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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8gi0 | |||||||||
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タイトル | Structure of Trypanosoma docking complex | |||||||||
要素 |
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キーワード | PROTEIN TRANSPORT / Peroxisomal transport / Import / PEX / TRANSPORT PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 peroxisome matrix targeting signal-1 binding / protein import into peroxisome matrix, docking / malate dehydrogenase / L-malate dehydrogenase (NAD+) activity / carboxylic acid metabolic process / peroxisomal membrane / tricarboxylic acid cycle / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) Trypanosoma cruzi strain CL Brener (トリパノソーマ) Trypanosoma cruzi cruzi (クルーズトリパノソーマ) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Sonani, R.R. / Artur, B. / Jemiola-Rzeminska, M. / Lipinski, O. / Patel, S.N. / Sood, T. / Dubin, G. | |||||||||
資金援助 | ポーランド, 2件
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引用 | ジャーナル: Biorxiv / 年: 2023 タイトル: Noncanonical interactions and conformational dynamics in cargo-Pex5-Pex14 ternary complex for peroxisomal import 著者: Sonani, R.R. / Blat, A. / Jemiola-Rzeminska, M. / Lipinski, O. / Patel, S.N. / Sood, T. / Dubin, G. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8gi0.cif.gz | 305.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8gi0.ent.gz | 241.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8gi0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8gi0_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8gi0_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8gi0_validation.xml.gz | 50.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8gi0_validation.cif.gz | 77.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gi/8gi0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gi/8gi0 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 40056MC 8ggdC 8gghC 8gh2C 8gh3C C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40507.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) 遺伝子: C3747_80g13 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2V2WKZ5 | ||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 34106.832 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi strain CL Brener (トリパノソーマ) 遺伝子: Tc00.1047053506503.69 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4DRD8 #3: タンパク質 | | 分子量: 74268.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi cruzi (クルーズトリパノソーマ) 遺伝子: TCDM_08436 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: V5B7T1 Has protein modification | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Docking complex (MDH)4-(Pex5)1-(Pex14)1 of Trypanosoma Pex import タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 900 nm |
撮影 | 電子線照射量: 42.25 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / カテゴリ: モデル精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 482240 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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