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- EMDB-29551: Structure of NOT1:NOT10:NOT11 module of the human CCR4-NOT complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-29551
タイトルStructure of NOT1:NOT10:NOT11 module of the human CCR4-NOT complex
マップデータsharpened volume
試料
  • 複合体: NOT1:NOT10:NOT11
    • タンパク質・ペプチド: CCR4-NOT transcription complex subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: CCR4-NOT transcription complex subunit 10
    • タンパク質・ペプチド: CCR4-NOT transcription complex subunit 11
キーワードmRNA degradation / gene expression / RNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cytoplasmic mRNA processing body assembly / CCR4-NOT core complex / armadillo repeat domain binding / CCR4-NOT complex / regulation of stem cell population maintenance / positive regulation of mRNA catabolic process / negative regulation of retinoic acid receptor signaling pathway / nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / negative regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / trophectodermal cell differentiation ...positive regulation of cytoplasmic mRNA processing body assembly / CCR4-NOT core complex / armadillo repeat domain binding / CCR4-NOT complex / regulation of stem cell population maintenance / positive regulation of mRNA catabolic process / negative regulation of retinoic acid receptor signaling pathway / nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / negative regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / trophectodermal cell differentiation / miRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / Deadenylation of mRNA / nuclear retinoic acid receptor binding / M-decay: degradation of maternal mRNAs by maternally stored factors / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / peroxisomal membrane / TP53 regulates transcription of additional cell cycle genes whose exact role in the p53 pathway remain uncertain / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / mRNA catabolic process / nuclear estrogen receptor binding / P-body / molecular adaptor activity / negative regulation of translation / protein domain specific binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / RNA binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CCR4-NOT transcription complex subunit 10 / CCR4-NOT transcription complex subunit 11 / CCR4-NOT transcription complex subunit 11 / : / : / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, N-terminal domain / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, NOT1_connector / CCR4-Not complex component, Not1, C-terminal / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, domain 4 / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, CAF1-binding domain ...CCR4-NOT transcription complex subunit 10 / CCR4-NOT transcription complex subunit 11 / CCR4-NOT transcription complex subunit 11 / : / : / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, N-terminal domain / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, NOT1_connector / CCR4-Not complex component, Not1, C-terminal / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, domain 4 / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, CAF1-binding domain / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, TTP binding domain / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, HEAT repeat / CCR4-NOT subunit 1, TTP binding domain superfamily / CCR4-NOT transcription complex subunit 1 / CCR4-Not complex component, Not1 / CCR4-Not complex, Not1 subunit, domain of unknown function DUF3819 / CCR4-NOT transcription complex subunit 1 CAF1-binding domain / CCR4-NOT transcription complex subunit 1 TTP binding domain / CCR4-NOT transcription complex subunit 1 HEAT repeat / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CCR4-NOT transcription complex subunit 1 / CCR4-NOT transcription complex subunit 11 / CCR4-NOT transcription complex subunit 10
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.88 Å
データ登録者Lea SM / Deme JC / Raisch T / Pekovic F / Valkov E
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2023
タイトル: Structure and assembly of the NOT10:11 module of the CCR4-NOT complex.
著者: Yevgen Levdansky / Tobias Raisch / Justin C Deme / Filip Pekovic / Hans Elmlund / Susan M Lea / Eugene Valkov /
要旨: NOT1, NOT10, and NOT11 form a conserved module in the CCR4-NOT complex, critical for post-transcriptional regulation in eukaryotes, but how this module contributes to the functions of the CCR4-NOT ...NOT1, NOT10, and NOT11 form a conserved module in the CCR4-NOT complex, critical for post-transcriptional regulation in eukaryotes, but how this module contributes to the functions of the CCR4-NOT remains poorly understood. Here, we present cryo-EM structures of human and chicken NOT1:NOT10:NOT11 ternary complexes to sub-3 Å resolution, revealing an evolutionarily conserved, flexible structure. Through biochemical dissection studies, which include the Drosophila orthologs, we show that the module assembly is hierarchical, with NOT11 binding to NOT10, which then organizes it for binding to NOT1. A short proline-rich motif in NOT11 stabilizes the entire module assembly.
履歴
登録2023年1月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年7月26日-
マップ公開2023年7月26日-
更新2025年5月28日-
現状2025年5月28日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_29551.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_29551.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 229.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈sharpened volume
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.69 Å/pix.
x 392 pix.
= 271.656 Å		0.69 Å/pix.
x 392 pix.
= 271.656 Å		0.69 Å/pix.
x 392 pix.
= 271.656 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.693 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.522
最小 - 最大-3.028964 - 4.5109
平均 (標準偏差)0.000097317046 (±0.05786596)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ392392392
Spacing392392392
セルA=B=C: 271.656 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_29551_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: DeepEMhancer volume

