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万見
- PDB-8hk5: C5aR1-Gi-C5a protein complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8hk5
タイトルC5aR1-Gi-C5a protein complex
要素
  • (Guanine nucleotide-binding protein ...) x 3
  • C5a anaphylatoxin chemotactic receptor 1
  • Complement C5Complement component 5
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / GPCR (Gタンパク質共役受容体) / C5aR1 / C5a / complement
機能・相同性
機能・相同性情報


complement component C5a signaling pathway / presynapse organization / regulation of tau-protein kinase activity / complement component C5a receptor activity / response to peptidoglycan / Terminal pathway of complement / 膜侵襲複合体 / sensory perception of chemical stimulus / complement receptor mediated signaling pathway / Activation of C3 and C5 ...complement component C5a signaling pathway / presynapse organization / regulation of tau-protein kinase activity / complement component C5a receptor activity / response to peptidoglycan / Terminal pathway of complement / 膜侵襲複合体 / sensory perception of chemical stimulus / complement receptor mediated signaling pathway / Activation of C3 and C5 / negative regulation of macrophage chemotaxis / G-protein activation / Activation of the phototransduction cascade / : / Glucagon-type ligand receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / G beta:gamma signalling through CDC42 / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / Ca2+ pathway / Activation of G protein gated Potassium channels / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / G alpha (z) signalling events / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / G alpha (q) signalling events / positive regulation of neutrophil chemotaxis / G alpha (i) signalling events / complement activation, alternative pathway / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase activity / chemokine activity / photoreceptor outer segment membrane / spectrin binding / endopeptidase inhibitor activity / positive regulation of macrophage chemotaxis / amyloid-beta clearance / activation of phospholipase C activity / photoreceptor outer segment / Adenylate cyclase inhibitory pathway / positive regulation of protein localization to cell cortex / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / regulation of cAMP-mediated signaling / D2 dopamine receptor binding / G protein-coupled serotonin receptor binding / cellular defense response / complement activation, classical pathway / regulation of mitotic spindle organization / positive regulation of chemokine production / cellular response to forskolin / cardiac muscle cell apoptotic process / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / photoreceptor inner segment / Peptide ligand-binding receptors / 好中球 / secretory granule membrane / Regulation of insulin secretion / positive regulation of epithelial cell proliferation / G protein-coupled receptor activity / Regulation of Complement cascade / G protein-coupled receptor binding / astrocyte activation / microglial cell activation / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / mRNA transcription by RNA polymerase II / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / response to peptide hormone / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / 認識 / G alpha (z) signalling events / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / sensory perception of taste / GPER1 signaling / G-protein beta-subunit binding / GDP binding / positive regulation of angiogenesis / heterotrimeric G-protein complex / 走化性 / signaling receptor complex adaptor activity / retina development in camera-type eye / apical part of cell / GTPase binding / cell body / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / 細胞皮質 / midbody / G alpha (i) signalling events / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / cellular response to hypoxia / G alpha (s) signalling events / basolateral plasma membrane / killing of cells of another organism / cell population proliferation / Extra-nuclear estrogen signaling / cell surface receptor signaling pathway
類似検索 - 分子機能
Anaphylatoxin chemotactic receptor, C3a/C5a1/C5a2 / : / Complement component 5, CUB domain / Formyl peptide receptor-related / Complement C3/4/5, macroglobulin domain MG1 / Macroglobulin domain MG1 / Anaphylatoxin, complement system domain / Anaphylatoxin domain signature. / Anaphylatoxin/fibulin / Anaphylatoxin, complement system ...Anaphylatoxin chemotactic receptor, C3a/C5a1/C5a2 / : / Complement component 5, CUB domain / Formyl peptide receptor-related / Complement C3/4/5, macroglobulin domain MG1 / Macroglobulin domain MG1 / Anaphylatoxin, complement system domain / Anaphylatoxin domain signature. / Anaphylatoxin/fibulin / Anaphylatoxin, complement system / Anaphylotoxin-like domain / Anaphylatoxin domain profile. / Anaphylatoxin homologous domain / Netrin C-terminal Domain / Netrin module, non-TIMP type / UNC-6/NTR/C345C module / Alpha-macroglobulin, receptor-binding / Alpha-macroglobulin, receptor-binding domain superfamily / Macroglobulin domain MG4 / Macroglobulin domain MG3 / A-macroglobulin receptor binding domain / Macroglobulin domain MG4 / Macroglobulin domain MG3 / A-macroglobulin receptor / Netrin domain / NTR domain profile. / Tissue inhibitor of metalloproteinases-like, OB-fold / Α2-マクログロブリン / Macroglobulin domain / Alpha-2-macroglobulin, bait region domain / Alpha-macroglobulin-like, TED domain / Alpha-2-macroglobulin family / MG2 domain / A-macroglobulin TED domain / Alpha-2-macroglobulin bait region domain / Α2-マクログロブリン / Alpha-2-macroglobulin family / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / G-protein alpha subunit, group I / G-alpha domain profile. / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / GGL domain / G-protein gamma-like domain superfamily / G-protein gamma-like domain / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / WD40リピート / WD40リピート / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
パルミチン酸 / Guanine nucleotide-binding protein subunit gamma / Complement C5 / C5a anaphylatoxin chemotactic receptor 1 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Bos taurus (ウシ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å
データ登録者Wang, Y. / Liu, W. / Xu, Y. / Zhuang, Y. / Xu, H.E.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81902085 中国
引用ジャーナル: Nat Chem Biol / 年: 2023
タイトル: Revealing the signaling of complement receptors C3aR and C5aR1 by anaphylatoxins.
著者: Yue Wang / Weiyi Liu / Youwei Xu / Xinheng He / Qingning Yuan / Ping Luo / Wenjia Fan / Jingpeng Zhu / Xinyue Zhang / Xi Cheng / Yi Jiang / H Eric Xu / Youwen Zhuang /
要旨: The complement receptors C3aR and C5aR1, whose signaling is selectively activated by anaphylatoxins C3a and C5a, are important regulators of both innate and adaptive immune responses. Dysregulations ...The complement receptors C3aR and C5aR1, whose signaling is selectively activated by anaphylatoxins C3a and C5a, are important regulators of both innate and adaptive immune responses. Dysregulations of C3aR and C5aR1 signaling lead to multiple inflammatory disorders, including sepsis, asthma and acute respiratory distress syndrome. The mechanism underlying endogenous anaphylatoxin recognition and activation of C3aR and C5aR1 remains elusive. Here we reported the structures of C3a-bound C3aR and C5a-bound C5aR1 as well as an apo-C3aR structure. These structures, combined with mutagenesis analysis, reveal a conserved recognition pattern of anaphylatoxins to the complement receptors that is different from chemokine receptors, unique pocket topologies of C3aR and C5aR1 that mediate ligand selectivity, and a common mechanism of receptor activation. These results provide crucial insights into the molecular understanding of C3aR and C5aR1 signaling and structural templates for rational drug design for treating inflammation disorders.
履歴
登録2022年11月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C5a anaphylatoxin chemotactic receptor 1
B: Complement C5
C: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
D: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
G: Guanine nucleotide-binding protein subunit gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,8367
ポリマ－133,3235
非ポリマー5132
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 C5a anaphylatoxin chemotactic receptor 1


分子量: 39372.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: C5AR1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P21730
#2: タンパク質 Complement C5 / Complement component 5


分子量: 8288.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: C5
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P01031

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Guanine nucleotide-binding protein ... , 3種, 3分子 CDG

#3: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1


分子量: 40313.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNAI1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P63096
#4: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1


分子量: 37915.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Gnb1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P54311
#5: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein subunit gamma


分子量: 7432.554 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: GNG2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: A0A6J0WY55

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非ポリマー , 1種, 2分子

#6: 化合物 ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸 / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: C5aR1-Gi-C5a protein complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#5 / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量値: 0.16 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7.2
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 5000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: NONE
粒子像の選択選択した粒子像数: 4236350
3次元再構成解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 406559 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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