[日本語] English
万見
- PDB-8gz8: Cryo-EM structure of Abeta2 fibril polymorph1 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8gz8
タイトルCryo-EM structure of Abeta2 fibril polymorph1
要素peptide self-assembled antimicrobial fibrils
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / antimicrobial fibrils / amyloid
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Xia, W.C. / Zhang, M.M. / Liu, C.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Chem Sci / 年: 2023
タイトル: Engineering of antimicrobial peptide fibrils with feedback degradation of bacterial-secreted enzymes.
著者: Fenghua Wang / Wencheng Xia / Mingming Zhang / Rongrong Wu / Xiaolu Song / Yun Hao / Yonghai Feng / Liwei Zhang / Dan Li / Wenyan Kang / Cong Liu / Lei Liu /
要旨: Proteins and peptides can assemble into functional amyloid fibrils with distinct architectures. These amyloid fibrils can fulfil various biological functions in living organisms, and then be degraded. ...Proteins and peptides can assemble into functional amyloid fibrils with distinct architectures. These amyloid fibrils can fulfil various biological functions in living organisms, and then be degraded. By incorporating an amyloidogenic segment and enzyme-cleavage segment together, we designed a peptide (enzyme-cleavage amyloid peptides (EAP))-based functional fibril which could be degraded specifically by gelatinase. To gain molecular insights into the assembly and degradation of EAP fibrils, we determined the atomic structure of the EAP fibril using cryo-electron microscopy. The amyloidogenic segment of EAP adopted a β-strand conformation and mediated EAP-fibril formation mainly steric zipper-like interactions. The enzyme-cleavage segment was partially involved in self-assembly, but also exhibited high flexibility in the fibril structure, with accessibility to gelatinase binding and degradation. Moreover, we applied the EAP fibril as a tunable scaffold for developing degradable self-assembled antimicrobial fibrils (SANs) by integrating melittin and EAP together. SANs exhibited superior activity for killing bacteria, and significantly improved the stability and biocompatibility of melittin. SANs were eliminated automatically by the gelatinase secreted from targeted bacteria. Our work provides a new strategy for rational design of functional fibrils with a feedback regulatory loop for optimizing the biocompatibility and biosafety of designed fibrils. Our work may aid further developments of "smart" peptide-based biomaterials for biomedical applications.
履歴
登録2022年9月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
e: peptide self-assembled antimicrobial fibrils
p: peptide self-assembled antimicrobial fibrils
o: peptide self-assembled antimicrobial fibrils
q: peptide self-assembled antimicrobial fibrils
s: peptide self-assembled antimicrobial fibrils
r: peptide self-assembled antimicrobial fibrils
t: peptide self-assembled antimicrobial fibrils
u: peptide self-assembled antimicrobial fibrils
w: peptide self-assembled antimicrobial fibrils
v: peptide self-assembled antimicrobial fibrils
y: peptide self-assembled antimicrobial fibrils
x: peptide self-assembled antimicrobial fibrils
O: peptide self-assembled antimicrobial fibrils
S: peptide self-assembled antimicrobial fibrils
Q: peptide self-assembled antimicrobial fibrils
U: peptide self-assembled antimicrobial fibrils
Y: peptide self-assembled antimicrobial fibrils
W: peptide self-assembled antimicrobial fibrils
a: peptide self-assembled antimicrobial fibrils
c: peptide self-assembled antimicrobial fibrils
i: peptide self-assembled antimicrobial fibrils
g: peptide self-assembled antimicrobial fibrils
l: peptide self-assembled antimicrobial fibrils
k: peptide self-assembled antimicrobial fibrils
1: peptide self-assembled antimicrobial fibrils
0: peptide self-assembled antimicrobial fibrils
K: peptide self-assembled antimicrobial fibrils
V: peptide self-assembled antimicrobial fibrils
T: peptide self-assembled antimicrobial fibrils
X: peptide self-assembled antimicrobial fibrils
b: peptide self-assembled antimicrobial fibrils
Z: peptide self-assembled antimicrobial fibrils
d: peptide self-assembled antimicrobial fibrils
f: peptide self-assembled antimicrobial fibrils
j: peptide self-assembled antimicrobial fibrils
h: peptide self-assembled antimicrobial fibrils
z: peptide self-assembled antimicrobial fibrils
n: peptide self-assembled antimicrobial fibrils
C: peptide self-assembled antimicrobial fibrils
E: peptide self-assembled antimicrobial fibrils
D: peptide self-assembled antimicrobial fibrils
F: peptide self-assembled antimicrobial fibrils
H: peptide self-assembled antimicrobial fibrils
G: peptide self-assembled antimicrobial fibrils
I: peptide self-assembled antimicrobial fibrils
J: peptide self-assembled antimicrobial fibrils
M: peptide self-assembled antimicrobial fibrils
L: peptide self-assembled antimicrobial fibrils
P: peptide self-assembled antimicrobial fibrils
N: peptide self-assembled antimicrobial fibrils
B: peptide self-assembled antimicrobial fibrils
A: peptide self-assembled antimicrobial fibrils


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,33452
ポリマ－56,33452
非ポリマー00
水36020
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド ...
peptide self-assembled antimicrobial fibrils


分子量: 1083.346 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

-
試料調製

構成要素名称: peptide self-assembled antimicrobial fibrils / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1400 nm
撮影電子線照射量: 55 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

-
解析

CTF補正タイプ: NONE
らせん対称回転角度/サブユニット: 179.539 ° / 軸方向距離/サブユニット: 2.407 Å / らせん対称軸の対称性: C1
3次元再構成解像度: 2.35 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 279380 / 対称性のタイプ: HELICAL

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る