ファイルemd_29551_additional_1.map
注釈DeepEMhancer volume
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: unsharpened volume

ファイルemd_29551_additional_2.map
注釈unsharpened volume
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map A

ファイルemd_29551_half_map_1.map
注釈half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half map B

ファイルemd_29551_half_map_2.map
注釈half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : NOT1:NOT10:NOT11

全体名称: NOT1:NOT10:NOT11
要素
  • 複合体: NOT1:NOT10:NOT11
    • タンパク質・ペプチド: CCR4-NOT transcription complex subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: CCR4-NOT transcription complex subunit 10
    • タンパク質・ペプチド: CCR4-NOT transcription complex subunit 11

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超分子 #1: NOT1:NOT10:NOT11

超分子名称: NOT1:NOT10:NOT11 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: CCR4-NOT transcription complex subunit 1

分子名称: CCR4-NOT transcription complex subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 111.576789 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MNLDSLSLAL SQISYLVDNL TKKNYRASQQ EIQHIVNRHG PEADRHLLRC LFSHVDFSGD GKSSGKDFHQ TQFLIQECAL LITKPNFIS TLSYAIDNPL HYQKSLKPAP HLFAQLSKVL KLSKVQEVIF GLALLNSSSS DLRGFAAQFI KQKLPDLLRS Y IDADVSGN ...文字列:
MNLDSLSLAL SQISYLVDNL TKKNYRASQQ EIQHIVNRHG PEADRHLLRC LFSHVDFSGD GKSSGKDFHQ TQFLIQECAL LITKPNFIS TLSYAIDNPL HYQKSLKPAP HLFAQLSKVL KLSKVQEVIF GLALLNSSSS DLRGFAAQFI KQKLPDLLRS Y IDADVSGN QEGGFQDIAI EVLHLLLSHL LFGQKGAFGV GQEQIDAFLK TLRRDFPQER CPVVLAPLLY PEKRDILMDR IL PDSGGVA KTMMESSLAD FMQEVGYGFC ASIEECRNII VQFGVREVTA AQVARVLGMM ARTHSGLTDG IPLQSISAPG SGI WSDGKD KSDGAQAHTW NVEVLIDVLK ELNPSLNFKE VTYELDHPGF QIRDSKGLHN VVYGIQRGLG MEVFPVDLIY RPWK HAEGQ LSFIQHSLIN PEIFCFADYP CHTVATDILK APPEDDNREI ATWKSLDLIE SLLRLAEVGQ YEQVKQLFSF PIKHC PDML VLALLQINTS WHTLRHELIS TLMPIFLGNH PNSAIILHYA WHGQGQSPSI RQLIMHAMAE WYMRGEQYDQ AKLSRI LDV AQDLKALSML LNGTPFAFVI DLAALASRRE YLKLDKWLTD KIREHGEPFI QACMTFLKRR CPSILGGLAP EKDQPKS AQ LPPETLATML ACLQACAGSV SQELSETILT MVANCSNVMN KARQPPPGVM PKGRPPSASS LDAISPVQID PLAGMTSL S IGGSAAPHTQ SMQGFPPNLG SAFSTPQSPA KAFPPLSTPN QTTAFSGIGG LSSQLPVGGL GTGSLTGIGT GALGLPAVN NDPFVQRKLG TSGLNQPTFQ QSKMKPSDLS QVWPEANQHF SKEIDDEANS YFQRIYNHPP HPTMSVDEVL EMLQRFKDST IKREREVFN CMLRNLFEEY RFFPQYPDKE LHITACLFGG IIEKGLVTYM ALGLALRYVL EALRKPFGSK MYYFGIAALD R FKNRLKDY PQYCQHLASI SHFMQFPHHL QEYIEYGQQS RD

