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- EMDB-29909: Structure of human NDS.3 Fab in complex with influenza virus neur... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-29909
タイトルStructure of human NDS.3 Fab in complex with influenza virus neuraminidase from A/Darwin/09/2021 (H3N2)
マップデータMap post-processed with DeepEMhancer
試料
  • 複合体: Influenza virus neuraminidase from A/Darwin/09/2021 (H3N2) in complex with Fab NDS.3
    • タンパク質・ペプチド: Neuraminidaseノイラミニダーゼ
    • タンパク質・ペプチド: Fab NDS.3, heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Fab NDS.3, light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードneuraminidase (ノイラミニダーゼ) / antibody (抗体) / influenza (インフルエンザ) / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex (ウイルス性)
機能・相同性
機能・相同性情報


exo-alpha-(2->3)-sialidase activity / exo-alpha-(2->6)-sialidase activity / exo-alpha-(2->8)-sialidase activity / ノイラミニダーゼ / viral budding from plasma membrane / carbohydrate metabolic process / host cell plasma membrane / virion membrane / 生体膜 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Sialidase, Influenza viruses A/B / Glycoside hydrolase, family 34 / ノイラミニダーゼ / Sialidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ノイラミニダーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Tsybovsky Y / Lederhofer J / Kwong PD / Kanekiyo M
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2024
タイトル: Protective human monoclonal antibodies target conserved sites of vulnerability on the underside of influenza virus neuraminidase.
著者: Julia Lederhofer / Yaroslav Tsybovsky / Lam Nguyen / Julie E Raab / Adrian Creanga / Tyler Stephens / Rebecca A Gillespie / Hubza Z Syeda / Brian E Fisher / Michelle Skertic / Christina Yap / ...著者: Julia Lederhofer / Yaroslav Tsybovsky / Lam Nguyen / Julie E Raab / Adrian Creanga / Tyler Stephens / Rebecca A Gillespie / Hubza Z Syeda / Brian E Fisher / Michelle Skertic / Christina Yap / Andrew J Schaub / Reda Rawi / Peter D Kwong / Barney S Graham / Adrian B McDermott / Sarah F Andrews / Neil P King / Masaru Kanekiyo /
要旨: Continuously evolving influenza viruses cause seasonal epidemics and pose global pandemic threats. Although viral neuraminidase (NA) is an effective drug and vaccine target, our understanding of the ...Continuously evolving influenza viruses cause seasonal epidemics and pose global pandemic threats. Although viral neuraminidase (NA) is an effective drug and vaccine target, our understanding of the NA antigenic landscape still remains incomplete. Here, we describe NA-specific human antibodies that target the underside of the NA globular head domain, inhibit viral propagation of a wide range of human H3N2, swine-origin variant H3N2, and H2N2 viruses, and confer both pre- and post-exposure protection against lethal H3N2 infection in mice. Cryo-EM structures of two such antibodies in complex with NA reveal non-overlapping epitopes covering the underside of the NA head. These sites are highly conserved among N2 NAs yet inaccessible unless the NA head tilts or dissociates. Our findings help guide the development of effective countermeasures against ever-changing influenza viruses by identifying hidden conserved sites of vulnerability on the NA underside.
履歴
登録2023年2月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年2月28日-
マップ公開2024年2月28日-
更新2024年4月24日-
現状2024年4月24日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_29909.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_29909.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 98.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Map post-processed with DeepEMhancer
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.11 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.07
最小 - 最大-0.027382385 - 1.6750889
平均 (標準偏差)0.0013318073 (±0.024987584)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ296296296
Spacing296296296
セルA=B=C: 328.56 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_29909_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Map automatically post-processed with Relion

ファイルemd_29909_additional_1.map
注釈Map automatically post-processed with Relion
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Map before post-processing

ファイルemd_29909_additional_2.map
注釈Map before post-processing
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map 1

ファイルemd_29909_half_map_1.map
注釈Half-map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map 2

ファイルemd_29909_half_map_2.map
注釈Half-map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Influenza virus neuraminidase from A/Darwin/09/2021 (H3N2) in com...

全体名称: Influenza virus neuraminidase from A/Darwin/09/2021 (H3N2) in complex with Fab NDS.3
要素
  • 複合体: Influenza virus neuraminidase from A/Darwin/09/2021 (H3N2) in complex with Fab NDS.3
    • タンパク質・ペプチド: Neuraminidaseノイラミニダーゼ
    • タンパク質・ペプチド: Fab NDS.3, heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Fab NDS.3, light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Influenza virus neuraminidase from A/Darwin/09/2021 (H3N2) in com...

