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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8fy5 | ||||||
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タイトル | Human TMEM175-LAMP1 full-length complex | ||||||
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![]() | MEMBRANE PROTEIN / Complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of organelle transport along microtubule / positive regulation of natural killer cell degranulation / granzyme-mediated programmed cell death signaling pathway / lysosomal lumen pH elevation / phagolysosome membrane / cytolytic granule membrane / Golgi to lysosome transport / establishment of protein localization to organelle / phagosome-lysosome fusion / regulation of lysosomal lumen pH ...regulation of organelle transport along microtubule / positive regulation of natural killer cell degranulation / granzyme-mediated programmed cell death signaling pathway / lysosomal lumen pH elevation / phagolysosome membrane / cytolytic granule membrane / Golgi to lysosome transport / establishment of protein localization to organelle / phagosome-lysosome fusion / regulation of lysosomal lumen pH / lysosomal lumen acidification / proton channel activity / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / potassium ion leak channel activity / arachidonic acid binding / autolysosome / azurophil granule membrane / ion channel inhibitor activity / potassium channel activity / autophagosome membrane / ficolin-1-rich granule membrane / potassium ion transmembrane transport / proton transmembrane transport / multivesicular body / sarcolemma / neuron cellular homeostasis / melanosome / synaptic vesicle / late endosome / late endosome membrane / virus receptor activity / lysosome / protein stabilization / endosome membrane / endosome / protein domain specific binding / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / Neutrophil degranulation / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / extracellular exosome / membrane / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | ||||||
![]() | Zhang, J.Y. / Zeng, W.Z. / Han, Y. / Jiang, Y.X. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Lysosomal LAMP proteins regulate lysosomal pH by direct inhibition of the TMEM175 channel. 著者: Jiyuan Zhang / Weizhong Zeng / Yan Han / Wan-Ru Lee / Jen Liou / Youxing Jiang / ![]() 要旨: Maintaining a highly acidic lysosomal pH is central to cellular physiology. Here, we use functional proteomics, single-particle cryo-EM, electrophysiology, and in vivo imaging to unravel a key ...Maintaining a highly acidic lysosomal pH is central to cellular physiology. Here, we use functional proteomics, single-particle cryo-EM, electrophysiology, and in vivo imaging to unravel a key biological function of human lysosome-associated membrane proteins (LAMP-1 and LAMP-2) in regulating lysosomal pH homeostasis. Despite being widely used as a lysosomal marker, the physiological functions of the LAMP proteins have long been overlooked. We show that LAMP-1 and LAMP-2 directly interact with and inhibit the activity of the lysosomal cation channel TMEM175, a key player in lysosomal pH homeostasis implicated in Parkinson's disease. This LAMP inhibition mitigates the proton conduction of TMEM175 and facilitates lysosomal acidification to a lower pH environment crucial for optimal hydrolase activity. Disrupting the LAMP-TMEM175 interaction alkalinizes the lysosomal pH and compromises the lysosomal hydrolytic function. In light of the ever-increasing importance of lysosomes to cellular physiology and diseases, our data have widespread implications for lysosomal biology. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 291.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 231.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 37.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 55.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 29553MC ![]() 8fyfC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 55667.219 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 44928.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: TMEM175-LAMP1 full-length / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 濃度: 1.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 900 nm / C2レンズ絞り径: 70 µm |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
ソフトウェア | 名称: UCSF ChimeraX / バージョン: 1.5/v9 / 分類: モデル構築 / URL: https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/ / Os: macOS / タイプ: package |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
3次元再構成 | 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 269594 / 対称性のタイプ: POINT |
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT |