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- PDB-8hxa: Cryo-EM structure of MPXV M2 in complex with human B7.1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8hxa
タイトルCryo-EM structure of MPXV M2 in complex with human B7.1
要素
  • NFkB inhibitor
  • T-lymphocyte activation antigen CD80
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / M2 / complex / immune evasion / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of T cell mediated immunity / positive regulation of T-helper 1 cell differentiation / protein complex involved in cell adhesion / positive regulation of signal transduction / CD28 co-stimulation / positive regulation of granulocyte macrophage colony-stimulating factor production / CD28 dependent Vav1 pathway / CTLA4 inhibitory signaling / Interleukin-10 signaling / CD28 dependent PI3K/Akt signaling ...negative regulation of T cell mediated immunity / positive regulation of T-helper 1 cell differentiation / protein complex involved in cell adhesion / positive regulation of signal transduction / CD28 co-stimulation / positive regulation of granulocyte macrophage colony-stimulating factor production / CD28 dependent Vav1 pathway / CTLA4 inhibitory signaling / Interleukin-10 signaling / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / coreceptor activity / positive regulation of T cell proliferation / T cell costimulation / positive regulation of interleukin-2 production / T cell activation / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / PIP3 activates AKT signaling / virus receptor activity / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / cellular response to lipopolysaccharide / cell surface receptor signaling pathway / intracellular signal transduction / receptor ligand activity / immune response / external side of plasma membrane / positive regulation of DNA-templated transcription / cell surface / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Poxvirus M2 / CD80, IgC-like domain / CD80, immunoglobulin variable domain / Poxvirus M2 protein / : / CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype ...Poxvirus M2 / CD80, IgC-like domain / CD80, immunoglobulin variable domain / Poxvirus M2 protein / : / CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
T-lymphocyte activation antigen CD80 / Early protein OPG038
類似検索 - 構成要素
生物種Monkeypox virus (サル痘ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.04 Å
データ登録者Wang, Y. / Yang, S. / Zhao, H. / Deng, Z.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structural and functional insights into the modulation of T cell costimulation by monkeypox virus protein M2.
著者: Shangyu Yang / Yong Wang / Feiyang Yu / Rao Cheng / Yiwei Zhang / Dan Zhou / Xuanxiu Ren / Zengqin Deng / Haiyan Zhao /
要旨: The rapid spread of monkeypox in multiple countries has resulted in a global public health threat and has caused international concerns since May 2022. Poxvirus encoded M2 protein is a member of the ...The rapid spread of monkeypox in multiple countries has resulted in a global public health threat and has caused international concerns since May 2022. Poxvirus encoded M2 protein is a member of the poxvirus immune evasion family and plays roles in host immunomodulation via the regulation of innate immune response mediated by the NF-κB pathway and adaptive immune response mediated by B7 ligands. However, the interaction of monkeypox virus (MPXV) M2 with B7 ligands and structural insight into poxviral M2 function have remained elusive. Here we reveal that MPXV M2, co-existing as a hexamer and a heptamer, recognizes human B7.1 and B7.2 (hB7.1/2) with high avidities. The binding of oligomeric MPXV M2 interrupts the interactions of hB7.1/2 with CD28 and CTLA4 and subverts T cell activation mediated by B7.1/2 costimulatory signals. Cryo-EM structures of M2 in complex with hB7.1/2 show that M2 binds to the shallow concave face of hB7.1/2 and displays sterically competition with CD28 and CTLA4 for the binding to hB7.1/2. Our findings provide structural mechanisms of poxviral M2 function and immune evasion deployed by poxviruses.
履歴
登録2023年1月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年8月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年10月9日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NFkB inhibitor
B: NFkB inhibitor
C: NFkB inhibitor
D: NFkB inhibitor
E: NFkB inhibitor
F: NFkB inhibitor
G: T-lymphocyte activation antigen CD80
H: T-lymphocyte activation antigen CD80
I: T-lymphocyte activation antigen CD80
J: T-lymphocyte activation antigen CD80
K: T-lymphocyte activation antigen CD80
L: T-lymphocyte activation antigen CD80


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)277,07612
ポリマ－277,07612
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
NFkB inhibitor


分子量: 23285.348 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Monkeypox virus (サル痘ウイルス)
遺伝子: O2L / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q3I8Y9
#2: タンパク質
T-lymphocyte activation antigen CD80 / Activation B7-1 antigen / BB1 / CTLA-4 counter-receptor B7.1 / B7


分子量: 22893.967 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD80, CD28LG, CD28LG1, LAB7 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P33681
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: M2-hB7.1 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: JEOL CRYO ARM 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 40 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.04 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 251261 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00415060
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.02720400
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.4162004
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0582346
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0062562

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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