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万見
- PDB-8i23: Clostridium thermocellum RNA polymerase transcription open comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8i23
タイトルClostridium thermocellum RNA polymerase transcription open complex with SigI1 and its promoter
要素
  • (DNA (80-mer)) x 2
  • (DNA-directed RNA polymerase subunit ...) x 4
  • RNA polymerase sigma factor SigI1
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / TRANSCRIPTION OPEN COMPLEX / SIGI / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Acetivibrio thermocellus DSM1313 (バクテリア)
Acetivibrio thermocellus DSM 1313 (バクテリア)
Acetivibrio thermocellus (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.03 Å
データ登録者Li, J. / Zhang, H. / Li, D. / Feng, Y. / Zhu, P.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32070125 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structure of the transcription open complex of distinct σ factors.
著者: Jie Li / Haonan Zhang / Dongyu Li / Ya-Jun Liu / Edward A Bayer / Qiu Cui / Yingang Feng / Ping Zhu /
要旨: Bacterial σ factors of the σ-family are widespread in Bacilli and Clostridia and are involved in the heat shock response, iron metabolism, virulence, and carbohydrate sensing. A multiplicity of σ ...Bacterial σ factors of the σ-family are widespread in Bacilli and Clostridia and are involved in the heat shock response, iron metabolism, virulence, and carbohydrate sensing. A multiplicity of σ paralogues in some cellulolytic bacteria have been shown to be responsible for the regulation of the cellulosome, a multienzyme complex that mediates efficient cellulose degradation. Here, we report two structures at 3.0 Å and 3.3 Å of two transcription open complexes formed by two σ factors, SigI1 and SigI6, respectively, from the thermophilic, cellulolytic bacterium, Clostridium thermocellum. These structures reveal a unique, hitherto-unknown recognition mode of bacterial transcriptional promoters, both with respect to domain organization and binding to promoter DNA. The key characteristics that determine the specificities of the σ paralogues were further revealed by comparison of the two structures. Consequently, the σ factors represent a distinct set of the σ-family σ factors, thus highlighting the diversity of bacterial transcription.
履歴
登録2023年1月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年10月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年10月11日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年10月11日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年10月11日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年10月11日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年10月11日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02023年10月11日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年10月11日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年10月11日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年10月11日Data content type: Mask / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年10月11日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22025年6月25日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: em_admin / em_software / pdbx_entry_details
Item: _em_admin.last_update / _em_software.name / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.12025年6月25日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
B: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
C: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
D: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
E: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
F: RNA polymerase sigma factor SigI1
O: DNA (80-mer)
P: DNA (80-mer)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)431,90311
ポリマ－431,7488
非ポリマー1553
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit alpha


分子量: 35071.125 Da / 分子数: 2 / Mutation: 0 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acetivibrio thermocellus DSM 1313 (バクテリア)
株: DSM1313 / 参照: DNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta


分子量: 140110.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acetivibrio thermocellus DSM1313 (バクテリア)
株: DSM1313 / 参照: DNA-directed RNA polymerase
#3: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta'


分子量: 132698.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acetivibrio thermocellus DSM 1313 (バクテリア)
株: DSM1313 / 参照: DNA-directed RNA polymerase
#4: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit omega


分子量: 8783.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acetivibrio thermocellus DSM1313 (バクテリア)
株: DSM1313 / 参照: DNA-directed RNA polymerase

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タンパク質 , 1種, 1分子 F

#5: タンパク質 RNA polymerase sigma factor SigI1


分子量: 30714.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acetivibrio thermocellus DSM1313 (バクテリア)
株: DSM1313 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

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DNA鎖 , 2種, 2分子 OP

#6: DNA鎖 DNA (80-mer) / Promoter DNA non-template strand


分子量: 24897.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Acetivibrio thermocellus (バクテリア)
#7: DNA鎖 DNA (80-mer) / Promoter DNA template strand


分子量: 24401.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Acetivibrio thermocellus (バクテリア)

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非ポリマー , 2種, 3分子

#8: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#9: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Clostridium thermocellum RNA polymerase transcription open complex with SigI1 its promoter
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#7 / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量
IDEntity assembly-ID値 (°)単位実験値
110.43 MDaNO
210.35 MDaNO
310.03 MDaNO
41MEGADALTONSNO
由来(天然)生物種: Acetivibrio thermocellus DSM 1313 (バクテリア)
緩衝液pH: 8
詳細: 20 mM Tris-HCl pH 8.0, 150 mM NaCl, 2 mM DTT, 0.2 mM EDTA, 5% (v/v) glycerol, 10 mM MgCl2
試料濃度: 23.54 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: YES / 凍結: YES / 詳細: This sample was monodisperse.
染色タイプ: NEGATIVE / 染色剤: Uranyl Acetate
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 22500 X / 倍率（補正後）: 22500 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / Calibrated defocus min: 1500 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: BASIC
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 77 K / 最低温度: 77 K
撮影平均露光時間: 0.25 sec. / 電子線照射量: 1.875 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
画像スキャン横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 32 / 利用したフレーム数/画像: 1-32

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.03 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 150741 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00326940
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.53436836
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d17.1544415
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0434196
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0044391

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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