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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8gh6 | |||||||||
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タイトル | Bombyx mori R2 retrotransposon initiating target-primed reverse transcription | |||||||||
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![]() | RNA BINDING PROTEIN/RNA/DNA / retrotransposon / LINE / reverse transcriptase / endonuclease / RNA BINDING PROTEIN / RNA BINDING PROTEIN-RNA-DNA complex | |||||||||
機能・相同性 | ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.08 Å | |||||||||
![]() | Wilkinson, M.E. / Zhang, F. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of the R2 non-LTR retrotransposon initiating target-primed reverse transcription. 著者: Max E Wilkinson / Chris J Frangieh / Rhiannon K Macrae / Feng Zhang / ![]() 要旨: Non-long terminal repeat (non-LTR) retrotransposons, or long interspersed nuclear elements (LINEs), are an abundant class of eukaryotic transposons that insert into genomes by target-primed reverse ...Non-long terminal repeat (non-LTR) retrotransposons, or long interspersed nuclear elements (LINEs), are an abundant class of eukaryotic transposons that insert into genomes by target-primed reverse transcription (TPRT). During TPRT, a target DNA sequence is nicked and primes reverse transcription of the retrotransposon RNA. Here, we report the cryo-electron microscopy structure of the R2 non-LTR retrotransposon initiating TPRT at its ribosomal DNA target. The target DNA sequence is unwound at the insertion site and recognized by an upstream motif. An extension of the reverse transcriptase (RT) domain recognizes the retrotransposon RNA and guides the 3' end into the RT active site to template reverse transcription. We used Cas9 to retarget R2 in vitro to non-native sequences, suggesting future use as a reprogrammable RNA-based gene-insertion tool. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 361.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 43.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 66.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 40033MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-28S DNA bottom strand, ... , 2種, 2分子 BP
#2: DNA鎖 | 分子量: 21507.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() |
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#3: DNA鎖 | 分子量: 7439.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() |
-タンパク質 / RNA鎖 / DNA鎖 , 3種, 3分子 ART
#1: タンパク質 | 分子量: 123358.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#4: RNA鎖 | 分子量: 81213.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() |
#5: DNA鎖 | 分子量: 21654.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() |
-非ポリマー , 3種, 4分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/TTP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/TTP.gif)
#6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-MG / | #8: 化合物 | ChemComp-TTP / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Bombyx mori R2 retrotransposon initiating target-primed reverse transcription タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#5 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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分子量 | 値: 0.23 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.9 詳細: 20 mM HEPES-KOH pH 7.9, 500 mM potassium acetate, 5 mM magnesium acetate, 1 mM TCEP |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: A260 = 3 |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 285 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 130000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 0.69 sec. / 電子線照射量: 42.2 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 16551 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
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解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1085471 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.08 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 39616 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 103.35 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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