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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8hg6 | |||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the prasinophyte-specific light-harvesting complex (Lhcp)from Ostreococcus tauri | |||||||||||||||
![]() | Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic | |||||||||||||||
![]() | ELECTRON TRANSPORT / Complex / Light-harvesting / Photosynthesis | |||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosystem I / photosystem II / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / response to light stimulus 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.44 Å | |||||||||||||||
![]() | Shan, J. / Sheng, X. / Ishii, A. / Watanabe, A. / Song, C. / Murata, K. / Minagawa, J. / Liu, Z. | |||||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The photosystem I supercomplex from a primordial green alga harbors three light-harvesting complex trimers. 著者: Asako Ishii / Jianyu Shan / Xin Sheng / Eunchul Kim / Akimasa Watanabe / Makio Yokono / Chiyo Noda / Chihong Song / Kazuyoshi Murata / Zhenfeng Liu / Jun Minagawa / ![]() ![]() 要旨: As a ubiquitous picophytoplankton in the ocean and an early-branching green alga, is a model prasinophyte species for studying the functional evolution of the light-harvesting systems in ...As a ubiquitous picophytoplankton in the ocean and an early-branching green alga, is a model prasinophyte species for studying the functional evolution of the light-harvesting systems in photosynthesis. Here, we report the structure and function of the photosystem I (PSI) supercomplex in low light conditions, where it expands its photon-absorbing capacity by assembling with the light-harvesting complexes I (LHCI) and a prasinophyte-specific light-harvesting complex (Lhcp). The architecture of the supercomplex exhibits hybrid features of the plant-type and the green algal-type PSI supercomplexes, consisting of a PSI core, an Lhca1-Lhca4-Lhca2-Lhca3 belt attached on one side and an Lhca5-Lhca6 heterodimer associated on the other side between PsaG and PsaH. Interestingly, nine Lhcp subunits, including one Lhcp1 monomer with a phosphorylated amino-terminal threonine and eight Lhcp2 monomers, oligomerize into three trimers and associate with PSI on the third side between Lhca6 and PsaK. The Lhcp1 phosphorylation and the light-harvesting capacity of PSI were subjected to reversible photoacclimation, suggesting that the formation of PSI-LHCI-Lhcp supercomplex is likely due to a phosphorylation-dependent mechanism induced by changes in light intensity. Notably, this supercomplex did not exhibit far-red peaks in the 77 K fluorescence spectra, which is possibly due to the weak coupling of the chlorophyll 603-609 pair in Lhca1-4. | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 170.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 152 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 3分子 VWX
#1: タンパク質 | 分子量: 24689.807 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 6種, 60分子 ![](data/chem/img/CLA.gif)
![](data/chem/img/CHL.gif)
![](data/chem/img/KC2.gif)
![](data/chem/img/Q6L.gif)
![](data/chem/img/IWJ.gif)
![](data/chem/img/NEX.gif)
![](data/chem/img/CHL.gif)
![](data/chem/img/KC2.gif)
![](data/chem/img/Q6L.gif)
![](data/chem/img/IWJ.gif)
![](data/chem/img/NEX.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-CLA / #3: 化合物 | ChemComp-CHL / #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-Q6L / ( #6: 化合物 | ChemComp-IWJ / ( #7: 化合物 | ChemComp-NEX / ( | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Prasinophyte-specific Lhc protein (Lhcp) complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 6.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1800 nm |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.44 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 80573 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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