[日本語] English
万見
- PDB-8ga1: CLC-ec1 R230C/L249C/C85A at pH 4.5 100mM Cl Swap -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ga1
タイトルCLC-ec1 R230C/L249C/C85A at pH 4.5 100mM Cl Swap
要素H(+)/Cl(-) exchange transporter ClcA
キーワードTRANSPORT PROTEIN / CLC-ec1 / ecCLC / eriC / CLC transporter / chloride proton antiporter
機能・相同性Chloride channel, ClcA / Chloride channel, voltage gated / Chloride channel, core / Voltage gated chloride channel / voltage-gated chloride channel activity / antiporter activity / plasma membrane / H(+)/Cl(-) exchange transporter ClcA
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Fortea, E. / Lee, S. / Argyos, Y. / Chadda, R. / Ciftci, D. / Huysmans, G. / Robertson, J.L. / Boudker, O. / Accardi, A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM128420 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024
タイトル: Structural basis of pH-dependent activation in a CLC transporter.
著者: Eva Fortea / Sangyun Lee / Rahul Chadda / Yiorgos Argyros / Priyanka Sandal / Robyn Mahoney-Kruszka / Hatice Didar Ciftci / Maria E Falzone / Gerard Huysmans / Janice L Robertson / Olga ...著者: Eva Fortea / Sangyun Lee / Rahul Chadda / Yiorgos Argyros / Priyanka Sandal / Robyn Mahoney-Kruszka / Hatice Didar Ciftci / Maria E Falzone / Gerard Huysmans / Janice L Robertson / Olga Boudker / Alessio Accardi /
要旨: CLCs are dimeric chloride channels and anion/proton exchangers that regulate processes such as muscle contraction and endo-lysosome acidification. Common gating controls their activity; its closure ...CLCs are dimeric chloride channels and anion/proton exchangers that regulate processes such as muscle contraction and endo-lysosome acidification. Common gating controls their activity; its closure simultaneously silences both protomers, and its opening allows them to independently transport ions. Mutations affecting common gating in human CLCs cause dominant genetic disorders. The structural rearrangements underlying common gating are unknown. Here, using single-particle cryo-electron microscopy, we show that the prototypical Escherichia coli CLC-ec1 undergoes large-scale rearrangements in activating conditions. The slow, pH-dependent remodeling of the dimer interface leads to the concerted opening of the intracellular H pathways and is required for transport. The more frequent formation of short water wires in the open H pathway enables Cl pore openings. Mutations at disease-causing sites favor CLC-ec1 activation and accelerate common gate opening in the human CLC-7 exchanger. We suggest that the pH activation mechanism of CLC-ec1 is related to the common gating of CLC-7.
履歴
登録2023年2月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: H(+)/Cl(-) exchange transporter ClcA
B: H(+)/Cl(-) exchange transporter ClcA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,3786
ポリマ－98,2362
非ポリマー1424
水63135
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

#1: タンパク質 H(+)/Cl(-) exchange transporter ClcA


分子量: 49118.027 Da / 分子数: 2 / 変異: C85A,R230C,L249C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: yadQ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: J7Q633
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Structure of ecCLC-R230C/L249C/C85A mutant at pH 4.5 in 100mM Cl
タイプ: CELL / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 4.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 700 nm
撮影電子線照射量: 56.11 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
phenix.real_space_refine1.14_3260精密化
PHENIX1.14_3260精密化
EMソフトウェア名称: cryoSPARC / バージョン: 3.3.2 / カテゴリ: 粒子像選択
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 718295 / 対称性のタイプ: POINT
精密化立体化学のターゲット値: CDL v1.2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0056888
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.8419350
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04931100
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00791174
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d12.70834006

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る