PDB-8hnu: Cellodextrin phosphorylase stable variant from Clostridium thermo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8hnu

タイトル

Cellodextrin phosphorylase stable variant from Clostridium thermocellum

要素

Cellodextrin phosphorylase

キーワード

CARBOHYDRATE / cellulose / phosphorolysis / synthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

glycosyltransferase activity / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Acetivibrio thermocellus (バクテリア)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.28 Å

データ登録者

Kuga, T. / Sunagawa, N. / Igarashi, K.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: 11 cysteine-to-serine mutations improve the stability of cellodextrin phosphorylase
著者: Kuga, T. / Sunagawa, N. / Igarashi, K.

履歴

登録	2022年12月8日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年12月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8hnu.cif.gz	494.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8hnu.ent.gz	322.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8hnu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8hnu_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8hnu_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	8hnu_validation.xml.gz	67.2 KB	表示
CIF形式データ	8hnu_validation.cif.gz	102.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hn/8hnu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hn/8hnu	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	34918MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1) #74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (2) #203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cellodextrin phosphorylase

B: Cellodextrin phosphorylase

ヘテロ分子

226 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法

#1: タンパク質	Cellodextrin phosphorylase 分子量: 112736.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acetivibrio thermocellus (バクテリア) 株: YM4 / 遺伝子: cdp-ym4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q93HT8
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 316 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

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実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素	名称: cellodextrin phosphorylase dimer / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量	値: 0.24 MDa / 実験値: YES
由来(天然)	生物種: Acetivibrio thermocellus (バクテリア) / 株: YM4
由来(組換発現)	生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21 (DE3)
緩衝液	pH: 7.5
試料	濃度: 3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持	グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結	装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 279 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影	電子線照射量: 49 e/Å² / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
phenix.real_space_refine	1.20.1_4487	精密化
PHENIX	1.20.1_4487	精密化

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ
1	cryoSPARC	3.3.0	粒子像選択
4	cryoSPARC	3.3.0	CTF補正
7	UCSF ChimeraX	1.4	モデルフィッティング
9	cryoSPARC	3.3.0	初期オイラー角割当
10	cryoSPARC	v3.3.0	最終オイラー角割当
11	cryoSPARC	3.3.0	分類
12	cryoSPARC	3.3.0	３次元再構成
13	PHENIX	1.2	モデル精密化

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

粒子像の選択

選択した粒子像数: 9582559

対称性

点対称性: C₂ (2回回転対称)

3次元再構成

解像度: 2.28 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 998544 / 対称性のタイプ: POINT

精密化

交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

原子変位パラメータ

B_iso mean: 99.59 Å²

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.0028	16223
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.4413	21971
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.041	2400
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.0029	2853
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	3.8737	2166

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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