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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8hiq | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | cryoEM structure of glutamate dehydrogenase from Thermococcus profundus in complex with NADP | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
要素 | Glutamate dehydrogenase | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / Complex / Coenzyme / NADP | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glutamate dehydrogenase [NAD(P)+] / glutamate dehydrogenase (NADP+) activity / glutamate dehydrogenase (NAD+) activity / glutamate catabolic process 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
生物種 | Thermococcus profundus (古細菌) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Wakabayashi, T. / Oide, M. / Kato, T. / Nakasako, M. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 日本, 14件
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引用 | ジャーナル: FEBS J / 年: 2023 タイトル: Coenzyme-binding pathway on glutamate dehydrogenase suggested from multiple-binding sites visualized by cryo-electron microscopy. 著者: Taiki Wakabayashi / Mao Oide / Takayuki Kato / Masayoshi Nakasako / 要旨: The structure of hexameric glutamate dehydrogenase (GDH) in the presence of the coenzyme nicotinamide adenine dinucleotide phosphate (NADP) was visualized using cryogenic transmission electron ...The structure of hexameric glutamate dehydrogenase (GDH) in the presence of the coenzyme nicotinamide adenine dinucleotide phosphate (NADP) was visualized using cryogenic transmission electron microscopy to investigate the ligand-binding pathways to the active site of the enzyme. Each subunit of GDH comprises one hexamer-forming core domain and one nucleotide-binding domain (NAD domain), which spontaneously opens and closes the active-site cleft situated between the two domains. In the presence of NADP, the potential map of GDH hexamer, assuming D3 symmetry, was determined at a resolution of 2.4 Å, but the NAD domain was blurred due to the conformational variety. After focused classification with respect to the NAD domain, the potential maps interpreted as NADP molecules appeared at five different sites in the active-site cleft. The subunits associated with NADP molecules were close to one of the four metastable conformations in the unliganded state. Three of the five binding sites suggested a pathway of NADP molecules to approach the active-site cleft for initiating the enzymatic reaction. The other two binding modes may rarely appear in the presence of glutamate, as demonstrated by the reaction kinetics. Based on the visualized structures and the results from the enzymatic kinetics, we discussed the binding modes of NADP to GDH in the absence and presence of glutamate. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8hiq.cif.gz | 85.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8hiq.ent.gz | 62.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8hiq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8hiq_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8hiq_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8hiq_validation.xml.gz | 29 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8hiq_validation.cif.gz | 40.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hi/8hiq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hi/8hiq | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 34826MC 8hhoC 8hizC 8hj3C 8hj9C C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: D3 (2回x3回 2面回転対称)) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 46758.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermococcus profundus (古細菌) / 遺伝子: gdhA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O74024, glutamate dehydrogenase [NAD(P)+] |
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#2: 化合物 | ChemComp-NAP / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Hexamer of glutamate dehydrogenase in the presence of NADP タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.264 MDa / 実験値: YES | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Thermococcus profundus (古細菌) | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.0036 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: MOLYBDENUM / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: JEOL CRYO ARM 300 |
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電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3300 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 電子線照射量: 1.2 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 10389 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 3037558 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 78270 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT |