+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8hsl | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Thermus thermophilus RNA polymerase bound with an inverted Rho hexamer | |||||||||
![]() |
| |||||||||
![]() | TRANSCRIPTION / Transcription termination / RNA polymerase / transcription termination factor Rho | |||||||||
機能・相同性 | ![]() ATP-dependent activity, acting on RNA / DNA-directed RNA polymerase complex / helicase activity / DNA-templated transcription termination / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / DNA-templated transcription ...ATP-dependent activity, acting on RNA / DNA-directed RNA polymerase complex / helicase activity / DNA-templated transcription termination / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.8 Å | |||||||||
![]() | Murayama, Y. / Ehara, H. / Sekine, S. | |||||||||
資金援助 | ![]()
| |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis of the transcription termination factor Rho engagement with transcribing RNA polymerase from . 著者: Yuko Murayama / Haruhiko Ehara / Mari Aoki / Mie Goto / Takeshi Yokoyama / Shun-Ichi Sekine / ![]() 要旨: Transcription termination is an essential step in transcription by RNA polymerase (RNAP) and crucial for gene regulation. For many bacterial genes, transcription termination is mediated by the ...Transcription termination is an essential step in transcription by RNA polymerase (RNAP) and crucial for gene regulation. For many bacterial genes, transcription termination is mediated by the adenosine triphosphate-dependent RNA translocase/helicase Rho, which causes RNA/DNA dissociation from the RNAP elongation complex (EC). However, the structural basis of the interplay between Rho and RNAP remains obscure. Here, we report the cryo-electron microscopy structure of the RNAP EC engaged with Rho. The Rho hexamer binds RNAP through the carboxyl-terminal domains, which surround the RNA exit site of RNAP, directing the nascent RNA seamlessly from the RNA exit to its central channel. The β-flap tip at the RNA exit is critical for the Rho-dependent RNA release, and its deletion causes an alternative Rho-RNAP binding mode, which is irrelevant to termination. The Rho binding site overlaps with the binding sites of other macromolecules, such as ribosomes, providing a general basis of gene regulation. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 952.9 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 766.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 2.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 218.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 312 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 35000MC ![]() 8hsgC ![]() 8hshC ![]() 8hsjC ![]() 8hsrC C: 同じ文献を引用 ( M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
|
---|---|
1 |
|
-
要素
-DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 5分子 GHIJK
#1: タンパク質 | 分子量: 35056.164 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: rpoA, TTHA1664 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: タンパク質 | | 分子量: 125436.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: rpoB, TTHA1813 / 発現宿主: ![]() ![]() #3: タンパク質 | | 分子量: 171994.391 Da / 分子数: 1 / Mutation: C-terminal FLAG-tagged / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: rpoC, TTHA1812 / 発現宿主: ![]() ![]() #4: タンパク質 | | 分子量: 11533.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: rpoZ, TTHA1561 / 発現宿主: ![]() ![]() |
---|
-タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF
#5: タンパク質 | 分子量: 47996.270 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: rho / 発現宿主: ![]() ![]() |
---|
-非ポリマー , 4種, 20分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ADP.gif)
![](data/chem/img/BEF.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ADP.gif)
![](data/chem/img/BEF.gif)
#6: 化合物 | ChemComp-ZN / | ||||
---|---|---|---|---|---|
#7: 化合物 | ChemComp-MG / #8: 化合物 | ChemComp-ADP / #9: 化合物 | ChemComp-BEF / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-
試料調製
構成要素 | 名称: RNA polymerase bound with an inverted Rho / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#5 / 由来: RECOMBINANT |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-
電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-
解析
CTF補正 | タイプ: NONE |
---|---|
3次元再構成 | 解像度: 5.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 147189 / 対称性のタイプ: POINT |