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- PDB-8g30: N2 neuraminidase of A/Tanzania/205/2010 H3N2 in complex with 4 FN... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8g30
タイトルN2 neuraminidase of A/Tanzania/205/2010 H3N2 in complex with 4 FNI19 Fab molecules
要素
  • FNI19 Fab heavy chain
  • FNI19 Fab light chain
  • Neuraminidase
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / viral glycoprotein / antibody / Fab / influenza / virus / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / : / exo-alpha-sialidase / viral budding from plasma membrane / carbohydrate metabolic process / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Sialidase, Influenza viruses A/B / Glycoside hydrolase, family 34 / Neuraminidase / Sialidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Dang, H.V. / Snell, G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other private 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2023
タイトル: A pan-influenza antibody inhibiting neuraminidase via receptor mimicry.
著者: Corey Momont / Ha V Dang / Fabrizia Zatta / Kevin Hauser / Caihong Wang / Julia di Iulio / Andrea Minola / Nadine Czudnochowski / Anna De Marco / Kaitlin Branch / David Donermeyer / Siddhant ...著者: Corey Momont / Ha V Dang / Fabrizia Zatta / Kevin Hauser / Caihong Wang / Julia di Iulio / Andrea Minola / Nadine Czudnochowski / Anna De Marco / Kaitlin Branch / David Donermeyer / Siddhant Vyas / Alex Chen / Elena Ferri / Barbara Guarino / Abigail E Powell / Roberto Spreafico / Samantha S Yim / Dale R Balce / Istvan Bartha / Marcel Meury / Tristan I Croll / David M Belnap / Michael A Schmid / William Timothy Schaiff / Jessica L Miller / Elisabetta Cameroni / Amalio Telenti / Herbert W Virgin / Laura E Rosen / Lisa A Purcell / Antonio Lanzavecchia / Gyorgy Snell / Davide Corti / Matteo Samuele Pizzuto /
要旨: Rapidly evolving influenza A viruses (IAVs) and influenza B viruses (IBVs) are major causes of recurrent lower respiratory tract infections. Current influenza vaccines elicit antibodies ...Rapidly evolving influenza A viruses (IAVs) and influenza B viruses (IBVs) are major causes of recurrent lower respiratory tract infections. Current influenza vaccines elicit antibodies predominantly to the highly variable head region of haemagglutinin and their effectiveness is limited by viral drift and suboptimal immune responses. Here we describe a neuraminidase-targeting monoclonal antibody, FNI9, that potently inhibits the enzymatic activity of all group 1 and group 2 IAVs, as well as Victoria/2/87-like, Yamagata/16/88-like and ancestral IBVs. FNI9 broadly neutralizes seasonal IAVs and IBVs, including the immune-evading H3N2 strains bearing an N-glycan at position 245, and shows synergistic activity when combined with anti-haemagglutinin stem-directed antibodies. Structural analysis reveals that D107 in the FNI9 heavy chain complementarity-determinant region 3 mimics the interaction of the sialic acid carboxyl group with the three highly conserved arginine residues (R118, R292 and R371) of the neuraminidase catalytic site. FNI9 demonstrates potent prophylactic activity against lethal IAV and IBV infections in mice. The unprecedented breadth and potency of the FNI9 monoclonal antibody supports its development for the prevention of influenza illness by seasonal and pandemic viruses.
履歴
登録2023年2月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年6月28日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: FNI19 Fab heavy chain
F: FNI19 Fab light chain
M: Neuraminidase
G: FNI19 Fab heavy chain
I: FNI19 Fab light chain
N: Neuraminidase
H: FNI19 Fab heavy chain
L: FNI19 Fab light chain
O: Neuraminidase
J: FNI19 Fab heavy chain
K: FNI19 Fab light chain
P: Neuraminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)428,53541
ポリマ－411,98812
非ポリマー16,54729
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11E
21G
12E
22H
13E
23J
14F
24I
15F
25L
16F
26K
17M
27N
18M
28O
19M
29P
110M
210N
111M
211O
112M
212P
113G
213H
114G
214J
115I
215L
116I
216K
117N
217O
118N
218P
119H
219J
120L
220K
121O
221P

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11VALVALSERSEREA2 - 1302 - 130
21VALVALSERSERGD2 - 1302 - 130
12VALVALSERSEREA2 - 1302 - 130
22VALVALSERSERHG2 - 1302 - 130
13VALVALSERSEREA2 - 1302 - 130
23VALVALSERSERJJ2 - 1302 - 130
14GLUGLUTHRTHRFB1 - 1101 - 110
24GLUGLUTHRTHRIE1 - 1101 - 110
15GLUGLUTHRTHRFB1 - 1101 - 110
25GLUGLUTHRTHRLH1 - 1101 - 110
16GLUGLUTHRTHRFB1 - 1101 - 110
26GLUGLUTHRTHRKK1 - 1101 - 110
17ALAALAASPASPMC82 - 243105 - 266
27ALAALAASPASPNF82 - 243105 - 266
18ALAALAASPASPMC82 - 243105 - 266
28ALAALAASPASPOI82 - 243105 - 266
19ALAALAASPASPMC82 - 243105 - 266
29ALAALAASPASPPL82 - 243105 - 266
110ALAALAPROPROMC250 - 468273 - 491
210ALAALAPROPRONF250 - 468273 - 491
111ALAALAPROPROMC250 - 468273 - 491
211ALAALAPROPROOI250 - 468273 - 491
112ALAALAPROPROMC250 - 468273 - 491
212ALAALAPROPROPL250 - 468273 - 491
113VALVALSERSERGD2 - 1302 - 130
213VALVALSERSERHG2 - 1302 - 130
114VALVALSERSERGD2 - 1302 - 130
214VALVALSERSERJJ2 - 1302 - 130
115GLUGLUTHRTHRIE1 - 1101 - 110
215GLUGLUTHRTHRLH1 - 1101 - 110
116GLUGLUTHRTHRIE1 - 1101 - 110
216GLUGLUTHRTHRKK1 - 1101 - 110
117ALAALAILEILENF82 - 469105 - 492
217ALAALAILEILEOI82 - 469105 - 492
118ALAALAILEILENF82 - 469105 - 492
218ALAALAILEILEPL82 - 469105 - 492
119VALVALSERSERHG2 - 1302 - 130
219VALVALSERSERJJ2 - 1302 - 130
120GLUGLUTHRTHRLH1 - 1101 - 110
220GLUGLUTHRTHRKK1 - 1101 - 110
121ALAALAILEILEOI82 - 469105 - 492
221ALAALAILEILEPL82 - 469105 - 492

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21

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要素

-
抗体 , 2種, 8分子 EGHJFILK

#1: 抗体
FNI19 Fab heavy chain


分子量: 24692.602 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体
FNI19 Fab light chain


分子量: 23549.264 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

-
タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 9分子 MNOP

#3: タンパク質
Neuraminidase


分子量: 54755.047 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: A/Tanzania/205/2010 H3N2
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
遺伝子: NA / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: V9SU56
#8: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

-
糖 , 4種, 24分子

#4: 多糖
beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c6-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖
alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1397.245 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-3[DManpa1-6]DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,8,7/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1_f3-g1_f6-h1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: N2 neuraminidase of A/Tanzania/205/2010 H3N2 in complex with 4 FNI19 Fab molecules
タイプ: COMPLEX
詳細: Fab fragment generated by proteolytic cleavage of FNI19 IgG1 antibody
Entity ID: #1-#3 / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量値: 0.42 kDa/nm / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)11320
31Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Homo sapiens (ヒト)9606
31Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)10029
緩衝液pH: 8 / 詳細: 50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 10 mM CaCl2, pH 8.0
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1150 mMsodium chlorideNaCl1
250 mMTrisC4H11NO31
310 mMcalcium chlorideCaCl21
試料濃度: 0.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm
撮影電子線照射量: 19.35 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

-
解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0267 / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C4 (4回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 170901 / 対称性のタイプ: POINT
精密化解像度: 3.1→174.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.909 / SU B: 10.118 / SU ML: 0.178 / ESU R: 0.38
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rwork0.34631 --
obs0.34631 245419 100 %
溶媒の処理溶媒モデル: PARAMETERS FOR MASK CACLULATION
原子変位パラメータBiso mean: 113.566 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 合計: 20449
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.0140.01321029
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_other_d0.0010.01418718
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg1.8911.72328734
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_other_deg1.4821.64743382
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg6.93852490
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg30.63621.7651020
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg12.585153150
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_4_deg16.59215136
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.0880.23002
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.010.0223218
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_other0.0030.024885
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_other
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it14.0510.6379999
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_other14.0510.6349998
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it19.58616.02412476
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_other19.58516.02712477
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it16.49213.27811030
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_other16.49113.2811031
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_other25.69419.2716259
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_refined32.54585577
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_other32.54485578
ELECTRON MICROSCOPYr_rigid_bond_restr
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_free
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: ELECTRON MICROSCOPY / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11E79020.02
12G79020.02
21E79020.02
22H79020.02
31E79060.02
32J79060.02
41F68800.02
42I68800.02
51F68780.01
52L68780.01
61F68720.01
62K68720.01
71M101640.01
72N101640.01
81M101680.01
82O101680.01
91M101660.01
92P101660.01
101M142820.02
102N142820.02
111M142820.02
112O142820.02
121M142820.02
122P142820.02
131G79540
132H79540
141G79520
142J79520
151I69080.02
152L69080.02
161I69020.02
162K69020.02
171N266800
172O266800
181N266780
182P266780
191H79520
192J79520
201L69060
202K69060
211O266780
212P266780
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.181 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0 0 -
Rwork1.539 18091 -
obs--100 %

+
万見について

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お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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