[日本語] English
万見
- PDB-8hia: Structure of transforming growth factor beta induced protein (TGF... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8hia
タイトルStructure of transforming growth factor beta induced protein (TGFBIp) G623R fibril
要素Transforming growth factor-beta-induced protein ig-h3
キーワードPROTEIN FIBRIL / Pathological fibrils / TGFBI related corneal dystrophy
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cell adhesion / response to stimulus / extracellular matrix binding / extracellular matrix structural constituent / basement membrane / localization / chondrocyte differentiation / cell adhesion molecule binding / collagen binding / visual perception ...negative regulation of cell adhesion / response to stimulus / extracellular matrix binding / extracellular matrix structural constituent / basement membrane / localization / chondrocyte differentiation / cell adhesion molecule binding / collagen binding / visual perception / extracellular matrix organization / extracellular matrix / trans-Golgi network / integrin binding / angiogenesis / collagen-containing extracellular matrix / cell population proliferation / cell adhesion / Amyloid fiber formation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
TGF beta-induced protein/periostin / EMI domain / EMI domain profile. / FAS1 domain / FAS1 domain superfamily / Fasciclin domain / FAS1/BIgH3 domain profile. / Four repeated domains in the Fasciclin I family of proteins, present in many other contexts.
類似検索 - ドメイン・相同性
Transforming growth factor-beta-induced protein ig-h3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.9 Å
データ登録者Low, J.Y.K. / Pervushin, K.
資金援助 シンガポール, 2件
組織認可番号国
Ministry of Education (MoE, Singapore)MOE2019-T3-1-012 シンガポール
Ministry of Education (MoE, Singapore)RG28/19 シンガポール
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2023
タイトル: Release of frustration drives corneal amyloid disaggregation by brain chaperone.
著者: Jia Yi Kimberly Low / Xiangyan Shi / Venkatraman Anandalakshmi / Dawn Neo / Gary Swee Lim Peh / Siew Kwan Koh / Lei Zhou / M K Abdul Rahim / Ketti Boo / JiaXuan Lee / Harini Mohanram / Reema ...著者: Jia Yi Kimberly Low / Xiangyan Shi / Venkatraman Anandalakshmi / Dawn Neo / Gary Swee Lim Peh / Siew Kwan Koh / Lei Zhou / M K Abdul Rahim / Ketti Boo / JiaXuan Lee / Harini Mohanram / Reema Alag / Yuguang Mu / Jodhbir S Mehta / Konstantin Pervushin /
要旨: TGFBI-related corneal dystrophy (CD) is characterized by the accumulation of insoluble protein deposits in the corneal tissues, eventually leading to progressive corneal opacity. Here we show that ...TGFBI-related corneal dystrophy (CD) is characterized by the accumulation of insoluble protein deposits in the corneal tissues, eventually leading to progressive corneal opacity. Here we show that ATP-independent amyloid-β chaperone L-PGDS can effectively disaggregate corneal amyloids in surgically excised human cornea of TGFBI-CD patients and release trapped amyloid hallmark proteins. Since the mechanism of amyloid disassembly by ATP-independent chaperones is unknown, we reconstructed atomic models of the amyloids self-assembled from TGFBIp-derived peptides and their complex with L-PGDS using cryo-EM and NMR. We show that L-PGDS specifically recognizes structurally frustrated regions in the amyloids and releases those frustrations. The released free energy increases the chaperone's binding affinity to amyloids, resulting in local restructuring and breakage of amyloids to protofibrils. Our mechanistic model provides insights into the alternative source of energy utilized by ATP-independent disaggregases and highlights the possibility of using these chaperones as treatment strategies for different types of amyloid-related diseases.
履歴
登録2022年11月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月21日Group: Data collection / Data processing / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_reconstruction / em_entity_assembly_naturalsource
Item: _em_3d_reconstruction.num_particles / _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id / _em_entity_assembly_naturalsource.organism

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Transforming growth factor-beta-induced protein ig-h3
B: Transforming growth factor-beta-induced protein ig-h3
C: Transforming growth factor-beta-induced protein ig-h3
D: Transforming growth factor-beta-induced protein ig-h3
E: Transforming growth factor-beta-induced protein ig-h3
F: Transforming growth factor-beta-induced protein ig-h3
G: Transforming growth factor-beta-induced protein ig-h3
H: Transforming growth factor-beta-induced protein ig-h3
I: Transforming growth factor-beta-induced protein ig-h3
J: Transforming growth factor-beta-induced protein ig-h3
K: Transforming growth factor-beta-induced protein ig-h3
L: Transforming growth factor-beta-induced protein ig-h3
M: Transforming growth factor-beta-induced protein ig-h3
N: Transforming growth factor-beta-induced protein ig-h3
O: Transforming growth factor-beta-induced protein ig-h3
P: Transforming growth factor-beta-induced protein ig-h3
Q: Transforming growth factor-beta-induced protein ig-h3
R: Transforming growth factor-beta-induced protein ig-h3
S: Transforming growth factor-beta-induced protein ig-h3
T: Transforming growth factor-beta-induced protein ig-h3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,95820
ポリマ－50,95820
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints, PDB code of monomer: 8HGA
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド
Transforming growth factor-beta-induced protein ig-h3


分子量: 2547.922 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TGFBI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15582

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Mutant of TGFBIp peptide derived from TGFBIp / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 21.43 kDa/nm / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 8 / 詳細: 20mM TRIS
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 8 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: NONE
らせん対称
IDImage processing-ID回転角度/サブユニット (°)軸方向距離/サブユニット (Å)らせん対称軸の対称性
11-179.42.75C1
21-179.42.75C1
3次元再構成解像度: 4.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 48522 / 対称性のタイプ: HELICAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0123580
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.1354920
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d7.309480
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.063660
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.018640

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る