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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8gzn | ||||||
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タイトル | IgM-var2CSA complex | ||||||
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![]() | CELL ADHESION/IMMUNE SYSTEM / var2CSA / IgM / Placental malaria / P.falciparum / CELL ADHESION / CELL ADHESION-IMMUNE SYSTEM complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() hexameric IgM immunoglobulin complex / dimeric IgA immunoglobulin complex / IgM B cell receptor complex / secretory dimeric IgA immunoglobulin complex / pentameric IgM immunoglobulin complex / monomeric IgA immunoglobulin complex / secretory IgA immunoglobulin complex / IgA binding / glomerular filtration / IgM immunoglobulin complex ...hexameric IgM immunoglobulin complex / dimeric IgA immunoglobulin complex / IgM B cell receptor complex / secretory dimeric IgA immunoglobulin complex / pentameric IgM immunoglobulin complex / monomeric IgA immunoglobulin complex / secretory IgA immunoglobulin complex / IgA binding / glomerular filtration / IgM immunoglobulin complex / pre-B cell allelic exclusion / CD22 mediated BCR regulation / positive regulation of respiratory burst / humoral immune response / Scavenging of heme from plasma / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / complement activation, classical pathway / Cell surface interactions at the vascular wall / antigen binding / B cell receptor signaling pathway / protein-macromolecule adaptor activity / antibacterial humoral response / protein-containing complex assembly / defense response to Gram-negative bacterium / adaptive immune response / Potential therapeutics for SARS / blood microparticle / immune response / innate immune response / cell surface / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | ||||||
![]() | Akhouri, R.R. / Goel, S. / Skoglund, U. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-electron microscopy of IgM-VAR2CSA complex reveals IgM inhibits binding of Plasmodium falciparum to Chondroitin Sulfate A. 著者: Reetesh Raj Akhouri / Suchi Goel / Ulf Skoglund / ![]() ![]() 要旨: Placental malaria is caused by Plasmodium falciparum-infected erythrocytes (IEs) adhering to chondroitin sulfate proteoglycans in placenta via VAR2CSA-type PfEMP1. Human pentameric immunoglobulin M ...Placental malaria is caused by Plasmodium falciparum-infected erythrocytes (IEs) adhering to chondroitin sulfate proteoglycans in placenta via VAR2CSA-type PfEMP1. Human pentameric immunoglobulin M (IgM) binds to several types of PfEMP1, including VAR2CSA via its Fc domain. Here, a 3.6 Å cryo-electron microscopy map of the IgM-VAR2CSA complex reveals that two molecules of VAR2CSA bind to the Cµ4 of IgM through their DBL3X and DBL5ε domains. The clockwise and anti-clockwise rotation of the two VAR2CSA molecules on opposite faces of IgM juxtaposes C-termini of both VAR2CSA near the J chain, where IgM creates a wall between both VAR2CSA molecules and hinders its interaction with its receptor. To support this, we show when VAR2CSA is bound to IgM, its staining on IEs as well as binding of IEs to chondroitin sulfate A in vitro is severely compromised. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 857 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 661 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 133.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 202.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 34399MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 49489.520 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: IgM / 由来: (天然) ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 311015.688 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: plasmoDB.org 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: var / 発現宿主: ![]() ![]() #3: タンパク質 | | 分子量: 15483.329 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 51 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 371049 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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