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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8fy3 | ||||||
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タイトル | Structure of NOT1:NOT10:NOT11 module of the human CCR4-NOT complex | ||||||
要素 |
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キーワード | RNA BINDING PROTEIN / mRNA degradation / gene expression | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of cytoplasmic mRNA processing body assembly / CCR4-NOT core complex / CCR4-NOT complex / armadillo repeat domain binding / regulation of stem cell population maintenance / positive regulation of mRNA catabolic process / negative regulation of retinoic acid receptor signaling pathway / negative regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / trophectodermal cell differentiation ...positive regulation of cytoplasmic mRNA processing body assembly / CCR4-NOT core complex / CCR4-NOT complex / armadillo repeat domain binding / regulation of stem cell population maintenance / positive regulation of mRNA catabolic process / negative regulation of retinoic acid receptor signaling pathway / negative regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / trophectodermal cell differentiation / miRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / Deadenylation of mRNA / nuclear retinoic acid receptor binding / M-decay: degradation of maternal mRNAs by maternally stored factors / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / peroxisomal membrane / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / TP53 regulates transcription of additional cell cycle genes whose exact role in the p53 pathway remain uncertain / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / mRNA catabolic process / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / nuclear estrogen receptor binding / P-body / molecular adaptor activity / negative regulation of translation / protein domain specific binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / extracellular space / membrane / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.88 Å | ||||||
データ登録者 | Lea, S.M. / Deme, J.C. / Raisch, T. / Pekovic, F. / Valkov, E. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Commun Biol / 年: 2023 タイトル: Structure and assembly of the NOT10:11 module of the CCR4-NOT complex. 著者: Yevgen Levdansky / Tobias Raisch / Justin C Deme / Filip Pekovic / Hans Elmlund / Susan M Lea / Eugene Valkov / 要旨: NOT1, NOT10, and NOT11 form a conserved module in the CCR4-NOT complex, critical for post-transcriptional regulation in eukaryotes, but how this module contributes to the functions of the CCR4-NOT ...NOT1, NOT10, and NOT11 form a conserved module in the CCR4-NOT complex, critical for post-transcriptional regulation in eukaryotes, but how this module contributes to the functions of the CCR4-NOT remains poorly understood. Here, we present cryo-EM structures of human and chicken NOT1:NOT10:NOT11 ternary complexes to sub-3 Å resolution, revealing an evolutionarily conserved, flexible structure. Through biochemical dissection studies, which include the Drosophila orthologs, we show that the module assembly is hierarchical, with NOT11 binding to NOT10, which then organizes it for binding to NOT1. A short proline-rich motif in NOT11 stabilizes the entire module assembly. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8fy3.cif.gz | 247 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8fy3.ent.gz | 184.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8fy3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8fy3_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8fy3_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8fy3_validation.xml.gz | 49.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8fy3_validation.cif.gz | 72.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fy/8fy3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fy/8fy3 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 29551MC 8fy4C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 111576.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CNOT1, CDC39, KIAA1007, NOT1, AD-005 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A5YKK6 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 75931.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CNOT10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9H9A5 |
#3: タンパク質 | 分子量: 30362.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B3KNB0 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: NOT1:NOT10:NOT11 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 250 nm |
撮影 | 電子線照射量: 55 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: dev_4788: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.88 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 387942 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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