超分子名称: Influenza virus neuraminidase from A/Darwin/09/2021 (H3N2) in complex with Fab NDS.3
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 380 KDa

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分子 #1: Neuraminidase

分子名称: Neuraminidase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Darwin/09/2021 (H3N2)
分子量理論値: 51.972344 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MEFGLSWIFL AAILKGVQCA DPHHHHHHHH SSSDRFDVDK LKQEIMTEIR REVSKMKQDI IEAIKVELNR GSLVPRGSGG EYRNWSKPQ CGITGFAPFS KDNSIRLSAG GDIWVTREPY VSCDLDKCYQ FALGQGTTLN NVHSNNTVSD RTPYRTLLMN E LGVPFHLG ...文字列:
MEFGLSWIFL AAILKGVQCA DPHHHHHHHH SSSDRFDVDK LKQEIMTEIR REVSKMKQDI IEAIKVELNR GSLVPRGSGG EYRNWSKPQ CGITGFAPFS KDNSIRLSAG GDIWVTREPY VSCDLDKCYQ FALGQGTTLN NVHSNNTVSD RTPYRTLLMN E LGVPFHLG TKQVCIAWSS SSCHDGKAWL HVCITGDDKN ATASFIYNGR LVDSVVSWSN DILRTQESEC VCINGTCTVV MT DGNATGK ADTKILFIEE GKIVHTSKLS GSAQHVEECS CYPRYPGVRC VCRDNWKGSN RPIIDINIKD HSIVSRYVCS GLV GDTPRK SDSSSSSHCL NPNNEKGDHG VKGWAFDDGN DVWMGRTINE TSRLGYETFK VVEGWSNPKS KLQINRQVIV DRGD RSGYS GIFSVEGKSC INRCFYVELI RGRKEETEVL WTSNSIVVFC GTSGTYGTGS WPDGANLSLM HI

UniProtKB: ノイラミニダーゼ

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分子 #2: Fab NDS.3, heavy chain

分子名称: Fab NDS.3, heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.20924 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EVQLVESGGG LVKPGGSLRL SCAASGFTFS DYSMTWIRQI PGKGLEWLSY TTSSGRPIFY ADSVKGRFTM SRDNAKMSVY LQMNSLRDA DSAVYYCARG DPHYIWGTYL DSWGPGTLVT VSSASTKGPS VFPLAPSSKS TSGGTAALGC LVKDYFPEPV T VSWNSGAL ...文字列:
EVQLVESGGG LVKPGGSLRL SCAASGFTFS DYSMTWIRQI PGKGLEWLSY TTSSGRPIFY ADSVKGRFTM SRDNAKMSVY LQMNSLRDA DSAVYYCARG DPHYIWGTYL DSWGPGTLVT VSSASTKGPS VFPLAPSSKS TSGGTAALGC LVKDYFPEPV T VSWNSGAL TSGVHTFPAV LQSSGLYSLS SVVTVPSSSL GTQTYICNVN HKPSNTKVDK KVEPKSCDK

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分子 #3: Fab NDS.3, light chain

分子名称: Fab NDS.3, light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.863139 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QSALTQPPSA SGSPGQSVTI SCTGTTSDFG DHNYVSWYQQ RPGEAPKLII YDVSKRPSGV PDRFSGSKSG NTASLTVSRL QADDEANYY CSSIEGSNTL LFGGGTKLTV LGQPKAAPSV TLFPPSSEEL QANKATLVCL ISDFYPGAVT VAWKADSSPV K AGVETTTP ...文字列:
QSALTQPPSA SGSPGQSVTI SCTGTTSDFG DHNYVSWYQQ RPGEAPKLII YDVSKRPSGV PDRFSGSKSG NTASLTVSRL QADDEANYY CSSIEGSNTL LFGGGTKLTV LGQPKAAPSV TLFPPSSEEL QANKATLVCL ISDFYPGAVT VAWKADSSPV K AGVETTTP SKQSNNKYAA SSYLSLTPEQ WKSHRSYSCQ VTHEGSTVEK TVAPTECS

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分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 3 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.15 mg/mL
緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: NITROGEN

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1066523
初期モデルモデルのタイプ: NONE
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C4 (4回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 247374
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: SwissModel / Chain - Initial model type: in silico model
精密化空間: REAL / プロトコル: BACKBONE TRACE
得られたモデル

PDB-8gav:
Structure of human NDS.3 Fab in complex with influenza virus neuraminidase from A/Darwin/09/2021 (H3N2)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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