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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8gav | ||||||
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タイトル | Structure of human NDS.3 Fab in complex with influenza virus neuraminidase from A/Darwin/09/2021 (H3N2) | ||||||
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![]() | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / neuraminidase / antibody / influenza / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() exo-alpha-(2->3)-sialidase activity / exo-alpha-(2->6)-sialidase activity / exo-alpha-(2->8)-sialidase activity / exo-alpha-sialidase / viral budding from plasma membrane / carbohydrate metabolic process / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
![]() | Tsybovsky, Y. / Lederhofer, J. / Kwong, P.D. / Kanekiyo, M. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Protective human monoclonal antibodies target conserved sites of vulnerability on the underside of influenza virus neuraminidase. 著者: Julia Lederhofer / Yaroslav Tsybovsky / Lam Nguyen / Julie E Raab / Adrian Creanga / Tyler Stephens / Rebecca A Gillespie / Hubza Z Syeda / Brian E Fisher / Michelle Skertic / Christina Yap / ...著者: Julia Lederhofer / Yaroslav Tsybovsky / Lam Nguyen / Julie E Raab / Adrian Creanga / Tyler Stephens / Rebecca A Gillespie / Hubza Z Syeda / Brian E Fisher / Michelle Skertic / Christina Yap / Andrew J Schaub / Reda Rawi / Peter D Kwong / Barney S Graham / Adrian B McDermott / Sarah F Andrews / Neil P King / Masaru Kanekiyo / ![]() 要旨: Continuously evolving influenza viruses cause seasonal epidemics and pose global pandemic threats. Although viral neuraminidase (NA) is an effective drug and vaccine target, our understanding of the ...Continuously evolving influenza viruses cause seasonal epidemics and pose global pandemic threats. Although viral neuraminidase (NA) is an effective drug and vaccine target, our understanding of the NA antigenic landscape still remains incomplete. Here, we describe NA-specific human antibodies that target the underside of the NA globular head domain, inhibit viral propagation of a wide range of human H3N2, swine-origin variant H3N2, and H2N2 viruses, and confer both pre- and post-exposure protection against lethal H3N2 infection in mice. Cryo-EM structures of two such antibodies in complex with NA reveal non-overlapping epitopes covering the underside of the NA head. These sites are highly conserved among N2 NAs yet inaccessible unless the NA head tilts or dissociates. Our findings help guide the development of effective countermeasures against ever-changing influenza viruses by identifying hidden conserved sites of vulnerability on the NA underside. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 127 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 92 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 29909MC ![]() 8gatC ![]() 8gauC C: 同じ文献を引用 ( M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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3 | ![]()
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対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: C4 (4回回転対称)) |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 51972.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: A/Darwin/09/2021 (H3N2) / 遺伝子: NA / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: ![]() | ||
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#2: 抗体 | 分子量: 24209.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() | ||
#3: 抗体 | 分子量: 22863.139 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() | ||
#4: 糖 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Influenza virus neuraminidase from A/Darwin/09/2021 (H3N2) in complex with Fab NDS.3 タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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分子量 | 値: 0.380 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 7 |
試料 | 濃度: 0.15 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: NITROGEN |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.12_2829: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア | 名称: SerialEM / バージョン: 4.09 / カテゴリ: 画像取得 | ||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1066523 | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C4 (4回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 247374 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: BACKBONE TRACE / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | Source name: SwissModel / タイプ: in silico model | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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