+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8h3d | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of apo SARS-CoV-2 spike protein with one RBD up | ||||||
要素 | Spike glycoprotein,Fibritin | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / SARS-CoV-2 / spike protein / apo | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 virion component / Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion ...virion component / Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.27 Å | ||||||
データ登録者 | Meng, F. / Wang, Q. / Xie, Y. / Ni, X. / Huang, N. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: ACS Cent Sci / 年: 2023 タイトル: In Silico Discovery of Small Molecule Modulators Targeting the Achilles' Heel of SARS-CoV-2 Spike Protein. 著者: Qing Wang / Fanhao Meng / Yuting Xie / Wei Wang / Yumin Meng / Linjie Li / Tao Liu / Jianxun Qi / Xiaodan Ni / Sanduo Zheng / Jianhui Huang / Niu Huang / 要旨: The spike protein of SARS-CoV-2 has been a promising target for developing vaccines and therapeutics due to its crucial role in the viral entry process. Previously reported cryogenic electron ...The spike protein of SARS-CoV-2 has been a promising target for developing vaccines and therapeutics due to its crucial role in the viral entry process. Previously reported cryogenic electron microscopy (cryo-EM) structures have revealed that free fatty acids (FFA) bind with SARS-CoV-2 spike protein, stabilizing its closed conformation and reducing its interaction with the host cell target in vitro. Inspired by these, we utilized a structure-based virtual screening approach against the conserved FFA-binding pocket to identify small molecule modulators of SARS-CoV-2 spike protein, which helped us identify six hits with micromolar binding affinities. Further evaluation of their commercially available and synthesized analogs enabled us to discover a series of compounds with better binding affinities and solubilities. Notably, our identified compounds exhibited similar binding affinities against the spike proteins of the prototypic SARS-CoV-2 and a currently circulating Omicron BA.4 variant. Furthermore, the cryo-EM structure of the compound SPC-14 bound spike revealed that SPC-14 could shift the conformational equilibrium of the spike protein toward the closed conformation, which is human ACE2 (hACE2) inaccessible. Our identified small molecule modulators targeting the conserved FFA-binding pocket could serve as the starting point for the future development of broad-spectrum COVID-19 intervention treatments. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8h3d.cif.gz | 558.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb8h3d.ent.gz | 462.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8h3d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8h3d_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 8h3d_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8h3d_validation.xml.gz | 88 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8h3d_validation.cif.gz | 132.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h3/8h3d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h3/8h3d | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 34464MC 8h3eC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 141338.359 Da / 分子数: 3 / 断片: SARS-CoV-2 spike protein,SARS-CoV-2 spike protein / 変異: R682S,R683G,R685G,K986P,V987P / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) 遺伝子: S, 2, wac / プラスミド: pcDNA3 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 株 (発現宿主): Expi293F / 参照: UniProt: P0DTC2, UniProt: P10104 #2: 糖 | ChemComp-NAG / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: SARS-CoV-2 spike protein / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
由来(天然) |
| ||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||
緩衝液成分 | 濃度: 20 mM / 名称: HEPES / 式: C8H18N2O4S | ||||||||||||
試料 | 濃度: 1.53 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 281 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 96000 X / 倍率(補正後): 96000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Calibrated defocus min: 1000 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 2000 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3048 |
画像スキャン | 横: 4096 / 縦: 4096 |
-解析
EMソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.27 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 34118 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT |