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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8hwz | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of delta N15 MsDps2 of Mycobacterium smegmatis | |||||||||
要素 | Starvation-inducible DNA-binding protein or fine tangled pili major subunit | |||||||||
キーワード | DNA BINDING PROTEIN / Cryo-EM / N15MsDps2 | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.56 Å | |||||||||
データ登録者 | Garg, P. / Dutta, S. | |||||||||
資金援助 | インド, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Cryo-EM structure of delta N15 MsDps2 of Mycobacterium smegmatis 著者: Garg, P. / Dutta, S. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8hwz.cif.gz | 291.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8hwz.ent.gz | 241.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8hwz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8hwz_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8hwz_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8hwz_validation.xml.gz | 58.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8hwz_validation.cif.gz | 87.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hw/8hwz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hw/8hwz | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 35069MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16163.995 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) 遺伝子: MSMEG_3242 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0QXB7 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Cryo-EM structure of delta N15 MsDps2 of Mycobacterium smegmatis タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2250 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 750 nm |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: T (正4面体型対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.56 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 27741 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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