スキャン | 横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 32 / 利用したフレーム数/画像: 1-32 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.03 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 150741 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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