[日本語] English
万見
- PDB-8fxw: Cryo-EM structure of cowpox virus M2 in complex with human B7.1 (... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8fxw
タイトルCryo-EM structure of cowpox virus M2 in complex with human B7.1 (hexameric ring)
要素
  • CPXV040 protein
  • T-lymphocyte activation antigen CD80
キーワードVIRAL PROTEIN / poxvirus M2 protein / OPG038 / T-cell costimulation / poxviral immune evasion domain PIE / B7.1 / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of T cell mediated immunity / positive regulation of T-helper 1 cell differentiation / protein complex involved in cell adhesion / positive regulation of signal transduction / Co-stimulation by CD28 / positive regulation of granulocyte macrophage colony-stimulating factor production / CD28 dependent Vav1 pathway / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / host cell endoplasmic reticulum / Co-inhibition by CTLA4 ...negative regulation of T cell mediated immunity / positive regulation of T-helper 1 cell differentiation / protein complex involved in cell adhesion / positive regulation of signal transduction / Co-stimulation by CD28 / positive regulation of granulocyte macrophage colony-stimulating factor production / CD28 dependent Vav1 pathway / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / host cell endoplasmic reticulum / Co-inhibition by CTLA4 / Interleukin-10 signaling / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / coreceptor activity / negative regulation of T cell proliferation / T cell costimulation / positive regulation of T cell proliferation / positive regulation of interleukin-2 production / T cell activation / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / PIP3 activates AKT signaling / virus receptor activity / cellular response to lipopolysaccharide / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / symbiont-mediated suppression of host NF-kappaB cascade / cell surface receptor signaling pathway / intracellular signal transduction / immune response / receptor ligand activity / external side of plasma membrane / positive regulation of DNA-templated transcription / cell surface / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CD80, IgC-like domain / CD80, immunoglobulin variable domain / Poxvirus M2 / Poxvirus M2 protein / : / CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype ...CD80, IgC-like domain / CD80, immunoglobulin variable domain / Poxvirus M2 / Poxvirus M2 protein / : / CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
T-lymphocyte activation antigen CD80 / Early protein OPG038
類似検索 - 構成要素
生物種Cowpox virus (牛痘ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Elliott, J.I. / Adams, L.J. / Nelson, C.A. / Fremont, D.H. / CSBID / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure basis of poxvirus mediated sabotage of T-cell costimulation
著者: Elliott, J.I. / Adams, L.J. / Jethva, P.N. / Gross, M.L. / Nelson, C.A. / Fremont, D.H.
履歴
登録2023年1月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年2月5日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年2月5日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年2月5日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年2月5日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年2月5日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年3月19日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / em_admin / Item: _em_admin.last_update
改定 1.12025年3月19日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Group: Experimental summary / Data content type: EM metadata / カテゴリ: em_admin / Data content type: EM metadata / Item: _em_admin.last_update

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: CPXV040 protein
H: T-lymphocyte activation antigen CD80
B: CPXV040 protein
C: T-lymphocyte activation antigen CD80
D: CPXV040 protein
E: T-lymphocyte activation antigen CD80
F: CPXV040 protein
G: T-lymphocyte activation antigen CD80
I: CPXV040 protein
J: T-lymphocyte activation antigen CD80
K: CPXV040 protein
L: T-lymphocyte activation antigen CD80
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)296,80030
ポリマ－292,81812
非ポリマー3,98218
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

#1: タンパク質
CPXV040 protein


分子量: 25809.906 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cowpox virus (Brighton Red) (ウイルス)
遺伝子: CPXV040 CDS / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8QN22
#2: タンパク質
T-lymphocyte activation antigen CD80 / Activation B7-1 antigen / BB1 / CTLA-4 counter-receptor B7.1 / B7


分子量: 22993.123 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD80, CD28LG, CD28LG1, LAB7 / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P33681
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Complex of M2 ring-like oligomers bound to B7.1 ectodomans
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Homo sapiens (ヒト)9606
31Cowpox virus (Brighton Red) (ウイルス)265872
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: Expi293F
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 150 mM Nacl, 25 mM HEPES, pH7.4
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
18.7 g/Lsodium chlorideNaCl1
26.0 g/LHEPESHEPES1
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 66 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
phenix.real_space_refine1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
7UCSF ChimeraX1.3モデルフィッティングfit to map
9PHENIX1.20.1-4487モデル精密化real space refinement
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 674730 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 56.41 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.002515438
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.44820904
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04382400
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00232628
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d10.50985742

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る