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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8g3a | ||||||
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タイトル | BceAB-S nucleotide free TM state 1 | ||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN / ABC transporter / histidine kinase / antimicrobial | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein histidine kinase activity / histidine kinase / phosphorelay signal transduction system / transmembrane transporter activity / transmembrane transport / response to antibiotic / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | ||||||
データ登録者 | George, N.L. / Orlando, B.J. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Architecture of a complete Bce-type antimicrobial peptide resistance module. 著者: Natasha L George / Benjamin J Orlando / 要旨: Gram-positive bacteria synthesize and secrete antimicrobial peptides that target the essential process of peptidoglycan synthesis. These antimicrobial peptides not only regulate the dynamics of ...Gram-positive bacteria synthesize and secrete antimicrobial peptides that target the essential process of peptidoglycan synthesis. These antimicrobial peptides not only regulate the dynamics of microbial communities but are also of clinical importance as exemplified by peptides such as bacitracin, vancomycin, and daptomycin. Many gram-positive species have evolved specialized antimicrobial peptide sensing and resistance machinery known as Bce modules. These modules are membrane protein complexes formed by an unusual Bce-type ABC transporter interacting with a two-component system sensor histidine kinase. In this work, we provide the first structural insight into how the membrane protein components of these modules assemble into a functional complex. A cryo-EM structure of an entire Bce module revealed an unexpected mechanism of complex assembly, and extensive structural flexibility in the sensor histidine kinase. Structures of the complex in the presence of a non-hydrolysable ATP analog reveal how nucleotide binding primes the complex for subsequent activation. Accompanying biochemical data demonstrate how the individual membrane protein components of the complex exert functional control over one another to create a tightly regulated enzymatic system. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8g3a.cif.gz | 322.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8g3a.ent.gz | 260.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8g3a.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8g3a_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8g3a_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8g3a_validation.xml.gz | 65.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8g3a_validation.cif.gz | 96.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g3/8g3a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g3/8g3a | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 29690MC 8g3bC 8g3fC 8g3lC 8g4cC 8g4dC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Bacitracin export ... , 2種, 3分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 72262.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌) 遺伝子: bceB, barD, ytsD, BSU30370 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O34741 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 29248.377 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌) 遺伝子: bceA, barC, ytsC, BSU30380 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O34697 |
-タンパク質 , 1種, 2分子 DE
#3: タンパク質 | 分子量: 38811.898 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌) 遺伝子: bceS, barB, ytsB, BSU30390 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O35044, histidine kinase |
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-非ポリマー , 3種, 4分子
#4: 化合物 | ChemComp-PLM / | ||
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#5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-OLA / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: BceAB-S / タイプ: COMPLEX 詳細: A membrane protein complex formed by the BceAB transporter and BceS histidine kinase Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.167 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌) | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 / 詳細: 150mM NaCl, 25mM Tris-HCl, 0.005% LMNG | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 6.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 105000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 700 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 60.5 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 129368 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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