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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8hsg | |||||||||
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タイトル | Thermus thermophilus RNA polymerase elongation complex | |||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION / Transcription elongation complex / RNA polymerase | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 DNA-directed RNA polymerase complex / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) DNA molecule (その他) synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Murayama, Y. / Ehara, H. / Sekine, S. | |||||||||
資金援助 | 日本, 2件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2023 タイトル: Structural basis of the transcription termination factor Rho engagement with transcribing RNA polymerase from . 著者: Yuko Murayama / Haruhiko Ehara / Mari Aoki / Mie Goto / Takeshi Yokoyama / Shun-Ichi Sekine / 要旨: Transcription termination is an essential step in transcription by RNA polymerase (RNAP) and crucial for gene regulation. For many bacterial genes, transcription termination is mediated by the ...Transcription termination is an essential step in transcription by RNA polymerase (RNAP) and crucial for gene regulation. For many bacterial genes, transcription termination is mediated by the adenosine triphosphate-dependent RNA translocase/helicase Rho, which causes RNA/DNA dissociation from the RNAP elongation complex (EC). However, the structural basis of the interplay between Rho and RNAP remains obscure. Here, we report the cryo-electron microscopy structure of the RNAP EC engaged with Rho. The Rho hexamer binds RNAP through the carboxyl-terminal domains, which surround the RNA exit site of RNAP, directing the nascent RNA seamlessly from the RNA exit to its central channel. The β-flap tip at the RNA exit is critical for the Rho-dependent RNA release, and its deletion causes an alternative Rho-RNAP binding mode, which is irrelevant to termination. The Rho binding site overlaps with the binding sites of other macromolecules, such as ribosomes, providing a general basis of gene regulation. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8hsg.cif.gz | 588.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8hsg.ent.gz | 447.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8hsg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8hsg_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8hsg_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8hsg_validation.xml.gz | 88.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8hsg_validation.cif.gz | 132.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hs/8hsg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hs/8hsg | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 34996MC 8hshC 8hsjC 8hslC 8hsrC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 5分子 GHIJK
#1: タンパク質 | 分子量: 35056.164 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) 遺伝子: rpoA, TTHA1664 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5SHR6, DNA-directed RNA polymerase #2: タンパク質 | | 分子量: 125436.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) 遺伝子: rpoB, TTHA1813 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8RQE9, DNA-directed RNA polymerase #3: タンパク質 | | 分子量: 171994.391 Da / 分子数: 1 / Mutation: C-terminal FLAG-tagged / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) 遺伝子: rpoC, TTHA1812 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8RQE8, DNA-directed RNA polymerase #4: タンパク質 | | 分子量: 11491.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) 遺伝子: rpoZ, TTHA1561 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8RQE7, DNA-directed RNA polymerase |
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-DNA鎖 , 2種, 2分子 TN
#5: DNA鎖 | 分子量: 57785.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) DNA molecule (その他) |
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#7: DNA鎖 | 分子量: 54576.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-RNA鎖 , 1種, 1分子 R
#6: RNA鎖 | 分子量: 39054.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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-非ポリマー , 2種, 2分子
#8: 化合物 | ChemComp-ZN / |
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#9: 化合物 | ChemComp-MG / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: RNA polymerase elongation complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#7 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 219822 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 125.42 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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