UniProtKB: CCR4-NOT transcription complex subunit 1

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分子 #2: CCR4-NOT transcription complex subunit 10

分子名称: CCR4-NOT transcription complex subunit 10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 75.931148 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MDQEKELSTN AFQAFTSGNY DACLQHLACL QDINKDDYKI ILNTAVAEFF KSNQTTTDNL RQTLNQLKNQ VHSAVEEMDG LDDVENSML YYNQAVILYH LRQYTEAISV GEKLYQFIEP FEEKFAQAVC FLLVDLYILT YQAEKALHLL AVLEKMISQG N NNKNGKNE ...文字列:
MDQEKELSTN AFQAFTSGNY DACLQHLACL QDINKDDYKI ILNTAVAEFF KSNQTTTDNL RQTLNQLKNQ VHSAVEEMDG LDDVENSML YYNQAVILYH LRQYTEAISV GEKLYQFIEP FEEKFAQAVC FLLVDLYILT YQAEKALHLL AVLEKMISQG N NNKNGKNE TGNNNNKDGS NHKAESGALI EAAKSKIHQY KVRAYIQMKS LKACKREIKS VMNTAGNSAP SLFLKSNFEY LR GNYRKAV KLLNSSNIAE HPGFMKTGEC LRCMFWNNLG CIHFAMSKHN LGIFYFKKAL QENDNVCAQL SAGSTDPGKK FSG RPMCTL LTNKRYELLY NCGIQLLHIG RPLAAFECLI EAVQVYHANP RLWLRLAECC IAANKGTSEQ ETKGLPSKKG IVQS IVGQG YHRKIVLASQ SIQNTVYNDG QSSAIPVASM EFAAICLRNA LLLLPEEQQD PKQENGAKNS NQLGGNTESS ESSET CSSK SHDGDKFIPA PPSSPLRKQE LENLKCSILA CSAYVALALG DNLMALNHAD KLLQQPKLSG SLKFLGHLYA AEALIS LDR ISDAITHLNP ENVTDVSLGI SSNEQDQGSD KGENEAMESS GKRAPQCYPS SVNSARTVML FNLGSAYCLR SEYDKAR KC LHQAASMIHP KEVPPEAILL AVYLELQNGN TQLALQIIKR NQ

UniProtKB: CCR4-NOT transcription complex subunit 10

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分子 #3: CCR4-NOT transcription complex subunit 11

分子名称: CCR4-NOT transcription complex subunit 11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 30.362113 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MDSSVASQIT EALVSGPKPP IESHFRPEFI RPPPPLHICE DELAWLNPTE PDHAIQWDKS MCVKNSTGVE IKRIMAKAFK SPLSSPQQT QLLGELEKDP KLVYHIGLTP AKLPDLVENN PLVAIEMLLK LMQSSQITEY FSVLVNMDMS LHSMEVVNRL T TAVDLPPE ...文字列:
MDSSVASQIT EALVSGPKPP IESHFRPEFI RPPPPLHICE DELAWLNPTE PDHAIQWDKS MCVKNSTGVE IKRIMAKAFK SPLSSPQQT QLLGELEKDP KLVYHIGLTP AKLPDLVENN PLVAIEMLLK LMQSSQITEY FSVLVNMDMS LHSMEVVNRL T TAVDLPPE FIHLYISNCI STCEQIKDKY MQNRLVRLVC VFLQSLIRNK IINVQDLFIE VQAFCIEFSR IREAAGLFRL LK TLDGSEN LYFQGSGAMG SGSGHHHHHH GT

UniProtKB: CCR4-NOT transcription complex subunit 11

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 55.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.25 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: SIMPLE (ver. 3.0) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.88 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.31) / 使用した粒子像数: 387942
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.31)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.31)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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