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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8hha | |||||||||||||||
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タイトル | F1 domain of FoF1-ATPase from Bacillus PS3,120 degrees,lowATP | |||||||||||||||
要素 |
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キーワード | MOTOR PROTEIN / ATP synthase F1 ATPase FoF1 | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 proton motive force-driven plasma membrane ATP synthesis / proton-transporting ATP synthase complex, catalytic core F(1) / H+-transporting two-sector ATPase / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / ADP binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Bacillus sp. PS3 (バクテリア) | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Nakano, A. / Kishikawa, J. / Mitsuoka, K. / Yokoyama, K. | |||||||||||||||
資金援助 | 日本, 4件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Rotation mechanism of ATP synthases driven by ATP hydrolysis 著者: Nakano, A. / Yokoyama, K. / Kishikawa, J. / Mitsuoka, K. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8hha.cif.gz | 527.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8hha.ent.gz | 434.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8hha.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8hha_validation.pdf.gz | 2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8hha_full_validation.pdf.gz | 2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8hha_validation.xml.gz | 94.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8hha_validation.cif.gz | 141.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hh/8hha ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hh/8hha | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 34757MC 8hh1C 8hh2C 8hh3C 8hh4C 8hh5C 8hh6C 8hh7C 8hh8C 8hh9C 8hhbC 8hhcC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-ATP synthase subunit ... , 2種, 6分子 ABCDEF
#1: タンパク質 | 分子量: 54717.398 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus sp. PS3 (バクテリア) / 遺伝子: uncA, atpA / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0M3VGF9, H+-transporting two-sector ATPase #2: タンパク質 | 分子量: 53424.625 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus sp. PS3 (バクテリア) / 遺伝子: uncD, atpD / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0M4U1P9, H+-transporting two-sector ATPase |
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-タンパク質 , 1種, 1分子 G
#3: タンパク質 | 分子量: 31728.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus sp. PS3 (バクテリア) / 遺伝子: uncG, atpG / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0M4TPJ7 |
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-非ポリマー , 4種, 11分子
#4: 化合物 | ChemComp-ATP / #5: 化合物 | ChemComp-MG / #6: 化合物 | ChemComp-PO4 / | #7: 化合物 | ChemComp-ADP / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: FoF1 from Bacillus PS3 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.53 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Bacillus sp. PS3 (バクテリア) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 濃度: 10 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm / Cs: 0.3 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7653 |
-解析
ソフトウェア | 名称: UCSF ChimeraX / バージョン: 1.3/v9 / 分類: モデル構築 / URL: https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/ / Os: Windows / タイプ: package | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 2654860 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 13133 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 6N2Y Accession code: 6N2Y / Source name: PDB / タイプ: experimental model |