PDB-8gqu: AK-42 inhibitor binding human ClC-2 TMD

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8gqu

タイトル

AK-42 inhibitor binding human ClC-2 TMD

要素

Chloride channel protein 2

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / homo-dimer

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of aldosterone biosynthetic process / cell differentiation involved in salivary gland development / astrocyte end-foot / acinar cell differentiation / voltage-gated chloride channel activity / chloride transport / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / phagocytosis, engulfment / chloride channel complex / lung development ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å

データ登録者

Wang, L.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Cryo-EM structures of ClC-2 chloride channel reveal the blocking mechanism of its specific inhibitor AK-42.
著者: Tao Ma / Lei Wang / Anping Chai / Chao Liu / Wenqiang Cui / Shuguang Yuan / Shannon Wing Ngor Au / Liang Sun / Xiaokang Zhang / Zhenzhen Zhang / Jianping Lu / Yuanzhu Gao / Peiyi Wang / ...
要旨: ClC-2 transports chloride ions across plasma membranes and plays critical roles in cellular homeostasis. Its dysfunction is involved in diseases including leukodystrophy and primary aldosteronism. AK- ...

履歴

登録	2022年8月30日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年7月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月15日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8gqu.cif.gz	183.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8gqu.ent.gz	138.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8gqu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8gqu_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8gqu_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	8gqu_validation.xml.gz	42.3 KB	表示
CIF形式データ	8gqu_validation.cif.gz	61.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gq/8gqu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gq/8gqu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	34202MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#140 - 2011年8月ロンボイドプロテアーゼGlpG (Rhomboid Protease GlpG) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Chloride channel protein 2

B: Chloride channel protein 2

ヘテロ分子

198 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法

#1: タンパク質	Chloride channel protein 2 / ClC-2 分子量: 98642.352 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CLCN2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 株 (発現宿主): HEK293F / 参照: UniProt: P51788
#2: 化合物	ChemComp-GH6 / 2-[[2,6-bis(chloranyl)-3-phenylmethoxy-phenyl]amino]pyridine-3-carboxylic acid 分子量: 389.232 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₁₄Cl₂N₂O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: AK-42 inhibitor binding human ClC-2 TMD 3.5A / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量	値: 180 kDa/nm / 実験値: NO
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)	生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293F
緩衝液	pH: 7.4
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影	電子線照射量: 50 e/Å² / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正	タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性	点対称性: C₂ (2回回転対称)
3次元再構成	解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 44153 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築	プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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